TkA01G617690 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G617690

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 155887646-155891112 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2018 bp · TkA01G617690|TK1151|cDNA

TATACGATTTATGAATAAGTGTTTATAGTGGAAGTACAAAATTCAATAAGTGTTTATAGTGCGATGATAGAGACCAATAGTTTGACGAGACGGTTATTAAAATCTCTTTTAATTCCTTTAAAATCAACCATCCGACAAAAACGAAGAGCATAAATTGTTATAAAGATCCTAAAAGACTCTTCAAAATTAAATTATAGAGTCGTAAACAAACAAGAACTTCATATTATTTGACACTTAATAACGAAAAAGAAAGGGGGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

945 bp · TkA01G617690|TK1151|CDS

ATGTCCGATGAAGTGATAGTAAACGGCACCGGCGCCGATGTGGATGTAGACATTGAGGCGAAGGAAAAAGATTCCGACGGAAGTATGGATCTAACTGTTCAAAAATTGATGCAAAAGCTCGCTATTCTTGAGCAGGAAAAGCAAGAACTTATCAGCGATAAGGAATCGGCCACTAAGAAAATCGTGGAACTTGAGGATGAGATCCAGATGTCCGAATCCGATAAGAGGGCGTTGAGTTCGATTGCTTCAAGGGCGGCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

314 aa · TkA01G617690|TK1151|PROTEIN

MSDEVIVNGTGADVDVDIEAKEKDSDGSMDLTVQKLMQKLAILEQEKQELISDKESATKKIVELEDEIQMSESDKRALSSIASRAAELETEVSRLQHDLISSMSDAQESNAELSQLKRVVEELKKSESEKAEKLAVIETERNLLLERLNEEAEKLKAEQNQIHELERKIQSFETGEFNQKRERLKVEEEAKSKISKKDEQIHSLNKMIDDYKSVIVKNRGDMEKSEKEKEELEIGKNDLEALLKKSERKVKEMEDRLDQL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G617690`
TK1151 ID	TkA01G617690
OH-1004 ID	LXL04_000352
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G617690`
位置	Chr01:155887646-155891112 (+)
描述	Similar to PMD2: Peroxisomal and mitochondrial division factor 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_000352` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程 GO:0007031 peroxisome organization 生物过程 GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分 GO:0005576 extracellular region 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分 GO:0005777 peroxisome 细胞组分 GO:0005778 peroxisomal membrane 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分 GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G06530 ath:AT3G58840 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.237

排名 1 · TkA01G617690 · TK1151

细胞核0.192

排名 2 · TkA01G617690 · TK1151

细胞质0.182

排名 3 · TkA01G617690 · TK1151

内质网0.139

排名 4 · TkA01G617690 · TK1151

线粒体0.126

排名 5 · TkA01G617690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05557MAD18-210 aa

PF27695CEP131_C19-77 aa

PF14073Cep57_CLD28-92 aa

PF23649FKBP1528-179 aa

PF03199GSH_synthase28-60 aa

PF17078SHE332-216 aa

PF08614ATG1634-190 aa

PF10473CENP-F_leu_zip34-164 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G617690	`PF05557`	MAD	18	210	3.5	6.6
TkA01G617690	`PF27695`	CEP131_C	19	77	1.9	8.2
TkA01G617690	`PF14073`	Cep57_CLD	28	92	0.026	15.3
TkA01G617690	`PF23649`	FKBP15	28	179	2.9	8.2
TkA01G617690	`PF03199`	GSH_synthase	28	60	3.0	9.1
TkA01G617690	`PF17078`	SHE3	32	216	2.3	8.6
TkA01G617690	`PF08614`	ATG16	34	190	0.00024	22.1
TkA01G617690	`PF10473`	CENP-F_leu_zip	34	164	0.0077	17.0
TkA01G617690	`PF10779`	XhlA	34	65	0.12	13.3
TkA01G617690	`PF00261`	Tropomyosin	34	272	1.4	9.0
TkA01G617690	`PF25994`	HH_AprE	34	124	2.3	9.0
TkA01G617690	`PF13851`	GAS	34	98	4.2	7.4
TkA01G617690	`PF28422`	CCDC89	34	190	8.0	6.4
TkA01G617690	`PF28968`	PMD1-like	35	270	3.1e-34	119.2
TkA01G617690	`PF30378`	CEP135_TSGA10_CC	36	269	2.3e-05	23.7
TkA01G617690	`PF27605`	ODF2_C	36	266	0.0025	17.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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