TkA02G035800 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA02G035800

当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 8917331-8922505 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2317 bp · TkA02G035800|TK1151|cDNA

TATAAACATCTTTTGCTTTCATCACTTCACGAGCTTTAATTTAAACAATTTCAAATTTCAACTCAATAGTTTTTTTAACACTTATTTACCGAATTTGCGGTATATATACATCCAGAAATGGAGACATATACACTTGCAAACACCAGATTTCTCGTGACAGAGCTCACAAGCCAATAAATCACCACCGTTCACGCATTTCCACAGATTAAAATTCACAGCTTTTACAACTCTATTTTTTGCATAATCACCCAATTGGGTAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1521 bp · TkA02G035800|TK1151|CDS

ATGATGGGTTTTTTGAGTGGGGAGAAGATCAGAGGGAGCTTAAACGGCACCGTTTGGGTTAACCATTTGCGAAAAAAGTTGAGTTTTCAAAAGCGAAATAGCAAAATTACAAAACCTGGTGTTGCTTACTCTGTTATCACGTCAAATAATGGCCATGAAACCATGGTTGAGAAACTTGCGCCACCGATATTTGAGCGGAGGAGGGTAAATCCGAAAAATGTGGCGGCGATCATACTCGGCGGTGGTGCCGGAACGCATCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

506 aa · TkA02G035800|TK1151|PROTEIN

MMGFLSGEKIRGSLNGTVWVNHLRKKLSFQKRNSKITKPGVAYSVITSNNGHETMVEKLAPPIFERRRVNPKNVAAIILGGGAGTHLFPLTSKTATPAVPVGGCYRLIDIPMSNCINSTINKIFVLTQFNSASLNRHIARTYYGNGVNFGDGFVEVLAATQTPGEAGMNWFQGTADAVRQFTWVFEDAKNKDIEDILILSGDHLYRMDYLNLLQNHMDRDADITVSCVPVGESRASDFGLLKFDNKGQVLQFAEKPKDDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA02G035800`
TK1151 ID	TkA02G035800
OH-1004 ID	LXL04_017496
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.605 / OH-1004 94.915 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA02G035800

位置 Chr02:8917331-8922505 (+)

描述 Similar to AGPS1: Glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit 1 (Fragment)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39210`	该蛋白在淀粉合成中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At2g21590`	该蛋白在淀粉合成中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At1g27680`	该蛋白在淀粉合成中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017496 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005978 glycogen biosynthetic process 生物过程

GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程

GO:0009501 amyloplast 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0010170 glucose-1-phosphate adenylyltransferase complex 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008878 glucose-1-phosphate adenylyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G27680

ath:AT2G21590

ath:AT4G39210

bvg:104889614

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.932

排名 1 · TkA02G035800 · TK1151

线粒体0.084

排名 2 · TkA02G035800 · TK1151

细胞质0.052

排名 3 · TkA02G035800 · TK1151

过氧化物酶体0.036

排名 4 · TkA02G035800 · TK1151

细胞核0.023

排名 5 · TkA02G035800 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00483NTP_transferase76-352 aa

PF25247LbH_GLGC371-505 aa

PF24894Hexapep_GlmU372-433 aa

PF25087GMPPB_C379-425 aa

PF25084LbH_EIF2B380-424 aa

PF00132Hexapep385-394 aa

PF24894Hexapep_GlmU431-469 aa

PF25084LbH_EIF2B445-471 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA02G035800	`PF00483`	NTP_transferase	76	352	1.2e-69	235.3
TkA02G035800	`PF25247`	LbH_GLGC	371	505	2.9e-54	183.4
TkA02G035800	`PF24894`	Hexapep_GlmU	372	433	1.1e-08	35.9
TkA02G035800	`PF25087`	GMPPB_C	379	425	1.3e-06	28.8
TkA02G035800	`PF25084`	LbH_EIF2B	380	424	4.6e-06	27.3
TkA02G035800	`PF00132`	Hexapep	385	394	0.019	15.4
TkA02G035800	`PF24894`	Hexapep_GlmU	431	469	1.1e-08	35.9
TkA02G035800	`PF25084`	LbH_EIF2B	445	471	4.6e-06	27.3
TkA02G035800	`PF00132`	Hexapep	446	469	0.019	15.4
TkA02G035800	`PF25087`	GMPPB_C	451	505	1.3e-06	28.8
TkA02G035800	`PF00132`	Hexapep	493	506	0.019	15.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P55231`	拟南芥	sp\|P55231\|GLGL3_ARATH Glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit 3, chloroplastic	70.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SIK1`	拟南芥	sp\|Q9SIK1\|GLGL4_ARATH Probable glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit, chloroplastic	72.600%	Swiss-Prot	高置信
`P55230`	拟南芥	sp\|P55230\|GLGL2_ARATH Glucose-1-phosphate adenylyltransferase large subunit 2, chloroplastic	74.500%	Swiss-Prot	高置信

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