TkA02G044810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G044810

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 11562827-11570848 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1752 bp · TkA02G044810|TK1151|cDNA

CGAAGACTTGGAAGCTTGAAGAAATCCCTGTATTTGTCTGCTTACTTCTCAATCAACACAATCATTATAATAAACCTTCATCGCAATCTTTCTCTCTCTTCCTGCTTGTATGGACGCGAAAGATTCGGCCTTTCTCAATCAGGATTCGCGACCGAGTTCCCGGTTTCCGAAACCCTAATCTTCTCTGAAAACCCTAAACGTTAGAATTTCTTCGAAAGATGTTTTCTTGGAACTTCGCCAAATCGGCGGAGGCGGTGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

3936 bp · TkA02G044810|TK1151|CDS

ATGTTTTCTTGGAACTTCGCCAAATCGGCGGAGGCGGTGTTCTCTCGGTTGGCCATAAAGAAGGTCTGCAAGTTTTTGTTGAAGAAGAAATTAGGGCAACTTATTCTTGGCGACATCGATCTTAATCAGCTTGATGTTCAGCTTAGCAACGGCACAATTCAGCTCTCTGATTTGGCACTTAACGTCGATTTTATCAATCAGAAGTTTGGCGAATCAGCTATATTGACTGTGAAAGAAGGATCTATAGGCTCTCTAACAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1311 aa · TkA02G044810|TK1151|PROTEIN

MFSWNFAKSAEAVFSRLAIKKVCKFLLKKKLGQLILGDIDLNQLDVQLSNGTIQLSDLALNVDFINQKFGESAILTVKEGSIGSLTVRLPWKGRNCEIEVEELEIVLAPGRQISSQVENEPSTSNQDSNNTYTSHSFMKPEHEMADSTISNPTVDIHEGVKTIAKMVKWLLTSFHVKIKNLIIALDPVSEEGHTHNRTLVLRFGEVECGTGISDEVNTIDHESVDSFLGLSRLTNFVKFDGAVLEFLHLDDTGPNGPNEF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G044810`
TK1151 ID	TkA02G044810
OH-1004 ID	LXL04_017427
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.932 / OH-1004 75.880 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G044810

位置 Chr02:11562827-11570848 (+)

描述 Similar to ATG2: Autophagy-related protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19190`	参与自噬体组装的脂质转运蛋白。	ATG2, an autophagy-related protein, negatively affects powdery mildew resistance and mildew-induced cell death in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04669.x Highly oxidized peroxisomes are selectively degraded via autophagy in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.116947

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017427 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0034727 piecemeal microautophagy of the nucleus 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0061709 reticulophagy 生物过程

GO:0061723 glycophagy 生物过程

GO:0000407 phagophore assembly site 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19190

cnb:CNBB5000

nfi:NFIA_059120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.331

排名 1 · TkA02G044810 · TK1151

内质网0.282

排名 2 · TkA02G044810 · TK1151

细胞核0.240

排名 3 · TkA02G044810 · TK1151

高尔基体0.209

排名 4 · TkA02G044810 · TK1151

线粒体0.116

排名 5 · TkA02G044810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13329ATG2_CAD20-1259 aa

PF30197MSS18756-859 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G044810	`PF13329`	ATG2_CAD	20	1259	5.6e-52	177.5
TkA02G044810	`PF30197`	MSS18	756	859	0.056	13.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F8S296`	拟南芥	sp\|F8S296\|ATG2_ARATH Autophagy-related protein 2	38.400%	Swiss-Prot	中等置信

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