TkA01G630880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G630880

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 159534028-159542279 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2129 bp · TkA01G630880|TK1151|cDNA

CGTCTCCTCCGGCGTTTGAGCCAGCAAAACTTTTGCAGCGGTCTTGATCTCACCAGCAAAACTTCGCCGCCATGCTATACCCAACAAACCCACCGTAGCTAAGCCCCACCGGGTTAATTTTCCCCATCAGTCCCACAGCTTCCAACGTCTGCATCACACACTCCGCCTGGAACTGCTCCGTCTGATCCAGTCGTTTGGTGTAGGAGTCTCCGTCGTGGAGGATGGTGGTTGTAGATTTTAGGCCGGCGGACCCGAATGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1038 bp · TkA01G630880|TK1151|CDS

ATGCTTCAAATCCGACTAAGCAACAAGGCTACAACTTCAGAAAGTGGTGGAGGTGCAAAACTGCCATCAGGGGAAACAGTAACAGTCGCATGCCCTGACCACCTTGTTCTTGCTGAGCTTCCGGTAGCCAAAAGCCTCGGTTCCGCTAGCGGTGTTACTCTAGTGAAGACAGTCGGGCGTAGGTCCCGCCGCCCACTTGGCGAACGTGTCCACTTCTGTGTCCAATGTGACTTCCCCATCGCCATTTATGGACGTCTGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

345 aa · TkA01G630880|TK1151|PROTEIN

MLQIRLSNKATTSESGGGAKLPSGETVTVACPDHLVLAELPVAKSLGSASGVTLVKTVGRRSRRPLGERVHFCVQCDFPIAIYGRLIPCEHAFCLDCARSDSICYLCDERIQKIQTIKMMEGIFICAAPHCLKSFLKKTDFEAHVYAVHSDLVNPNAQKEVNESEPRKPTTSDSTVQAPTPRPVQDGEDRTQTQRLQPLQPPMVRPLMHPRPVDTRPHGFDGYEYPIPLPPPNFVVPGNPNVMGPGSFGQPMYVGPPPEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G630880`
TK1151 ID	TkA01G630880
OH-1004 ID	LXL04_000152
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G630880

位置 Chr01:159534028-159542279 (-)

描述 Similar to HAKAI: E3 ubiquitin-protein ligase HAKAI homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01160`	可能的E3泛素蛋白连接酶，是N6-甲基转移酶复合物的亚基，该多蛋白复合物介导某些mRNA在5'-[AG]GAC-3'共识位点的N6-甲基腺苷（m6A）甲基化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000152 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0001510 RNA methylation 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0007162 negative regulation of cell adhesion 生物过程

GO:0007548 sex differentiation 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030155 regulation of cell adhesion 生物过程

GO:0030237 female sex determination 生物过程

GO:0030335 positive regulation of cell migration 生物过程

GO:0035282 segmentation 生物过程

GO:0045807 positive regulation of endocytosis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G01160

dme:Dmel_CG10263

gga:417701

hsa:79872

mcf:101866734

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.763

排名 1 · TkA01G630880 · TK1151

细胞质0.366

排名 2 · TkA01G630880 · TK1151

内质网0.035

排名 3 · TkA01G630880 · TK1151

细胞膜0.035

排名 4 · TkA01G630880 · TK1151

线粒体0.024

排名 5 · TkA01G630880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13920zf-C3HC4_373-113 aa

PF00097zf-C3HC473-100 aa

PF14447Prok-RING_486-113 aa

PF14634zf-RING_586-108 aa

PF13445zf-RING_UBOX87-98 aa

PF14634zf-RING_5130-137 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G630880	`PF13920`	zf-C3HC4_3	73	113	0.012	16.1
TkA01G630880	`PF00097`	zf-C3HC4	73	100	0.14	12.7
TkA01G630880	`PF14447`	Prok-RING_4	86	113	1.1	9.9
TkA01G630880	`PF14634`	zf-RING_5	86	108	6.5	7.5
TkA01G630880	`PF13445`	zf-RING_UBOX	87	98	0.5	11.1
TkA01G630880	`PF14634`	zf-RING_5	130	137	6.5	7.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFC0`	拟南芥	sp\|Q9LFC0\|HAKAI_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase HAKAI homolog	46.300%	Swiss-Prot	中等置信

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