TkA01G580340 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G580340

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 146017331-146019995 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1156 bp · TkA01G580340|TK1151|cDNA

CCCGTTATTTCCGATGGAAGCAAGCCCCTTTTCCGAACCACAACGTAATTTCTATTCTACCTCAACCCTTTCTCTTTCTGAGTAGTCCCCTTCAACTTTCTCTCTCTTCAAACTCCTCCCCCTCTCCCTCTCTATCTCAAACACACGCACATCATTCATCGGAGGGATGGGGCAGCAGTCGTTGATCTACAGTTTCGTCGCCAGAGGAACGGTGATTCTCTCCGAGTACACGGAGTTCACCGGGAATTTCACTAGCATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

666 bp · TkA01G580340|TK1151|CDS

ATGGGGCAGCAGTCGTTGATCTACAGTTTCGTCGCCAGAGGAACGGTGATTCTCTCCGAGTACACGGAGTTCACCGGGAATTTCACTAGCATCGCTGCACAGTGTCTCCAGAAGCTTCCTGCTACGAACAACAAGTTTACCTACAACTGCGATGGTCACACCTTCAACTACCTTGTTGCAGATGGATTCACATACTGTGTTGTCGCCGTTGAATCCGTTGGTAGACAGGTTCCAATGGCTTTTCTTGAGCGAGTCAAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

221 aa · TkA01G580340|TK1151|PROTEIN

MGQQSLIYSFVARGTVILSEYTEFTGNFTSIAAQCLQKLPATNNKFTYNCDGHTFNYLVADGFTYCVVAVESVGRQVPMAFLERVKDDFTKKYGGGKAATAVANSLNKEFGPKLKEQMQYCVDHPEEINKLAKVKAQVSEVKGVMMENIEKVLDRGEKIELLVDKTENLRSQAQDFRTQGTQIRRKMWLQNMKIKLIVLGIIIALILIIVLSACGGFNCGK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G580340`
TK1151 ID	TkA01G580340
OH-1004 ID	LXL04_000856
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G580340

位置 Chr01:146017331-146019995 (-)

描述 Similar to VAMP722: Vesicle-associated membrane protein 722

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g32670`	参与运输囊泡到靶膜的定位和/或融合。	暂无已核实直接文献
`At2g33120`	参与运输囊泡到靶膜的定位和/或融合。	暂无已核实直接文献
`At1g04750`	参与运输囊泡到靶膜的定位和/或融合。	暂无已核实直接文献
`At1g04760`	参与运输囊泡到靶膜的定位和/或融合。	暂无已核实直接文献
`At4g15780`	参与运输囊泡到靶膜的定位和/或融合。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000856 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0009920 cell plate formation involved in plant-type cell wall biogenesis 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0072659 protein localization to plasma membrane 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009504 cell plate 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04750

ath:AT1G04760

ath:AT2G32670

ath:AT2G33120

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.432

排名 1 · TkA01G580340 · TK1151

细胞质0.380

排名 2 · TkA01G580340 · TK1151

高尔基体0.204

排名 3 · TkA01G580340 · TK1151

溶酶体／液泡0.164

排名 4 · TkA01G580340 · TK1151

内质网0.146

排名 5 · TkA01G580340 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16992RNA_pol_RpbG8-22 aa

PF13774Longin18-113 aa

PF01661Macro100-174 aa

PF04791LMBR1117-215 aa

PF29008DDB_G0292058_C128-215 aa

PF00957Synaptobrevin130-210 aa

PF16992RNA_pol_RpbG131-203 aa

PF29073RxLR_C177-209 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G580340	`PF16992`	RNA_pol_RpbG	8	22	0.0043	17.8
TkA01G580340	`PF13774`	Longin	18	113	6.7e-27	94.3
TkA01G580340	`PF01661`	Macro	100	174	0.11	13.2
TkA01G580340	`PF04791`	LMBR1	117	215	0.049	13.2
TkA01G580340	`PF29008`	DDB_G0292058_C	128	215	0.0026	17.4
TkA01G580340	`PF00957`	Synaptobrevin	130	210	1.9e-30	105.3
TkA01G580340	`PF16992`	RNA_pol_RpbG	131	203	0.0043	17.8
TkA01G580340	`PF29073`	RxLR_C	177	209	0.24	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48850`	拟南芥	sp\|O48850\|VA725_ARATH Vesicle-associated membrane protein 725	87.200%	Swiss-Prot	高置信
`P47192`	拟南芥	sp\|P47192\|VA722_ARATH Vesicle-associated membrane protein 722	86.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZTW3`	拟南芥	sp\|Q9ZTW3\|VA721_ARATH Vesicle-associated membrane protein 721	87.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9MAS5`	拟南芥	sp\|Q9MAS5\|VA726_ARATH Putative vesicle-associated membrane protein 726	84.000%	Swiss-Prot	高置信
`O23429`	拟南芥	sp\|O23429\|VA724_ARATH Vesicle-associated membrane protein 724	71.400%	Swiss-Prot	高置信

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