TkA02G164700 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G164700

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 42273570-42278480 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3067 bp · TkA02G164700|TK1151|cDNA

TGAAACCCCATTTCCTGGTCATGACGTTGTCTGTTAAACCCAAAACCCCTTTTCCTCCCTCCAAATACCTCTTATCTAATGACTTCATCACTCTCACTAGTCACTCGAGTTCCTCTCCGGCCAACAAACGACTGCTCTCCTACTAATGGGAGCATCGCTCACCGGCGATCCGTCGTGTTTCCTTTCAAGAAATGGAGGTGTTCAATATCTCCCGGCCAGCCGCCTCCGCCTCCCCCAAAACAGCGGCAGCGGCAGTCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2760 bp · TkA02G164700|TK1151|CDS

ATGACTTCATCACTCTCACTAGTCACTCGAGTTCCTCTCCGGCCAACAAACGACTGCTCTCCTACTAATGGGAGCATCGCTCACCGGCGATCCGTCGTGTTTCCTTTCAAGAAATGGAGGTGTTCAATATCTCCCGGCCAGCCGCCTCCGCCTCCCCCAAAACAGCGGCAGCGGCAGTCCAAGAGCTCAGAATCAGGCGAAAAAGGAATCGATCCTGTTGGGTTTCTCTCAAAAGCCGGAATTACACACAAAGGTTTCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

919 aa · TkA02G164700|TK1151|PROTEIN

MTSSLSLVTRVPLRPTNDCSPTNGSIAHRRSVVFPFKKWRCSISPGQPPPPPPKQRQRQSKSSESGEKGIDPVGFLSKAGITHKGFALYLRERYKSYKDLKDEILTRHIDFRDMASGFELLGMHRNVQHRVDFMDWAPGARYSAIVGDFNDWSPTENSAREGHFGHDDYGYWFIILEDKLRDGEHPDELYFQQYNYTDDYDKGDSGVTAEEIFQKANDEYWEPGEDRLVKSRFEIIAKLYEQIFGPNGPQTEEELEEIPD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G164700`
TK1151 ID	TkA02G164700
OH-1004 ID	LXL04_016253
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.300 / OH-1004 98.883 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G164700

位置 Chr02:42273570-42278480 (+)

描述 Similar to SBE3: 1,4-alpha-glucan-branching enzyme 3, chloroplastic/amyloplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g20440`	通过将 1,4-α-连接的寡糖从生长的 α-1,4-葡聚糖链上断裂并随后将寡糖附着到 α-1,6 位，催化淀粉中 α-1,6-糖苷键的形成。	The Arabidopsis BE1 gene, encoding a putative glycoside hydrolase localized in plastids, plays crucial roles during embryogenesis and carbohydrate metabolism.2010 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2010.00930.x
`At2g36390`	通过将 1,4-α-连接的寡糖从生长的 α-1,4-葡聚糖链上断裂并随后将寡糖附着到 α-1,6 位，催化淀粉中 α-1,6-糖苷键的形成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016253 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0005978 glycogen biosynthetic process 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009501 amyloplast 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0003844 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity 分子功能

GO:0004553 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G20440

ecb:100034152

fca:493962

mmu:74185

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.847

排名 1 · TkA02G164700 · TK1151

细胞质0.085

排名 2 · TkA02G164700 · TK1151

细胞膜0.071

排名 3 · TkA02G164700 · TK1151

细胞核0.048

排名 4 · TkA02G164700 · TK1151

线粒体0.044

排名 5 · TkA02G164700 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02922CBM_48121-182 aa

PF02922CBM_48318-359 aa

PF02806Alpha-amylase_C326-348 aa

PF00128Alpha-amylase424-493 aa

PF00128Alpha-amylase527-561 aa

PF02806Alpha-amylase_C798-885 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G164700	`PF02922`	CBM_48	121	182	6.8e-08	33.4
TkA02G164700	`PF02922`	CBM_48	318	359	6.8e-08	33.4
TkA02G164700	`PF02806`	Alpha-amylase_C	326	348	1.6e-19	70.7
TkA02G164700	`PF00128`	Alpha-amylase	424	493	3.6e-09	37.0
TkA02G164700	`PF00128`	Alpha-amylase	527	561	3.6e-09	37.0
TkA02G164700	`PF02806`	Alpha-amylase_C	798	885	1.6e-19	70.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`D2WL32`	拟南芥	sp\|D2WL32\|GLGB3_ARATH 1,4-alpha-glucan-branching enzyme 3, chloroplastic/amyloplastic	74.000%	Swiss-Prot	高置信
`O23647`	拟南芥	sp\|O23647\|GLGB1_ARATH 1,4-alpha-glucan-branching enzyme 2-1, chloroplastic/amyloplastic	45.500%	Swiss-Prot	低置信

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