LXL04_029558 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029558

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 93722304-93724681 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1282 bp · LXL04_029558|LXL04_029558|OH1004|cDNA

CGAGCGCTTTGGGACTCCAATTTCTTGTTCCACTGTCACTTTTGTGCACCAACTGATCTTTGTATTTCACCTCAGTCCTCCAATTCGTCGAAGAAAACTCATAACGATCGATACATCAAATCATCAAATCTTATCTGTGAATTCTGATTCCGATCTTACGCAGATCGTCGCCAGAGAAATCCCCGACCTTCTTTATCCACCATCCGACGAAGCATAATTAGATAGTGTTGTTGTCAAGGAAGAAATGCGTAGCCGGGGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1038 bp · LXL04_029558|LXL04_029558|OH1004|CDS

ATGCGTAGCCGGGGATCCAACAACCGGCTATCGTCTTCTCGTTCTTTGTTTCAATGGAGAATTGCATCTCTCATTTTATCTATGTTTGCCACCATGGCTGCCTTCTTCGTTGCCTGCCGATTGTGGCAGGAGGCTGAATCTAGGGTTTATCTAGTTAAAGAGCTCGACAGGAGAACCGGTCAGGTGGGGGAGTCTGCCATATCTGTAGATGACACACTTAGAGTCATAGAATGCAGGGAACAACAAAAGAAGTTATCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

345 aa · LXL04_029558|LXL04_029558|OH1004|PROTEIN

MRSRGSNNRLSSSRSLFQWRIASLILSMFATMAAFFVACRLWQEAESRVYLVKELDRRTGQVGESAISVDDTLRVIECREQQKKLSVLQMDLNKAKKEGFVSNHVTETKGTNEKKQVLAVIGIVTGFGRRHNRDAIRKAWMPTGTTLKNLEDEKGIIIRFVIGRSSNREDSSDSDIMNENKKTNDFLILNDHVETPEEQPKKTKLFFVNALQHWDAEFYVKVNDDIYLNIDALGAILSSHVDKPRAYIGCMKSGGVFSKP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029558`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029558

位置 Chr06:93722304-93724681 (-)

描述 Similar to HPTG1: Hydroxyproline O-galactosyltransferase HPGT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g53340`	具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。	暂无已核实直接文献
`At2g25300`	具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。	Identification of three potent hydroxyproline O-galactosyltransferases in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12764
`At4g32120`	具有羟脯氨酸 O-半乳糖基转移酶活性。	Identification of three potent hydroxyproline O-galactosyltransferases in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1111/tpj.12764
`At1g05170`	β-1,3-半乳糖基转移酶，将半乳糖从 UDP-半乳糖转移到具有末端糖基残基的底物上。	暂无已核实直接文献
`At1g11730`	β-1,3-半乳糖基转移酶，将半乳糖从 UDP-半乳糖转移到具有末端糖基残基的底物上。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029558 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0010405 arabinogalactan protein metabolic process 生物过程

GO:0030244 cellulose biosynthetic process 生物过程

GO:0180062 protein O-linked glycosylation via galactose 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005797 Golgi medial cisterna 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0008378 galactosyltransferase activity 分子功能

GO:1990714 hydroxyproline O-galactosyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05170

ath:AT1G11730

ath:AT2G25300

ath:AT4G32120

ath:AT5G53340

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.824

排名 1 · LXL04_029558 · OH-1004

细胞膜0.076

排名 2 · LXL04_029558 · OH-1004

内质网0.060

排名 3 · LXL04_029558 · OH-1004

细胞外0.048

排名 4 · LXL04_029558 · OH-1004

细胞质0.044

排名 5 · LXL04_029558 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01762.28Galactosyl_T132-327 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029558	`PF01762.28`	Galactosyl_T	132	327	1.5e-33	117.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94F27`	拟南芥	Hydroxyproline O-galactosyltransferase HPGT1	62.422%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5XEZ1`	拟南芥	Hydroxyproline O-galactosyltransferase HPGT3	45.652%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q94A05`	拟南芥	Hydroxyproline O-galactosyltransferase HPGT2	44.892%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A8MRC7`	拟南芥	Probable beta-1,3-galactosyltransferase 2	40.710%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SAA4`	拟南芥	Probable beta-1,3-galactosyltransferase 1	46.125%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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