TkA02G189770 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G189770

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 48688799-48692848 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2341 bp · TkA02G189770|TK1151|cDNA

CATAAACCTGAAAGTATAGGGATTCTTACACCACATTATTAGACACGTAATTACGTACATTGTGAAAGTTGGTGAGAGAGAGGAAACGGAACAAAAATTAAAGGAGAGCATCAAGAAACCTATACATACAACATAATACACGTATAGATTTAATCGGTTCCAGCATCCTCTCTGTTTCATTCTTGACGGAAATTTTCTGATTCATTTGAGAAAATTTCCAACTTCCGCCGATTAATTTCAATCTCTCCACGCTTATGTAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1728 bp · TkA02G189770|TK1151|CDS

ATGTCAGGCCTAGAAGGAAATGAGGCTTGTGATGAAAGAAAAGAAAGGAAGTCAGATCTTGATGATTCTGAAGATGAAATACGGCTATCAAGAATTGGATCCTTAAAAAAGAAGGCAATGAATGCATCCAATAAGTTCACCCATTCTCTTAAAAGAAGGCGAAAGAGGAAAGTTCATTACAAGGCTCCTTCAGTTCGCATAGAAGACATACGTGATGCAAATGAAGAGAGATGTGTCTTTGAATTAAGGAACAAGCTCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

575 aa · TkA02G189770|TK1151|PROTEIN

MSGLEGNEACDERKERKSDLDDSEDEIRLSRIGSLKKKAMNASNKFTHSLKRRRKRKVHYKAPSVRIEDIRDANEERCVFELRNKLLEKDLLPARHDDYHTLLRFLKARDFDIQKTILMWEEMLNWRKEFGTDTILEDYKFDELEEVQKQYPQGYHGVDKEGRPIYIERLGTAHPSKLMQITSVDRYIKYHVQEFEKTFNEKFPACSIAAKRPICSTTTILDVQGLGLKNFTPTAASILGAVTKVDNNYYPETLHRMFIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G189770`
TK1151 ID	TkA02G189770
OH-1004 ID	LXL04_016112
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 79.478 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G189770

位置 Chr02:48688799-48692848 (+)

描述暂无功能描述

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g55690`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At5g56160`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At4g39170`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At2g21520`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献
`At1g75370`	对从高尔基复合体运输分泌蛋白至关重要。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016112 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006656 phosphatidylcholine biosynthetic process 生物过程

GO:0006892 post-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0008526 phosphatidylinositol transfer activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19650

ath:AT1G55690

ath:AT4G39170

ath:AT4G39180

ath:AT5G56160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.303

排名 1 · TkA02G189770 · TK1151

细胞质0.258

排名 2 · TkA02G189770 · TK1151

内质网0.172

排名 3 · TkA02G189770 · TK1151

细胞核0.150

排名 4 · TkA02G189770 · TK1151

高尔基体0.144

排名 5 · TkA02G189770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29075NOCA1_mid37-37 aa

PF01486K-box44-59 aa

PF28528UBA_Pinta75-116 aa

PF03765CRAL_TRIO_N95-121 aa

PF01486K-box136-154 aa

PF00650CRAL_TRIO149-312 aa

PF13716CRAL_TRIO_2234-313 aa

PF10805DUF2730471-551 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G189770	`PF29075`	NOCA1_mid	37	37	0.012	16.2
TkA02G189770	`PF01486`	K-box	44	59	5.2	8.0
TkA02G189770	`PF28528`	UBA_Pinta	75	116	0.25	12.3
TkA02G189770	`PF03765`	CRAL_TRIO_N	95	121	6.6e-06	26.9
TkA02G189770	`PF01486`	K-box	136	154	5.2	8.0
TkA02G189770	`PF00650`	CRAL_TRIO	149	312	6e-27	95.1
TkA02G189770	`PF13716`	CRAL_TRIO_2	234	313	0.0021	19.1
TkA02G189770	`PF10805`	DUF2730	471	551	0.0086	17.1
TkA02G189770	`PF05335`	DUF745	489	550	0.012	16.0
TkA02G189770	`PF29075`	NOCA1_mid	493	567	0.012	16.2
TkA02G189770	`PF01486`	K-box	501	550	5.2	8.0
TkA02G189770	`PF28528`	UBA_Pinta	534	548	0.25	12.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q501H5`	拟南芥	sp\|Q501H5\|SFH13_ARATH Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH13	54.300%	Swiss-Prot	高置信
`F4K6D3`	拟南芥	sp\|F4K6D3\|SFH14_ARATH Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH14	48.800%	Swiss-Prot	中等置信
`F4JVA6`	拟南芥	sp\|F4JVA6\|SFH6_ARATH Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH6	44.600%	Swiss-Prot	中等置信
`F4IHJ0`	拟南芥	sp\|F4IHJ0\|SFH8_ARATH Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH8	42.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GXC6`	拟南芥	sp\|Q8GXC6\|SFH5_ARATH Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH5	42.300%	Swiss-Prot	中等置信

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