LXL04_017520 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017520

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 152372348-152375880 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1553 bp · LXL04_017520|LXL04_017520|OH1004|cDNA

ATGAAGGGTGACACGCAGATGCAGGTGACTCACGTTTCTCGTCAACGGAGGATTCTTCGAAAGTATTATAGAACGATTGATCGCAAGATGGAAAAATGTTCTCCGGAAGATGACGATCCAGAGAAAAAGCAGGAGAAAAAGGAGGATGTTGCTGCAGATCCAGAATTCTTTAGCTGCATGCTTCAGCCGCATTCCACGAACTCCGATCCTATTTACATCGGAACCCGCCGTCTTCTACTATTTCGCAAGGCTCGATCCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1533 bp · LXL04_017520|LXL04_017520|OH1004|CDS

ATGAAGGGTGACACGCAGATGCAGGTGACTCACGTTTCTCGTCAACGGAGGATTCTTCGAAAGTATTATAGAACGATTGATCGCAAGATGGAAAAATGTTCTCCGGAAGATGACGATCCAGAGAAAAAGCAGGAGAAAAAGGAGGATGTTGCTGCAGATCCAGAATTCTTTAGCTGCATGCTTCAGCCGCATTCCACGAACTCCGATCCTATTTACATCGGAACCCGCCGTCTTCTACTATTTCGCAAGGCTCGATCCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

510 aa · LXL04_017520|LXL04_017520|OH1004|PROTEIN

MKGDTQMQVTHVSRQRRILRKYYRTIDRKMEKCSPEDDDPEKKQEKKEDVAADPEFFSCMLQPHSTNSDPIYIGTRRLLLFRKARSGTLHRKDWRCNGKGYVAYRNFITTLENRMKLQSPSHLSSPGTSGRWAPSSGPASLTHDMDTWSLSKSESQTLSRTNSILSNISEKTDQSRRKTEPAYSFVGMHCIFDECKSMVTVIKFGHMSSDILAFGANDGTLTVCSVSEPPSVMKKLSGHSKDVTDFDFTMNNHYIASSSL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017520`
TK1151 ID	TkA02G037110
OH-1004 ID	LXL04_017520
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.566 / OH-1004 94.314 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_017520`
位置	Chr03:152372348-152375880 (-)
描述	Similar to WDR13: WD repeat-containing protein 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017520` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:1904691 negative regulation of type B pancreatic cell proliferation 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005886 plasma membrane 细胞组分 GO:0034451 centriolar satellite 细胞组分 GO:0048188 Set1C/COMPASS complex 细胞组分 GO:0042393 histone binding 分子功能 GO:1990841 promoter-specific chromatin binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:54554 hsa:64743 mmu:73447 pon:100171581 ptr:449584 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.547

排名 1 · LXL04_017520 · OH-1004

细胞核0.381

排名 2 · LXL04_017520 · OH-1004

细胞膜0.116

排名 3 · LXL04_017520 · OH-1004

溶酶体／液泡0.053

排名 4 · LXL04_017520 · OH-1004

线粒体0.052

排名 5 · LXL04_017520 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st189-280 aa

PF24805.2EIF3I190-270 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2193-272 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd193-300 aa

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd193-348 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5195-502 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st196-364 aa

PF25168.2Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd198-314 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017520	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	189	280	1.2e-27	97.5
LXL04_017520	`PF24805.2`	EIF3I	190	270	1.1e-09	38.6
LXL04_017520	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	193	272	2.7e-24	86.7
LXL04_017520	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	193	300	1.9e-09	38.1
LXL04_017520	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	193	348	3e-07	30.4
LXL04_017520	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	195	502	2.9e-30	106.3
LXL04_017520	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	196	364	1.4e-25	90.8
LXL04_017520	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	198	314	2e-16	60.9
LXL04_017520	`PF24814.2`	WD40_Prp19	199	345	4.5e-22	79.1
LXL04_017520	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	206	365	1e-25	91.4
LXL04_017520	`PF24796.2`	WDR55	206	269	2.8e-15	56.8
LXL04_017520	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	209	432	5.5e-29	101.7
LXL04_017520	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	210	408	5.2e-29	102.2
LXL04_017520	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	230	321	3.7e-12	46.6
LXL04_017520	`PF23869.2`	Beta-prop_WDR75_1st	231	278	7.4e-07	29.5
LXL04_017520	`PF00400.39`	WD40	233	268	7e-23	80.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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