LXL04_037955 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_037955

当前版本: OH-1004 染色体: Chr09 坐标: 26825664-26826023 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

360 bp · LXL04_037955|LXL04_037955|OH1004|cDNA

ATGAAGGAAACGTTTTGTTCGATTCTTCACACGGTGGGATTCCGTGTCGCATCGCCTAATCAATCCTCACCGGAATCATTTGAGTGCCGGGGAAGTCCGCCGGAGACTTACATCGAGGAGTTCAGAAGCCGGACGCCGTCACTCCGTTACATCTCCCTCCGCCGCGCGATTAAACAGGAATGTTCGGTTTGCTTAACGGAGTTTAAACCAGATGTAGAGATTAATAACCTTTCGTGTGGACATGTTTTTCATAAATCGTG...

CDS

下载 CDS FASTA

360 bp · LXL04_037955|LXL04_037955|OH1004|CDS

ATGAAGGAAACGTTTTGTTCGATTCTTCACACGGTGGGATTCCGTGTCGCATCGCCTAATCAATCCTCACCGGAATCATTTGAGTGCCGGGGAAGTCCGCCGGAGACTTACATCGAGGAGTTCAGAAGCCGGACGCCGTCACTCCGTTACATCTCCCTCCGCCGCGCGATTAAACAGGAATGTTCGGTTTGCTTAACGGAGTTTAAACCAGATGTAGAGATTAATAACCTTTCGTGTGGACATGTTTTTCATAAATCGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

119 aa · LXL04_037955|LXL04_037955|OH1004|PROTEIN

MKETFCSILHTVGFRVASPNQSSPESFECRGSPPETYIEEFRSRTPSLRYISLRRAIKQECSVCLTEFKPDVEINNLSCGHVFHKSCLEKWLKFWNITCPLCRNHMMISTEMEENTCPM

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_037955`
TK1151 ID	TkA02G016770
OH-1004 ID	LXL04_037955
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	70.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.579 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_037955

位置 Chr09:26825664-26826023 (+)

描述 Similar to XERICO: Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g04240`	在翻译后水平上对脱落酸稳态的作用，可能是通过泛素/蛋白酶体依赖性底物特异性降解。	Upregulation of an Arabidopsis RING-H2 gene, XERICO, confers drought tolerance through increased abscisic acid biosynthesis.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02782.x Global analysis of della direct targets in early gibberellin signaling in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.107.054999
`At1g15100`	E3 泛素蛋白连接酶参与种子萌发和早期幼苗发育过程中脱落酸信号传导以及对盐和渗透胁迫的反应的正向调节。	The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2a is a novel positive regulator of abscisic acid signaling during seed germination and early seedling development.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.135269 The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2b acts additively with RHA2a in regulating abscisic acid signaling and drought response.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.176214
`At2g01150`	E3 泛素蛋白连接酶参与种子萌发和幼苗早期发育过程中脱落酸信号传导的正向调节以及对盐和渗透胁迫的反应。	The Arabidopsis RING finger E3 ligase RHA2b acts additively with RHA2a in regulating abscisic acid signaling and drought response.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.176214
`At4g11360`	当与E2酶UBC8在体外结合时，具有E3泛素-蛋白连接酶活性。	暂无已核实直接文献
`At1g63170`	介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_037955 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009687 abscisic acid metabolic process 生物过程

GO:0009688 abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009789 positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0047484 regulation of response to osmotic stress 生物过程

GO:0071456 cellular response to hypoxia 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15100

ath:AT1G63170

ath:AT2G01150

ath:AT2G04240

ath:AT4G11360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.516

排名 1 · LXL04_037955 · OH-1004

细胞核0.384

排名 2 · LXL04_037955 · OH-1004

细胞膜0.124

排名 3 · LXL04_037955 · OH-1004

线粒体0.084

排名 4 · LXL04_037955 · OH-1004

高尔基体0.075

排名 5 · LXL04_037955 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12678.14zf-rbx154-103 aa

PF13639.13zf-RING_259-103 aa

PF17123.12zf-RING_1160-88 aa

PF13923.13zf-C3HC4_260-102 aa

PF14634.13zf-RING_560-103 aa

PF00097.32zf-C3HC461-102 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX61-100 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_037955	`PF12678.14`	zf-rbx1	54	103	6.7e-10	39.8
LXL04_037955	`PF13639.13`	zf-RING_2	59	103	2.6e-13	50.7
LXL04_037955	`PF17123.12`	zf-RING_11	60	88	5.2e-10	39.6
LXL04_037955	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	60	102	2e-08	34.6
LXL04_037955	`PF14634.13`	zf-RING_5	60	103	1e-07	32.5
LXL04_037955	`PF00097.32`	zf-C3HC4	61	102	9.5e-09	35.7
LXL04_037955	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	61	100	1.6e-08	35.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SI09`	拟南芥	Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO	59.091%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZT50`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RHA2A	52.083%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZU51`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RHA2B	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SUS5`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RHA1B	43.750%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LDB8`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase At1g63170	42.857%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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