TkA01G609790 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G609790

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 153709681-153712418 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1509 bp · TkA01G609790|TK1151|cDNA

CAAAACCCTTTTTGGCTTTGAAATTTTCAAAGCAGATTCAATCACAGACGCTCCTGAGTCCGGACCCATTGAAGGCTTTACTCAGCGGTATATAAATGCTCTACTGATGCGTCTCTGTGGAAAAAATTCCGTTAATCATAATTTGGCGGGAGAGATATGGCGAACAAGCTAATAAGCGAAATGGGACTGCCGAAATCGATTGGGCACATATTCGCTGCTCGCAATATCATTACCGCCAAGGATGCTTTATCATTGACTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

780 bp · TkA01G609790|TK1151|CDS

ATGGCGAACAAGCTAATAAGCGAAATGGGACTGCCGAAATCGATTGGGCACATATTCGCTGCTCGCAATATCATTACCGCCAAGGATGCTTTATCATTGACTGAATTTGAGTTGATGGAACTGTTAGATGTGAGTCTTCCCCAAGTCACATTAGCAGTAGCTCTCATTAGTGAGATTGCTTCTCCTCCATATCAAACAGTGAGATCCATGTTGGAACATCGCATGCAAAATGAGTACCTGACAGGTCATCTTCCAACACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

259 aa · TkA01G609790|TK1151|PROTEIN

MANKLISEMGLPKSIGHIFAARNIITAKDALSLTEFELMELLDVSLPQVTLAVALISEIASPPYQTVRSMLEHRMQNEYLTGHLPTHLKGLDAALCGGIPFGGLTELVGPAGIGKKQFCLKIALLATLPSCYGGLDGHVIYIDVESKFSSRRLIEIGINSFPDIFRLDGMAKEMAGRITVLRPGSLSEFTESLQKIKVSLIQHQVKLLVVDSMAALVSGEYEQGHSRAASIGLAYIIYQVRLYYLLLNFILTLTLSLTC

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G609790`
TK1151 ID	TkA01G609790
OH-1004 ID	LXL04_000481
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 84.556 / OH-1004 12.882 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G609790

位置 Chr01:153709681-153712418 (+)

描述 Similar to RPPL1: Putative disease resistance RPP13-like protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g28560`	可能参与DNA复制过程中或由DNA损伤剂引起的双链DNA断裂的同源重组修复(HRR)途径。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000481 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005657 replication fork 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0033063 Rad51B-Rad51C-Rad51D-XRCC2 complex 细胞组分

GO:0000150 DNA strand exchange activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28560

ath:AT3G14460

ath:AT3G14470

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.543

排名 1 · TkA01G609790 · TK1151

细胞核0.337

排名 2 · TkA01G609790 · TK1151

线粒体0.118

排名 3 · TkA01G609790 · TK1151

过氧化物酶体0.113

排名 4 · TkA01G609790 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA01G609790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26169HHH_XRCC3_RpoA6-59 aa

PF00536SAM_116-46 aa

PF00154RecA_N84-158 aa

PF08423Rad5185-222 aa

PF06745ATPase85-238 aa

PF13481AAA_2597-225 aa

PF00536SAM_1191-208 aa

PF00154RecA_N200-233 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G609790	`PF26169`	HHH_XRCC3_RpoA	6	59	2.2e-19	69.7
TkA01G609790	`PF00536`	SAM_1	16	46	0.17	13.0
TkA01G609790	`PF00154`	RecA_N	84	158	0.00065	20.0
TkA01G609790	`PF08423`	Rad51	85	222	1.5e-16	61.2
TkA01G609790	`PF06745`	ATPase	85	238	0.00012	22.2
TkA01G609790	`PF13481`	AAA_25	97	225	5.7e-05	23.5
TkA01G609790	`PF00536`	SAM_1	191	208	0.17	13.0
TkA01G609790	`PF00154`	RecA_N	200	233	0.00065	20.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SK02`	拟南芥	sp\|Q9SK02\|RA51B_ARATH DNA repair protein RAD51 homolog 2	68.100%	Swiss-Prot	高置信

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