TkA01G627310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G627310

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 158374528-158377534 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2868 bp · TkA01G627310|TK1151|cDNA

GCCCCTACACTTACGGTATCTGCATAAATGAACCACAAATAAGAATGAAAATCCCCTATCAAACAACAAAAATTCAAACAATAGTCGGTCTGGCTAAAACCCTCGCTGCCTCGCCCACAGAAACTGTATTTTCCAGAAACAAGGGGATGAGTTTTGATCGATTACCGCTCGCTTCCATCGAAGATGAAGACCAAGAATTCGAGGAATCATCGTCGTCTACTCCGGCAACCCAGTCTGAAACATTTATGGTGGGTTTCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

2607 bp · TkA01G627310|TK1151|CDS

ATGAAAATCCCCTATCAAACAACAAAAATTCAAACAATAGTCGGTCTGGCTAAAACCCTCGCTGCCTCGCCCACAGAAACTGTATTTTCCAGAAACAAGGGGATGAGTTTTGATCGATTACCGCTCGCTTCCATCGAAGATGAAGACCAAGAATTCGAGGAATCATCGTCGTCTACTCCGGCAACCCAGTCTGAAACATTTATGGTGGGTTTCATGGTCGCAAACATTGTCGGTCTGCAATACTATCGCGGCCGGATAAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

868 aa · TkA01G627310|TK1151|PROTEIN

MKIPYQTTKIQTIVGLAKTLAASPTETVFSRNKGMSFDRLPLASIEDEDQEFEESSSSTPATQSETFMVGFMVANIVGLQYYRGRISGREMVGLVREPLNAYDSNAIKVVNTRTIQVGHIEKKVASVLAPLLDSNFVHVEGIVPKTPKSAAAYRIPCHIHVFSKMEAFETVKSALRSFLFTPNDPMFSMSDSMVVKEKKKGDLDEIFKLVDDNLRENAVNGVMEPPQDFILPDLFQHQKEGLYWLHHRENSDELPPFWEK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G627310`
TK1151 ID	TkA01G627310
OH-1004 ID	LXL04_000221
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G627310

位置 Chr01:158374528-158377534 (+)

描述 Similar to At5g05130: Putative SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3-like 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g05130`	具有内在的依赖 ATP 的核小体重塑活性。	暂无已核实直接文献
`At5g22750`	在无差错复制后 DNA 修复或 DNA 损伤耐受途径中发挥作用。	A homolog of ScRAD5 is involved in DNA repair and homologous recombination in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.116806 RAD5A, RECQ4A, and MUS81 have specific functions in homologous recombination and define different pathways of DNA repair in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.078568 RAD5a and REV3 function in two alternative pathways of DNA-damage tolerance in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1016/j.dnarep.2011.04.009 AtRAD5A is a DNA translocase harboring a HIRAN domain which confers binding to branched DNA structures and is required for DNA repair in vivo.2016 · DOI: 10.1111/tpj.13283

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000221 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0042789 mRNA transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0045944 positive regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0070534 protein K63-linked ubiquitination 生物过程

GO:0071168 protein localization to chromatin 生物过程

GO:0071932 replication fork reversal 生物过程

GO:0141119 chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G05130

hsa:6596

mmu:20585

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.806

排名 1 · TkA01G627310 · TK1151

细胞质0.204

排名 2 · TkA01G627310 · TK1151

线粒体0.034

排名 3 · TkA01G627310 · TK1151

细胞膜0.031

排名 4 · TkA01G627310 · TK1151

内质网0.022

排名 5 · TkA01G627310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08797HIRAN70-163 aa

PF00176SNF2-rel_dom237-593 aa

PF04851ResIII281-304 aa

PF00270DEAD290-465 aa

PF04851ResIII356-467 aa

PF13920zf-C3HC4_3589-597 aa

PF04423Rad50_zn_hook617-638 aa

PF11789zf-Nse627-671 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G627310	`PF08797`	HIRAN	70	163	1.5e-21	76.7
TkA01G627310	`PF00176`	SNF2-rel_dom	237	593	2e-71	241.2
TkA01G627310	`PF04851`	ResIII	281	304	8.1e-06	26.5
TkA01G627310	`PF00270`	DEAD	290	465	5.9e-06	26.8
TkA01G627310	`PF04851`	ResIII	356	467	8.1e-06	26.5
TkA01G627310	`PF13920`	zf-C3HC4_3	589	597	1.1e-07	32.2
TkA01G627310	`PF04423`	Rad50_zn_hook	617	638	0.35	11.4
TkA01G627310	`PF11789`	zf-Nse	627	671	0.077	13.5
TkA01G627310	`PF13920`	zf-C3HC4_3	630	677	1.1e-07	32.2
TkA01G627310	`PF13639`	zf-RING_2	632	672	5.1e-08	33.8
TkA01G627310	`PF12678`	zf-rbx1	632	672	0.00034	21.5
TkA01G627310	`PF17123`	zf-RING_11	632	657	1.5	9.3
TkA01G627310	`PF00097`	zf-C3HC4	633	671	2.2e-07	31.3
TkA01G627310	`PF13923`	zf-C3HC4_2	633	671	2.5e-07	31.1
TkA01G627310	`PF14634`	zf-RING_5	633	672	5.1e-07	30.3
TkA01G627310	`PF12861`	zf-ANAPC11	633	674	0.00015	22.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FF61`	拟南芥	sp\|Q9FF61\|SM3L1_ARATH Putative SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 3-like 1	59.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FNI6`	拟南芥	sp\|Q9FNI6\|SM3L2_ARATH DNA repair protein RAD5A	36.300%	Swiss-Prot	中等置信

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