TkA01G599510 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G599510

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 150986053-150987729 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1269 bp · TkA01G599510|TK1151|cDNA

TTTTTTTCTTTATAGGCACACCATCAAATAAAGAGCTAAGCGGATAGGTCCGTAAAACGCTCCTGGAGAGGATAACATAACACACACTCATCCAGAGCTTTCTCACACACAACAATGGCGAGCTGTGTAAGAATTCCATCTTCAATCTCATTCCTTTCGTCCTCCATTTTCTCCCTTTCTTCGTCTAATCAAACCCCCTCCACCTCTCTATTTATCAAACCCCCAAAATCCCACGTTCTCAAATGCAACACCGCCGTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

873 bp · TkA01G599510|TK1151|CDS

ATGGCGAGCTGTGTAAGAATTCCATCTTCAATCTCATTCCTTTCGTCCTCCATTTTCTCCCTTTCTTCGTCTAATCAAACCCCCTCCACCTCTCTATTTATCAAACCCCCAAAATCCCACGTTCTCAAATGCAACACCGCCGTAATCCGCTCCGAACTCGCCACACTCCCAGTACTCTCCTTCGATGGCACCAAGGTCGGAGAAACTACTCTCAACCTCAAATCCGCCCACCCAGACACTGCCCGCGCCGTTGTCCACCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

290 aa · TkA01G599510|TK1151|PROTEIN

MASCVRIPSSISFLSSSIFSLSSSNQTPSTSLFIKPPKSHVLKCNTAVIRSELATLPVLSFDGTKVGETTLNLKSAHPDTARAVVHRGITTDLNNKRRGTASTLTRAEVRGGGKKPFPQKKLGRARRGSQRTPLRPGGGVVFGPKPRDWTVKINKKEKRLAISTALASAAVNGIVVEEFGDKFEKPKTKDFLEALKRWGIDPKEKSMFFMTEISDNVVLSSRNIGTLKMLTPRTLNLFDILNADKLVFTKAALDYLNEAY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G599510`
TK1151 ID	TkA01G599510
OH-1004 ID	LXL04_000613
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G599510

位置 Chr01:150986053-150987729 (-)

描述 Similar to RPL4: 50S ribosomal protein L4, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g07320`	这种蛋白质可直接且特异性结合23S rRNA（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000613 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程

GO:0006412 translation 生物过程

GO:0000311 plastid large ribosomal subunit 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005840 ribosome 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009547 plastid ribosome 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0022626 cytosolic ribosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G07320

mar:MAE_57420

nta:107817573

tel:tlr0082

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.979

排名 1 · TkA01G599510 · TK1151

线粒体0.032

排名 2 · TkA01G599510 · TK1151

细胞质0.011

排名 3 · TkA01G599510 · TK1151

细胞核0.010

排名 4 · TkA01G599510 · TK1151

细胞膜0.006

排名 5 · TkA01G599510 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13663DUF414810-27 aa

PF00573Ribosomal_L479-258 aa

PF13663DUF414898-110 aa

PF13663DUF4148161-188 aa

PF00702Hydrolase168-204 aa

PF00702Hydrolase258-273 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G599510	`PF13663`	DUF4148	10	27	0.33	12.0
TkA01G599510	`PF00573`	Ribosomal_L4	79	258	2.9e-56	190.9
TkA01G599510	`PF13663`	DUF4148	98	110	0.33	12.0
TkA01G599510	`PF13663`	DUF4148	161	188	0.33	12.0
TkA01G599510	`PF00702`	Hydrolase	168	204	0.25	12.4
TkA01G599510	`PF00702`	Hydrolase	258	273	0.25	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O50061`	拟南芥	sp\|O50061\|RK4_ARATH Large ribosomal subunit protein uL4c	67.800%	Swiss-Prot	高置信

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