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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID,查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度,最大 10000 bp

基因概览

TkA02G037110
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 9308450-9312227 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

1277 bp · TkA02G037110|TK1151|cDNA

AAATGAAGGGTGACACGCAGATGCAGGTGACTCACGTTTCTCGTCAACGGAGGTCGACGAGATGCACATGGTGTAACATCATTTTCAAATTTACGCGAAGTCTTGATTTTTTGTTATTGGAAAGCTCGAATTGAGATGCAGATGCACTTTGATTTGTAAATTACAATATAATAAAGCTAAAAGTTCCTGATCACCGACCTTCAAACCTAGAAATTGTCATCGATATTCAGAGAGGAGGTTCTTCTTCTTATTATTTTTGT...

1467 bp · TkA02G037110|TK1151|CDS

ATGGAAAAATGTTCTCCGGAAGATGACGATCCAGAGAAAAAGCAGGAGAAAAAGGAGGATGTTGCTGCAGATCCAGAATTCTTTAGCTGCATGCTTCAGCCGCATTCCACGAACTCCGATCCTATTTACATCGGAACCCGCCGTCTTCTACTATTTCGCAAGGCTCGATCCGGTACTCTTCACCGGAAGGATTGGAGATGCAATGGTAAAGGCTATGTGGCTTATCGCAATTTTATCACCACGCTGGAGAATCGAATGAA...

488 aa · TkA02G037110|TK1151|PROTEIN

MEKCSPEDDDPEKKQEKKEDVAADPEFFSCMLQPHSTNSDPIYIGTRRLLLFRKARSGTLHRKDWRCNGKGYVAYRNFITTLENRMKLQSPSHLSSPGTSGRWAPSSGPASLTHDMDTWSLSKSESQTLSRTNSILSNISEKTDQSRRKTEPAYSFVGMHCIFDECKSMVTVIKFGHMSSDILAFGANDGTLTVCSVSEPPSVMKKLSGHSKDVTDFDFTMNNHYIASSSLDKTVRVWDIPKGLCIRVIYGIAPQLCIRF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G037110
TK1151 IDTkA02G037110
OH-1004 IDLXL04_017520
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 98.566 / OH-1004 94.314
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G037110
位置Chr02:9308450-9312227 (+)
描述Similar to WDR13: WD repeat-containing protein 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g32700 可能作为转录共抑制复合体的亚基,抑制非生物胁迫相关基因的表达。
At4g32551 花分生组织发育早期阶段 C 类花同源异型基因 AGAMOUS 的 SEU-LUG 转录辅阻遏物的转录阻遏子亚基。

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源:OH1004 · LXL04_017520 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释;下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释(OH1004 来源)
GO:1904691 negative regulation of type B pancreatic cell proliferation 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0034451 centriolar satellite 细胞组分
GO:0048188 Set1C/COMPASS complex 细胞组分
GO:0042393 histone binding 分子功能
GO:1990841 promoter-specific chromatin binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
hsa:54554
hsa:64743
mmu:73447
pon:100171581
ptr:449584
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号,不代表本基因已获得通路功能验证。

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究;参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时,不自动选择表达记录;缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释,不能替代定位实验。

细胞质0.524
排名 1 · TkA02G037110 · TK1151
细胞核0.400
排名 2 · TkA02G037110 · TK1151
细胞膜0.114
排名 3 · TkA02G037110 · TK1151
溶酶体/液泡0.059
排名 4 · TkA02G037110 · TK1151
高尔基体0.046
排名 5 · TkA02G037110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测,非定位实验结果

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17475Binary_toxB_2114-170 aa
PF25173Beta-prop_WDR3_1st160-280 aa
PF24805EIF3I161-241 aa
PF23775Beta-prop_RIG_2nd163-271 aa
PF23414Beta-prop_EML_2164-243 aa
PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd164-319 aa
PF25175Beta-prop_WDR5166-473 aa
PF23389Beta-prop_WDR19_1st166-239 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G037110PF17475Binary_toxB_21141700.2112.0
TkA02G037110PF25173Beta-prop_WDR3_1st1602809.5e-2897.9
TkA02G037110PF24805EIF3I1612411e-0938.7
TkA02G037110PF23775Beta-prop_RIG_2nd1632718.9e-1039.2
TkA02G037110PF23414Beta-prop_EML_21642431.9e-2487.2
TkA02G037110PF24782WD40_MABP1-WDR62_2nd1643192.5e-0730.7
TkA02G037110PF25175Beta-prop_WDR51664733e-30106.2
TkA02G037110PF23389Beta-prop_WDR19_1st1662391.5e-0628.2
TkA02G037110PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st1672382.7e-0937.6
TkA02G037110PF24817WD40_WDHD1_1st1683357.5e-2691.7
TkA02G037110PF23098Beta-prop_NOL10_N1682441.7e-0938.0
TkA02G037110PF23409Beta-prop_EML1682392e-0628.2
TkA02G037110PF25168Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd1692861.4e-1661.4
TkA02G037110PF24814WD40_Prp191702482.5e-2280.0
TkA02G037110PF23393Beta-prop_WDR90_POC16_2nd1702305.7e-1039.6
TkA02G037110PF29037DSE1_N1702424.8e-0833.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻;Swiss-Prot 为人工审校条目,TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O48847拟南芥sp|O48847|LUH_ARATH Transcriptional corepressor LEUNIG_HOMOLOG21.900%Swiss-Prot低置信
Q9FUY2拟南芥sp|Q9FUY2|LEUNG_ARATH Transcriptional corepressor LEUNIG28.100%Swiss-Prot低置信

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