TkA01G624280 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G624280

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 157602669-157604869 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1634 bp · TkA01G624280|TK1151|cDNA

ATGGATAATTCTCTCCCCTGCCTATAAATATATGTACTCCAAACATTTTACTTAGGACACACAATCCTCTTCAAGTGTTTTCCTCTCTTTTACAACAGTTTTCTAACTTAAAAACCCTACTCTTCTCATCTCTAAGTCACCAAAAACAAGAAAAAATGGAAGGAAAATTAGGATGTTTTGCGAGGTTTTTTCTCACGGCCAAACCATATATTGCCATGATTTGTTTGCAATTTGGATATGCCGGTATGAATATCATAACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1227 bp · TkA01G624280|TK1151|CDS

ATGGAAGGAAAATTAGGATGTTTTGCGAGGTTTTTTCTCACGGCCAAACCATATATTGCCATGATTTGTTTGCAATTTGGATATGCCGGTATGAATATCATAACTAAAGTGTCCCTGAATCGAGGCATGAGCCACTATGTCCTTGTTGTTTATCGGCATGCATTCGCCACTGTTGCTATCGCCCCATTCGCCATCATCTTCGAGAGGAATCTGAGGCCGAAGATTACATTCTCAATTTTTGTGCAAATGTTTGTCTTGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

408 aa · TkA01G624280|TK1151|PROTEIN

MEGKLGCFARFFLTAKPYIAMICLQFGYAGMNIITKVSLNRGMSHYVLVVYRHAFATVAIAPFAIIFERNLRPKITFSIFVQMFVLGLLGPVIDQNFYYAGLKFTSPTFSCAMSNMLPAMTFVMAVLCRMEKLDMKKVRCQAKVIGTIVTVAGAMLMTLYKGNVVELIWTKHVHPHYAETTSASSDSSDKHWVTGSILLIIATFAWASFFILQNVTMRKYTAPLSLTCLVCFIGTLQSIAVTFVMEHKPNAWSIGWDMNL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G624280`
TK1151 ID	TkA01G624280
OH-1004 ID	LXL04_009934
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	51.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 81.863 / OH-1004 88.329 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G624280

位置 Chr01:157602669-157604869 (+)

描述 Similar to At1g21890: WAT1-related protein At1g21890

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g07050`	与 WAT1 相关的蛋白 At5g07050。	暂无已核实直接文献
`At2g40900`	WAT1相关蛋白 At2g40900。	暂无已核实直接文献
`At3g56620`	与WAT1相关的蛋白At3g56620。	暂无已核实直接文献
`At1g21890`	与WAT1相关的蛋白At1g21890。	暂无已核实直接文献
`At2g37460`	与WAT1相关的蛋白At2g37460。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009934 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006865 amino acid transport 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0032973 amino acid export across plasma membrane 生物过程

GO:0043090 amino acid import 生物过程

GO:0048316 seed development 生物过程

GO:0080144 intracellular amino acid homeostasis 生物过程

GO:0098712 L-glutamate import across plasma membrane 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0015171 amino acid transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015186 L-glutamine transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G21890

ath:AT1G44800

ath:AT2G39510

ath:AT4G08290

ath:AT4G08300

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.646

排名 1 · TkA01G624280 · TK1151

内质网0.129

排名 2 · TkA01G624280 · TK1151

溶酶体／液泡0.124

排名 3 · TkA01G624280 · TK1151

细胞质0.065

排名 4 · TkA01G624280 · TK1151

高尔基体0.054

排名 5 · TkA01G624280 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00892EamA18-158 aa

PF15839TEX2950-59 aa

PF28043KwaA76-128 aa

PF15839TEX29138-169 aa

PF28043KwaA185-212 aa

PF00892EamA194-332 aa

PF28043KwaA198-242 aa

PF15839TEX29276-306 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G624280	`PF00892`	EamA	18	158	8.4e-26	91.6
TkA01G624280	`PF15839`	TEX29	50	59	3.1	9.0
TkA01G624280	`PF28043`	KwaA	76	128	0.14	12.7
TkA01G624280	`PF15839`	TEX29	138	169	3.1	9.0
TkA01G624280	`PF28043`	KwaA	185	212	0.14	12.7
TkA01G624280	`PF00892`	EamA	194	332	8.4e-26	91.6
TkA01G624280	`PF28043`	KwaA	198	242	0.14	12.7
TkA01G624280	`PF15839`	TEX29	276	306	3.1	9.0
TkA01G624280	`PF28043`	KwaA	288	366	0.14	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FL41`	拟南芥	sp\|Q9FL41\|WTR38_ARATH WAT1-related protein At5g07050	64.800%	Swiss-Prot	高置信
`F4IJ08`	拟南芥	sp\|F4IJ08\|WTR15_ARATH WAT1-related protein At2g40900	53.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LXX8`	拟南芥	sp\|Q9LXX8\|WTR27_ARATH WAT1-related protein At3g56620	53.800%	Swiss-Prot	高置信
`F4HZQ7`	拟南芥	sp\|F4HZQ7\|WTR5_ARATH WAT1-related protein At1g21890	48.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZUS1`	拟南芥	sp\|Q9ZUS1\|WTR13_ARATH WAT1-related protein At2g37460	52.000%	Swiss-Prot	高置信

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