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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA02G016770
当前版本: TK1151 染色体: Chr02 坐标: 3912453-3913908 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1007 bp · TkA02G016770|TK1151|cDNA

GGAGCCATCGTCATATTCCATTATCGGCAATACCCTACCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCAGTATTGTTTCTTGCTGAAAATTATTAAAAGTCGATTGAAGTCTTCATATAAATTCAATAATTCGAACACCCACTTTGTATAGAAGCTCCCTCTGGCTCTGGGTTTAAAAACACCAAAATGGGTCTTTCGCCGTACCAAAGCCCCTCCGACGCCGGCGTCCTGTGCGTGATTTTGGTGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

459 bp · TkA02G016770|TK1151|CDS

ATGGGTCTTTCGCCGTACCAAAGCCCCTCCGACGCCGGCGTCCTGTGCGTGATTTTGGTGAACACCGTCATGTCGATATCCATCATGAAGGAAATCGTCCGTTCAATCCTTCACGTCATCGGAATCCATGTCTCATCGTGGGAAGATTACTCCAACCAATCGCTAGCAGAATCCGTGGAATGCAGAGGAACCCCGTCGGAAACTTACATGGAAGAGTTCAGAAGCCGGACGCCGGCACTCCTGTACGACTCCCTCACCGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

152 aa · TkA02G016770|TK1151|PROTEIN

MGLSPYQSPSDAGVLCVILVNTVMSISIMKEIVRSILHVIGIHVSSWEDYSNQSLAESVECRGTPSETYMEEFRSRTPALLYDSLTVCCRSKQECSVCLVEFKPDSEINRLSCGHVFHKSCLEKWLKYWNTTCPLCRNHMMMPKEEENTCPM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA02G016770
TK1151 IDTkA02G016770
OH-1004 IDLXL04_037955
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)70.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 81.579 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA02G016770
位置Chr02:3912453-3913908 (+)
描述Similar to XERICO: Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g04240 在翻译后水平上对脱落酸稳态的作用，可能是通过泛素/蛋白酶体依赖性底物特异性降解。
Upregulation of an Arabidopsis RING-H2 gene, XERICO, confers drought tolerance through increased abscisic acid biosynthesis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02782.x
Global analysis of della direct targets in early gibberellin signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054999
At3g61460 可能参与油菜素甾醇信号通路并调节莲座叶的生长发育。
Characterisation of BRH1, a brassinosteroid-responsive RING-H2 gene from Arabidopsis thaliana.2002 · DOI: 10.1007/s00425-001-0723-z
Overexpressed BRH1, a RING finger gene, alters rosette leaf shape in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1007/s11427-017-9133-8

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037955 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程
GO:0009651 response to salt stress 生物过程
GO:0009687 abscisic acid metabolic process 生物过程
GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程
GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0009739 response to gibberellin 生物过程
GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程
GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G15100
ath:AT1G63170
ath:AT2G01150
ath:AT2G04240
ath:AT4G11360
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.304
排名 1 · TkA02G016770 · TK1151
细胞质0.254
排名 2 · TkA02G016770 · TK1151
细胞膜0.228
排名 3 · TkA02G016770 · TK1151
溶酶体／液泡0.221
排名 4 · TkA02G016770 · TK1151
高尔基体0.200
排名 5 · TkA02G016770 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12906RINGv49-64 aa
PF12678zf-rbx189-137 aa
PF17120zf-RING_1691-134 aa
PF14446Prok-RING_191-124 aa
PF06563DUF112592-119 aa
PF13639zf-RING_293-137 aa
PF17123zf-RING_1194-122 aa
PF13923zf-C3HC4_294-136 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA02G016770PF12906RINGv49640.1612.8
TkA02G016770PF12678zf-rbx1891371.9e-0835.1
TkA02G016770PF17120zf-RING_16911340.0002421.4
TkA02G016770PF14446Prok-RING_1911240.02915.3
TkA02G016770PF06563DUF1125921190.1613.2
TkA02G016770PF13639zf-RING_2931376e-1452.7
TkA02G016770PF17123zf-RING_11941228e-1039.0
TkA02G016770PF13923zf-C3HC4_2941364.2e-0833.6
TkA02G016770PF14634zf-RING_5941374.8e-0833.6
TkA02G016770PF25998U-box_ZFPL1941332.3e-0525.4
TkA02G016770PF11793FANCL_C941310.001819.3
TkA02G016770PF15227zf-C3HC4_4941138.77.3
TkA02G016770PF13445zf-RING_UBOX951341.9e-0834.9
TkA02G016770PF00097zf-C3HC4951364.5e-0833.6
TkA02G016770PF23412zf_RING_Vps8951240.0001921.9
TkA02G016770PF23555zf-RING_Vps41951240.000719.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SI09拟南芥sp|Q9SI09|XERIC_ARATH Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO51.600%Swiss-Prot高置信
Q9XF92拟南芥sp|Q9XF92|BRH1_ARATH Brassinosteroid-responsive RING protein 131.100%Swiss-Prot中等置信

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