LXL04_000232 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000232

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 4393303-4396989 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1290 bp · LXL04_000232|LXL04_000232|OH1004|cDNA

ATGGACTCTAGGCAACAGCGTACGGTACAAGTCAAGCTTCCGATTACAACCATTTCACCACCGCCATCCACGACGGGCAACGTAGCTTCCTTTCGCAGTCGGAGCCGTAAATCGGCCATGGCTGCCTCTGCCGGTGCTAAAACTCTACCCTCTTCCTCATCTCATTCTGCTGGTGCTCCTGATTCCTTCGATATGTCCACTGGATTTCCACCGAAGCCCTCACTCAAACCCGATCAACTCCGTGACTGCGTCCAAGCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1290 bp · LXL04_000232|LXL04_000232|OH1004|CDS

ATGGACTCTAGGCAACAGCGTACGGTACAAGTCAAGCTTCCGATTACAACCATTTCACCACCGCCATCCACGACGGGCAACGTAGCTTCCTTTCGCAGTCGGAGCCGTAAATCGGCCATGGCTGCCTCTGCCGGTGCTAAAACTCTACCCTCTTCCTCATCTCATTCTGCTGGTGCTCCTGATTCCTTCGATATGTCCACTGGATTTCCACCGAAGCCCTCACTCAAACCCGATCAACTCCGTGACTGCGTCCAAGCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

429 aa · LXL04_000232|LXL04_000232|OH1004|PROTEIN

MDSRQQRTVQVKLPITTISPPPSTTGNVASFRSRSRKSAMAASAGAKTLPSSSSHSAGAPDSFDMSTGFPPKPSLKPDQLRDCVQALKFFKEKWTDQYSLIEKEFSILQIFFQQSSTFLGTFHMSSIVESNEYVICSISINDYGPYCYQDHRMRASEANSSCSVARLNVNCRKNRYTDVVPFDSNRIVLDPCKDHRSSAMGYINASLITAEANQSESVSRFIATQGPLPETFEDFWEMVLQNHCPAIVMLTRLIDHHRIQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000232`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000232

位置 Chr01:4393303-4396989 (-)

描述 Similar to PTP1: Protein-tyrosine-phosphatase PTP1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71860`	蛋白酪氨酸磷酸酶，在非氧化应激条件下可去磷酸化并可能抑制 MPK6。	ATMPK4, an Arabidopsis homolog of mitogen-activated protein kinase, is activated in vitro by AtMEK1 through threonine phosphorylation.2000 · DOI: 10.1104/pp.122.4.1301 MAP kinase phosphatase1 and protein tyrosine phosphatase1 are repressors of salicylic acid synthesis and SNC1-mediated responses in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.067678 Molecular characterization of a tyrosine-specific protein phosphatase encoded by a stress-responsive gene in Arabidopsis.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.5.849

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000232 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001933 negative regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0003084 positive regulation of systemic arterial blood pressure 生物过程

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009966 regulation of signal transduction 生物过程

GO:0009968 negative regulation of signal transduction 生物过程

GO:0010460 positive regulation of heart rate 生物过程

GO:0010812 negative regulation of cell-substrate adhesion 生物过程

GO:0016311 dephosphorylation 生物过程

GO:0030036 actin cytoskeleton organization 生物过程

GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71860

gga:395688

hsa:5770

rno:24697

rno:306281

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.582

排名 1 · LXL04_000232 · OH-1004

细胞膜0.286

排名 2 · LXL04_000232 · OH-1004

细胞核0.251

排名 3 · LXL04_000232 · OH-1004

线粒体0.059

排名 4 · LXL04_000232 · OH-1004

高尔基体0.057

排名 5 · LXL04_000232 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00102.33Y_phosphatase170-411 aa

PF22785.2Tc-R-P320-365 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000232	`PF00102.33`	Y_phosphatase	170	411	2.9e-71	240.5
LXL04_000232	`PF22785.2`	Tc-R-P	320	365	2.2e-07	32.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82656`	拟南芥	Protein-tyrosine-phosphatase PTP1	66.788%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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