TkA01G641230 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G641230

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 162270357-162271638 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1067 bp · TkA01G641230|TK1151|cDNA

GCCATCACTTCACATTTACCAAGAAGAACCGACAACGGGATTAAGAATTTCTGGAATTCTCATCTACGAAAGCGGAATCCCGGCCTTCAAACCAATCTACCTTCCAATTCAACAGATAATAAAGTAGAAGCTAAAGCTGAAGCGAAGCTATCCATGGATCCGATGAGTGTCAGCAATAACTTCCTCCATGAATGTTGTTCTAGCGATGGAGAAGCTTTTCAGAAACATATGGCGTATGGTATCCAAAACCCTATAAAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

441 bp · TkA01G641230|TK1151|CDS

GCCATCACTTCACATTTACCAAGAAGAACCGACAACGGGATTAAGAATTTCTGGAATTCTCATCTACGAAAGCGGAATCCCGGCCTTCAAACCAATCTACCTTCCAATTCAACAGATAATAAAGTAGAAGCTAAAGCTGAAGCGAAGCTATCCATGGATCCGATGAGTGTCAGCAATAACTTCCTCCATGAATGTTGTTCTAGCGATGGAGAAGCTTTTCAGAAACATATGGCGTATGGTATCCAAAACCCTATAAAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

146 aa · TkA01G641230|TK1151|PROTEIN

AITSHLPRRTDNGIKNFWNSHLRKRNPGLQTNLPSNSTDNKVEAKAEAKLSMDPMSVSNNFLHECCSSDGEAFQKHMAYGIQNPIKIESDYFVTVQEGPNSTSESCDQSVKEEMMNGSESQNSYDSDITVDLLIDFPNDGEYLQYV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G641230`
TK1151 ID	TkA01G641230
OH-1004 ID	LXL04_021663
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	42.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 57.430 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G641230

位置 Chr01:162270357-162271638 (+)

描述 Similar to MYB17: Transcription factor MYB17

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61420`	短链脂肪族硫代葡萄糖苷（GLS）生物合成的主要调控因子。	Omics-based identification of Arabidopsis Myb transcription factors regulating aliphatic glucosinolate biosynthesis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0611629104 The R2R3-MYB transcription factor HAG1/MYB28 is a regulator of methionine-derived glucosinolate biosynthesis in Arabidopsis thaliana.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03133.x HAG2/MYB76 and HAG3/MYB29 exert a specific and coordinated control on the regulation of aliphatic glucosinolate biosynthesis in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2007.02295.x The impact of the absence of aliphatic glucosinolates on insect herbivory in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1371/journal.pone.0002068 A complex interplay of three R2R3 MYB transcription factors determines the profile of aliphatic glucosinolates in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.149286 BZR1 and BES1 participate in regulation of glucosinolate biosynthesis by brassinosteroids in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1093/jxb/ert094 Novel insights into the function of Arabidopsis R2R3-MYB transcription factors regulating aliphatic glucosinolate biosynthesis.2013 · DOI: 10.1093/pcp/pct085
`At5g15310`	参与花瓣表皮细胞形态发生的控制。	Control of cell and petal morphogenesis by R2R3 MYB transcription factors.2007 · DOI: 10.1242/dev.02836 MIXTA-like transcription factors and WAX INDUCER1/SHINE1 coordinately regulate cuticle development in Arabidopsis and Torenia fournieri.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110783 The MIXTA-like transcription factor MYB16 is a major regulator of cuticle formation in vegetative organs.2013 · DOI: 10.4161/psb.26826

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021663 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000902 cell morphogenesis 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009825 multidimensional cell growth 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0009909 regulation of flower development 生物过程

GO:0010091 trichome branching 生物过程

GO:0010143 cutin biosynthetic process 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0080090 regulation of primary metabolic process 生物过程

GO:0080091 regulation of raffinose metabolic process 生物过程

GO:1901957 regulation of cutin biosynthetic process 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G01140

ath:AT3G61250

ath:AT4G05100

ath:AT4G28110

ath:AT5G15310

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.939

排名 1 · TkA01G641230 · TK1151

细胞质0.210

排名 2 · TkA01G641230 · TK1151

线粒体0.026

排名 3 · TkA01G641230 · TK1151

细胞膜0.019

排名 4 · TkA01G641230 · TK1151

高尔基体0.009

排名 5 · TkA01G641230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00249Myb_DNA-binding2-22 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G641230	`PF00249`	Myb_DNA-binding	2	22	0.0019	19.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SPG2`	拟南芥	sp\|Q9SPG2\|MYB28_ARATH Transcription factor MYB28	35.700%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LXF1`	拟南芥	sp\|Q9LXF1\|MYB16_ARATH Transcription factor MYB16	54.800%	Swiss-Prot	低置信

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