TkA01G609960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G609960

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 153755115-153757716 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1499 bp · TkA01G609960|TK1151|cDNA

ATTTTTGTGAACCCCCAAAGTTACATGCCTCCTACTTCGAAAAGTTTGGCAACAGAAAATCACGGGTCGACCGCACTCCTGTTGTCACGAGCTCCGACGACCGACGCCACCAAAACTAGCGATCGACGTTTCCTCCTCCTTCACATCCTACCTCCAATCATCCACCGTCAACCCAAACGCAGTTGTTCCGGCATTTGACTATGAATCTACTCCAAGAAGAAGGATTACAACTTAGGGAAGTTCAAAGACTAGAAGGTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1059 bp · TkA01G609960|TK1151|CDS

ATGAATCTACTCCAAGAAGAAGGATTACAACTTAGGGAAGTTCAAAGACTAGAAGGTCACACCGATAGGGTATGGGGTCTCGCTTGGAATCCGGCCACTGGCACTGCTGCTATACCTGCCATGCTCGCTTCATGCGGCGGCGATAAGACTGTTCGTATCTGGCAACAACGAAGCCCATCCTCCACGTCATTCGATTGCAAGGCAGTGTTAGAAGAGACTCATACCCGGACAGTTAGATCATGTGCCTGGGAACCATCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

352 aa · TkA01G609960|TK1151|PROTEIN

MNLLQEEGLQLREVQRLEGHTDRVWGLAWNPATGTAAIPAMLASCGGDKTVRIWQQRSPSSTSFDCKAVLEETHTRTVRSCAWEPSGKKLATASFDATTAILEQNGNDFDCVSTLEGHENEVKSVSWNASGSLLATCSRDKCVWIWEVLPGDEYDCVSVLQGHTQDVKMVQWHPTVDVLFSCSYDNTIKVWAEDGDSDDWRCVQTLGESNNGHTSTVWALAFNKTGDKMATCSDDLTIKIWGVDIASLQSGDDNASWRHL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G609960`
TK1151 ID	TkA01G609960
OH-1004 ID	LXL04_000474
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G609960

位置 Chr01:153755115-153757716 (-)

描述 Similar to CIA1: Protein CIA1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26060`	细胞质铁-硫（Fe-S）蛋白装配（CIA）机制的关键组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000474 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016226 iron-sulfur cluster assembly 生物过程

GO:0051604 protein maturation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0097361 cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.591

排名 1 · TkA01G609960 · TK1151

细胞核0.507

排名 2 · TkA01G609960 · TK1151

溶酶体／液泡0.079

排名 3 · TkA01G609960 · TK1151

细胞膜0.078

排名 4 · TkA01G609960 · TK1151

高尔基体0.065

排名 5 · TkA01G609960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25391WD40_Gbeta9-292 aa

PF24797Beta-prop_WDR35_TULP_N10-101 aa

PF23609Beta-prop_EIPR111-54 aa

PF25175Beta-prop_WDR512-148 aa

PF25174Beta-prop_THOC312-62 aa

PF00400WD4013-54 aa

PF24814WD40_Prp1913-148 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st13-55 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G609960	`PF25391`	WD40_Gbeta	9	292	7.5e-12	45.6
TkA01G609960	`PF24797`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	10	101	1.8e-13	51.1
TkA01G609960	`PF23609`	Beta-prop_EIPR1	11	54	1.8e-13	51.3
TkA01G609960	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	12	148	8.4e-66	222.9
TkA01G609960	`PF25174`	Beta-prop_THOC3	12	62	1.7e-51	175.6
TkA01G609960	`PF00400`	WD40	13	54	1.4e-56	187.2
TkA01G609960	`PF24814`	WD40_Prp19	13	148	1e-38	133.7
TkA01G609960	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	13	55	1.3e-38	133.3
TkA01G609960	`PF24807`	WD40_CDC20-Fz	13	89	1.2e-32	114.1
TkA01G609960	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	14	103	1.3e-48	166.4
TkA01G609960	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	14	241	7e-28	98.4
TkA01G609960	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	14	148	1.3e-26	94.2
TkA01G609960	`PF24105`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	14	32	4.3e-25	89.2
TkA01G609960	`PF23869`	Beta-prop_WDR75_1st	14	55	2.1e-13	51.0
TkA01G609960	`PF24805`	EIF3I	17	93	2.2e-20	73.8
TkA01G609960	`PF23419`	WD40_RFWD3	20	87	4.9e-05	23.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80990`	拟南芥	sp\|O80990\|CIA1_ARATH Protein CIA1	72.900%	Swiss-Prot	高置信

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