TkA01G626880 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G626880

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 158232262-158233823 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

873 bp · TkA01G626880|TK1151|cDNA

ATGTCCACTGGATTCCCACCAAATCCACCACTAAAACTCGAAGAACTCCATCACTGTACCCAAGCTCTCAAGTTTTTCAAGGAGAAACGGACTCACCAGTTATCACTTATTAAAGAAGAGTTCATCAATTTAAAGGGGCATGTGGTGAGACCATCAGTAATTGATAATATTTGCTCAGTAGCCAATCTACATAGTGAGAAAAACCGCTACCCTGATGTTGTGAATCCATCTGAAAGTGTATCTAGATTCATAGCCACTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

873 bp · TkA01G626880|TK1151|CDS

ATGTCCACTGGATTCCCACCAAATCCACCACTAAAACTCGAAGAACTCCATCACTGTACCCAAGCTCTCAAGTTTTTCAAGGAGAAACGGACTCACCAGTTATCACTTATTAAAGAAGAGTTCATCAATTTAAAGGGGCATGTGGTGAGACCATCAGTAATTGATAATATTTGCTCAGTAGCCAATCTACATAGTGAGAAAAACCGCTACCCTGATGTTGTGAATCCATCTGAAAGTGTATCTAGATTCATAGCCACTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

290 aa · TkA01G626880|TK1151|PROTEIN

MSTGFPPNPPLKLEELHHCTQALKFFKEKRTHQLSLIKEEFINLKGHVVRPSVIDNICSVANLHSEKNRYPDVVNPSESVSRFIATQGPLPETFDDFWEMVVENRCPAIVMLTRLDDGDEIDKCDDYFQAENGVRLFRNNLQTITKKITTTNSLLVLSELEVNHGEDGHHPVFHIQYPEWPDQGVPTDTSAIRDIFRRLRHLPSSKGPILVHCSAGVGRTGTYCVIHNTIQRVLIGDMSALDLVETIITFRSQRMRMVQR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G626880`
TK1151 ID	TkA01G626880
OH-1004 ID	LXL04_000232
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	55.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 85.082 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G626880

位置 Chr01:158232262-158233823 (+)

描述 Similar to PTP1: Protein-tyrosine-phosphatase PTP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71860`	蛋白酪氨酸磷酸酶，在非氧化应激条件下可去磷酸化并可能抑制 MPK6。	ATMPK4, an Arabidopsis homolog of mitogen-activated protein kinase, is activated in vitro by AtMEK1 through threonine phosphorylation.2000 · DOI: 10.1104/pp.122.4.1301 MAP kinase phosphatase1 and protein tyrosine phosphatase1 are repressors of salicylic acid synthesis and SNC1-mediated responses in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.067678 Molecular characterization of a tyrosine-specific protein phosphatase encoded by a stress-responsive gene in Arabidopsis.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.5.849

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000232 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001933 negative regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0003084 positive regulation of systemic arterial blood pressure 生物过程

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程

GO:0009968 negative regulation of signal transduction 生物过程

GO:0010460 positive regulation of heart rate 生物过程

GO:0010812 negative regulation of cell-substrate adhesion 生物过程

GO:0016311 dephosphorylation 生物过程

GO:0030036 actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71860

gga:395688

hsa:5770

rno:24697

rno:306281

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.612

排名 1 · TkA01G626880 · TK1151

细胞核0.282

排名 2 · TkA01G626880 · TK1151

细胞膜0.204

排名 3 · TkA01G626880 · TK1151

线粒体0.076

排名 4 · TkA01G626880 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA01G626880 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00782DSPc20-31 aa

PF00102Y_phosphatase64-74 aa

PF00102Y_phosphatase79-272 aa

PF14566PTPlike_phytase86-104 aa

PF13350Y_phosphatase3169-227 aa

PF22785Tc-R-P181-223 aa

PF14566PTPlike_phytase188-227 aa

PF22784PTP-SAK190-227 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G626880	`PF00782`	DSPc	20	31	9.6e-05	22.9
TkA01G626880	`PF00102`	Y_phosphatase	64	74	2e-55	188.7
TkA01G626880	`PF00102`	Y_phosphatase	79	272	2e-55	188.7
TkA01G626880	`PF14566`	PTPlike_phytase	86	104	0.00015	22.6
TkA01G626880	`PF13350`	Y_phosphatase3	169	227	1.3e-05	26.0
TkA01G626880	`PF22785`	Tc-R-P	181	223	7.4e-07	30.4
TkA01G626880	`PF14566`	PTPlike_phytase	188	227	0.00015	22.6
TkA01G626880	`PF22784`	PTP-SAK	190	227	7.9e-06	26.7
TkA01G626880	`PF00782`	DSPc	192	227	9.6e-05	22.9
TkA01G626880	`PF22741`	PTP-NADK	204	225	0.0049	17.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82656`	拟南芥	sp\|O82656\|PTP1_ARATH Protein-tyrosine-phosphatase PTP1	51.000%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情