TkA02G042850 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G042850

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 10855763-10872153 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

11260 bp · TkA02G042850|TK1151|cDNA

TAAAAAACTAAAAATCGGAAAGATATGGGGGGACATTTGCAATTTCTGAAACCTTTTCACCCTGCTGTTCTTCCGCCATGAGTTCATCATTCTCATTGCTAAATTCAAACACACAAACCAGAGAAATCAAGAGGGGAGATGCGAATTGAAGGTAAACATGAATATGCAAAGCCTTCATCATCAACAACAGCAGTTGGCAGCTCTGCTCTCCGTCGCTCTCCCCAAAGACAAAGATTCATCTTCATCCTCTTCGCAACACA...

CDS

下载 CDS FASTA

8520 bp · TkA02G042850|TK1151|CDS

ATGAATATGCAAAGCCTTCATCATCAACAACAGCAGTTGGCAGCTCTGCTCTCCGTCGCTCTCCCCAAAGACAAAGATTCATCTTCATCCTCTTCGCAACACAACAATCCATCGTCTGAAGCTGGAGAGGATGACGCTTCTCGATTGGCAGCCATCAACTCACTTCACCGCGCCATTCTGTACCCTCATAACTCACTCCTCGTCACTCACTCTGCCTCGTTTCTCGCTCAGGGATTTTCGCAACTCCTCGCAGACAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2839 aa · TkA02G042850|TK1151|PROTEIN

MNMQSLHHQQQQLAALLSVALPKDKDSSSSSSQHNNPSSEAGEDDASRLAAINSLHRAILYPHNSLLVTHSASFLAQGFSQLLADKSYSVRQAAATAYGALCAVLCSLPSGPNGRQNHVILGNLVDRFIGWALPLFSNVNAGDGTVEIAAEGLHELLNVADIVATDRYALPILKACQDLLEDERTSLSLLHRLLTILTLISLKFFICFQAHFVDIVDLLLGWAMIPDLAESDRSVIMDSFLQFQKHWVNNLQFSLGLLSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G042850`
TK1151 ID	TkA02G042850
OH-1004 ID	LXL04_017454
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.718 / OH-1004 78.792 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA02G042850`
位置	Chr02:10855763-10872153 (-)
描述	Similar to Smg1: Serine/threonine-protein kinase SMG1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017454` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0018105 peptidyl-serine phosphorylation 生物过程 GO:0032204 regulation of telomere maintenance 生物过程 GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程 GO:0046854 phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0033391 chromatoid body 细胞组分 GO:1902554 serine/threonine protein kinase complex 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dre:569810 mmu:233789 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.486

排名 1 · TkA02G042850 · TK1151

细胞质0.461

排名 2 · TkA02G042850 · TK1151

高尔基体0.071

排名 3 · TkA02G042850 · TK1151

内质网0.055

排名 4 · TkA02G042850 · TK1151

线粒体0.051

排名 5 · TkA02G042850 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02985HEAT79-104 aa

PF15785SMG1580-1145 aa

PF02985HEAT645-668 aa

PF02985HEAT684-704 aa

PF07719TPR_21049-1070 aa

PF00515TPR_11049-1066 aa

PF23593HEAT_ATR1626-1706 aa

PF02985HEAT1645-1662 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G042850	`PF02985`	HEAT	79	104	2.2e-06	28.1
TkA02G042850	`PF15785`	SMG1	580	1145	7.4e-37	127.7
TkA02G042850	`PF02985`	HEAT	645	668	2.2e-06	28.1
TkA02G042850	`PF02985`	HEAT	684	704	2.2e-06	28.1
TkA02G042850	`PF07719`	TPR_2	1049	1070	0.035	14.9
TkA02G042850	`PF00515`	TPR_1	1049	1066	0.34	11.5
TkA02G042850	`PF23593`	HEAT_ATR	1626	1706	0.0027	18.3
TkA02G042850	`PF02985`	HEAT	1645	1662	2.2e-06	28.1
TkA02G042850	`PF08771`	FRB_dom	1721	1742	0.001	20.0
TkA02G042850	`PF08771`	FRB_dom	1783	1845	0.001	20.0
TkA02G042850	`PF00454`	PI3_PI4_kinase	1912	2173	2.5e-50	172.4
TkA02G042850	`PF23593`	HEAT_ATR	2024	2045	0.0027	18.3
TkA02G042850	`PF10280`	Med11	2212	2264	0.36	12.0
TkA02G042850	`PF08771`	FRB_dom	2266	2290	0.001	20.0
TkA02G042850	`PF00454`	PI3_PI4_kinase	2392	2480	2.5e-50	172.4
TkA02G042850	`PF10280`	Med11	2711	2761	0.36	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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