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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G056570
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 14750949-14752532 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1392 bp · TkA02G056570|TK1151|cDNA

ATGGTCACTACATCAGATTTCTGCCAAAGGATCAAACAACCAAACCCATCCTCTATCTTGTATTCATCCATTAGAGATCACATCTCCAATGGTACACCTAAAGAAGCCCTTTTAATTTACACCCAAAATCGTCGAAACCCGCTTAATCTACTGAGTCTACTCCCTTTGGTTTTCAAAGCTTGTGCATTTCTTTCCCTCACTAACTATGGAAAGTCGCTTCATTCTGAATCAATCAAAGTTGGGCTGCAGTCTGATGTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1392 bp · TkA02G056570|TK1151|CDS

ATGGTCACTACATCAGATTTCTGCCAAAGGATCAAACAACCAAACCCATCCTCTATCTTGTATTCATCCATTAGAGATCACATCTCCAATGGTACACCTAAAGAAGCCCTTTTAATTTACACCCAAAATCGTCGAAACCCGCTTAATCTACTGAGTCTACTCCCTTTGGTTTTCAAAGCTTGTGCATTTCTTTCCCTCACTAACTATGGAAAGTCGCTTCATTCTGAATCAATCAAAGTTGGGCTGCAGTCTGATGTAGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

463 aa · TkA02G056570|TK1151|PROTEIN

MVTTSDFCQRIKQPNPSSILYSSIRDHISNGTPKEALLIYTQNRRNPLNLLSLLPLVFKACAFLSLTNYGKSLHSESIKVGLQSDVVVGTSIVNMYGKCCNIIDARKVFDEMPVKNVVTWNAMINGYTRNGEMKAAKDVFDAMPERNLYVWSSMISGYFKNGDVESGEAIFNRIPFRNLVNWNSLISGYSQNGLCEKALEAFSKMESDGFEPDQISFASALSACAQLGLLKTGKDLHKMIIQKRLKLNIFVSNSLVDMYA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G056570
TK1151 IDTkA02G056570
OH-1004 IDLXL04_017307
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)78.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 94.384 / OH-1004 91.758
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G056570
位置Chr02:14750949-14752532 (-)
描述Similar to PCMP-E29: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g21470
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At2g20540 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g20540。 暂无已核实直接文献
At5g56310 含五肽重复蛋白 At5g56310。 暂无已核实直接文献
At3g11460 参与线粒体 RNA 的 C 到 U 编辑。
MEF10 is required for RNA editing at nad2-842 in mitochondria of Arabidopsis thaliana and interacts with MORF8.2013 · DOI: 10.1007/s11103-012-0003-2

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017307 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G45350
ath:AT3G21470
ath:AT3G29230
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.627
排名 1 · TkA02G056570 · TK1151
质体0.178
排名 2 · TkA02G056570 · TK1151
细胞核0.058
排名 3 · TkA02G056570 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkA02G056570 · TK1151
细胞膜0.005
排名 5 · TkA02G056570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13428TPR_1426-40 aa
PF17049AEP168-127 aa
PF13812PPR_379-112 aa
PF12854PPR_181-112 aa
PF13041PPR_285-117 aa
PF30136MSC6_C85-141 aa
PF01535PPR90-116 aa
PF29070MSC6_N91-156 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G056570PF13428TPR_1426400.0004921.2
TkA02G056570PF17049AEP1681270.1511.8
TkA02G056570PF13812PPR_3791123.6e-2794.9
TkA02G056570PF12854PPR_1811126.9e-44148.0
TkA02G056570PF13041PPR_2851175.3e-53177.6
TkA02G056570PF30136MSC6_C851410.2311.5
TkA02G056570PF01535PPR901165.2e-64208.8
TkA02G056570PF29070MSC6_N911563.2e-0730.5
TkA02G056570PF10175MPP6921130.03115.4
TkA02G056570PF24760TPR_IF140_C981430.05314.6
TkA02G056570PF22330Rib_mS39_PPR1051290.2411.8
TkA02G056570PF24603TPR_301131420.212.8
TkA02G056570PF13041PPR_21151485.3e-53177.6
TkA02G056570PF12854PPR_11161436.9e-44148.0
TkA02G056570PF13812PPR_31161453.6e-2794.9
TkA02G056570PF01535PPR1181475.2e-64208.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914235.100%Swiss-Prot中等置信
Q3E6Q1拟南芥sp|Q3E6Q1|PPR32_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic32.700%Swiss-Prot中等置信
Q9SIL5拟南芥sp|Q9SIL5|PP165_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2054040.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FMA1拟南芥sp|Q9FMA1|PP433_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5631036.200%Swiss-Prot中等置信
Q9CAY1拟南芥sp|Q9CAY1|PP223_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial32.500%Swiss-Prot中等置信

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