LXL04_017427 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017427

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 148755479-148762804 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5115 bp · LXL04_017427|LXL04_017427|OH1004|cDNA

ATGTTTTCTTGGAACTTCGCCAAATCGGCGGAGGCGGTGTTCTCTCGGTTGGCCATAAAGAAGGTCTGCAAGTTTTTGTTGAAGAAGAAATTAGGGCAACTTATTCTTGGCGACATCGATCTTAATCAGCTTGATGTTCAGCTTAGCAACGGCACAATTCAGCTCTCTGATTTGGCACTTAACGTCGATTTTATCAATCAGAAGTTTGGCGAATCAGCTATTTTGACTGTGAAAGAAGGATCGATAGGCTCTCTAACTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

5115 bp · LXL04_017427|LXL04_017427|OH1004|CDS

ATGTTTTCTTGGAACTTCGCCAAATCGGCGGAGGCGGTGTTCTCTCGGTTGGCCATAAAGAAGGTCTGCAAGTTTTTGTTGAAGAAGAAATTAGGGCAACTTATTCTTGGCGACATCGATCTTAATCAGCTTGATGTTCAGCTTAGCAACGGCACAATTCAGCTCTCTGATTTGGCACTTAACGTCGATTTTATCAATCAGAAGTTTGGCGAATCAGCTATTTTGACTGTGAAAGAAGGATCGATAGGCTCTCTAACTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1704 aa · LXL04_017427|LXL04_017427|OH1004|PROTEIN

MFSWNFAKSAEAVFSRLAIKKVCKFLLKKKLGQLILGDIDLNQLDVQLSNGTIQLSDLALNVDFINQKFGESAILTVKEGSIGSLTVRLPWKGRNCEIEVEELEIVLAPGRQISSQVENEPSTSNQDSNNTYTSHSFMKPEHEMADSTISNPTVDIHEGVKTIAKMVKWLLTSFHVKIKKLIIALDPVSEEGHTHNRTLVLRFGEVECGTGISDEVNTIDHESVDSFLGLSRLTNFVKFDGAVLEFLHLDDTGPNGPNEF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017427`
TK1151 ID	TkA02G044810
OH-1004 ID	LXL04_017427
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	97.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.932 / OH-1004 75.880 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017427

位置 Chr03:148755479-148762804 (-)

描述 Similar to ATG2: Autophagy-related protein 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19190`	参与自噬体组装的脂质转运蛋白。	ATG2, an autophagy-related protein, negatively affects powdery mildew resistance and mildew-induced cell death in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04669.x Highly oxidized peroxisomes are selectively degraded via autophagy in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.116947

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017427 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0006869 lipid transport 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0034727 piecemeal microautophagy of the nucleus 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0061709 reticulophagy 生物过程

GO:0061723 glycophagy 生物过程

GO:0000407 phagophore assembly site 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G19190

cnb:CNBB5000

nfi:NFIA_059120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.318

排名 1 · LXL04_017427 · OH-1004

细胞质0.251

排名 2 · LXL04_017427 · OH-1004

高尔基体0.220

排名 3 · LXL04_017427 · OH-1004

细胞核0.181

排名 4 · LXL04_017427 · OH-1004

线粒体0.154

排名 5 · LXL04_017427 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13329.14ATG2_CAD20-1333 aa

PF13329.14ATG2_CAD1344-1431 aa

PF13329.14ATG2_CAD1429-1695 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017427	`PF13329.14`	ATG2_CAD	20	1333	2.2e-152	510.4
LXL04_017427	`PF13329.14`	ATG2_CAD	1344	1431	2.2e-152	510.4
LXL04_017427	`PF13329.14`	ATG2_CAD	1429	1695	2.2e-152	510.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F8S296`	拟南芥	Autophagy-related protein 2	37.711%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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