TkA02G060470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G060470

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 15776660-15783682 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4245 bp · TkA02G060470|TK1151|cDNA

AAATCGAGAGCCTCCACTCCACTCCAGCCCTCCAACTCCATCGGCGACTCCAACCTCTCTATCCGTCATCGGCGACTCCAAGTCCTCCACCTCTCGTCGCCGGCGCTGACTCCGGCTTGAAAAGGTCGCACCACAGCTGCAGCAGGCTCTATCTTCGAACAGACATTTTATAAAGGTTGTATATCAATGGGGAGTAAGAAAAGGAGCTCTGATAGTGTAGAAGAAGTTGAGAACCAGAAGAGTACTAATTCAATCTCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

3906 bp · TkA02G060470|TK1151|CDS

ATGGGGAGTAAGAAAAGGAGCTCTGATAGTGTAGAAGAAGTTGAGAACCAGAAGAGTACTAATTCAATCTCTGATACCAAAGTTTCGACTGAGCATTTGAAAAAGAAGATAAAAAAGGTGAAGAAGAACGAAGTGGAGAGTAATAATAATACAAGCTCTGATACCAAAGTTTCAAGTGAGCATTTGAAAAAGAAGATAAAAAAGGTGAAGAAGAACGAAGTGGAGATAGAAAAACCTAATGATAACGACAACAACTCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1301 aa · TkA02G060470|TK1151|PROTEIN

MGSKKRSSDSVEEVENQKSTNSISDTKVSTEHLKKKIKKVKKNEVESNNNTSSDTKVSSEHLKKKIKKVKKNEVEIEKPNDNDNNSNGVKPMERRKKRKALDKEKHRSTTSDDKPEVKPIVTSSEAKEAESRTSNGLPEFHIGVFKDLGSADGSVREAAAERLVMELQAVQKAYDVLEKKEDIDGGLKLEAEKDDGLNNCAPSLRYAVRRLIRGVSSSRECARQGFALGLTMLVGAVSDIALDSLLKLIIDLLEVSSSMK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G060470`
TK1151 ID	TkA02G060470
OH-1004 ID	LXL04_017279
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 97.967 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G060470`
位置	Chr02:15776660-15783682 (+)
描述	Similar to pol5: rDNA transcriptional regulator pol5 (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017279` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000027 ribosomal large subunit assembly 生物过程 GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0009303 rRNA transcription 生物过程 GO:0022904 respiratory electron transport chain 生物过程 GO:0032922 circadian regulation of gene expression 生物过程 GO:0042149 cellular response to glucose starvation 生物过程 GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程 GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0045943 positive regulation of transcription by RNA polymerase I 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:10514 mmu:18432 rno:60571 sce:YEL055C spo:2539834 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.943

排名 1 · TkA02G060470 · TK1151

细胞质0.107

排名 2 · TkA02G060470 · TK1151

细胞膜0.029

排名 3 · TkA02G060470 · TK1151

内质网0.018

排名 4 · TkA02G060470 · TK1151

线粒体0.013

排名 5 · TkA02G060470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04931DNA_pol_phi15-77 aa

PF00736EF1_GNE23-47 aa

PF26720TPR_Mybbp1a38-50 aa

PF00736EF1_GNE54-77 aa

PF04931DNA_pol_phi206-1013 aa

PF26720TPR_Mybbp1a542-586 aa

PF26720TPR_Mybbp1a977-1035 aa

PF04931DNA_pol_phi1056-1098 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G060470	`PF04931`	DNA_pol_phi	15	77	5.3e-177	591.1
TkA02G060470	`PF00736`	EF1_GNE	23	47	1.0	10.3
TkA02G060470	`PF26720`	TPR_Mybbp1a	38	50	0.065	13.1
TkA02G060470	`PF00736`	EF1_GNE	54	77	1.0	10.3
TkA02G060470	`PF04931`	DNA_pol_phi	206	1013	5.3e-177	591.1
TkA02G060470	`PF26720`	TPR_Mybbp1a	542	586	0.065	13.1
TkA02G060470	`PF26720`	TPR_Mybbp1a	977	1035	0.065	13.1
TkA02G060470	`PF04931`	DNA_pol_phi	1056	1098	5.3e-177	591.1
TkA02G060470	`PF26720`	TPR_Mybbp1a	1132	1211	0.065	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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