TkA01G542790 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G542790

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 136195381-136198546 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2234 bp · TkA01G542790|TK1151|cDNA

TTTGGATTAAACCCATCCAAAATCTTGCCCCCAAATGTTGGACTATCCTCTTCTGTGTTCTTCTCATCAACAAAGTTCGCCCTTTCACCAATCCCATTTCTACCATTAAATTGACACAAACATGGAGATTTTCCCTGTTCTTGCTCACAAGGTTCAACCAATTTTCCTTACATCATCGCCACCTCCACCTCCCTTTTCAACCAGACAAATCAAGAATTCTCAGTCTCCGTCTGCAACTTCTGTTTCTACTGCCAAAAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2004 bp · TkA01G542790|TK1151|CDS

ATGGAGATTTTCCCTGTTCTTGCTCACAAGGTTCAACCAATTTTCCTTACATCATCGCCACCTCCACCTCCCTTTTCAACCAGACAAATCAAGAATTCTCAGTCTCCGTCTGCAACTTCTGTTTCTACTGCCAAAAACAACAGTACGCCACTTCGAAGTCAATCTCCCAATGTTTCGTCATTCAATTCTTCCACGAAACCTAAAACCTACATCTCAATCTCCCACCAAGATAGACAGTCCGCTATTATTGATATTCAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

667 aa · TkA01G542790|TK1151|PROTEIN

MEIFPVLAHKVQPIFLTSSPPPPPFSTRQIKNSQSPSATSVSTAKNNSTPLRSQSPNVSSFNSSTKPKTYISISHQDRQSAIIDIQQSPNLHLALSRSANALKVQDFNFVMRHFGKQNRLKDLSQLFEWMQQNGKLNFASYSSYIKLMGKSLNPNKALEIYKGIEDNSTRVNPSVCNSVLGCLTKSNKLENSLELFRQMKQDGLVPDVITYSTLLAGCAKVQDGYKKAIDLVQELKYKGLKMDSVIYGTIISVCASCNKC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G542790`
TK1151 ID	TkA01G542790
OH-1004 ID	LXL04_001361
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G542790

位置 Chr01:136195381-136198546 (+)

描述 Similar to At1g10910: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g10910, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g10910`	含五重复序列蛋白 At1g10910，叶绿体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001361 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009658 chloroplast organization 生物过程

GO:0042793 plastid transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G10910

ath:AT1G74850

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.620

排名 1 · TkA01G542790 · TK1151

质体0.271

排名 2 · TkA01G542790 · TK1151

细胞核0.055

排名 3 · TkA01G542790 · TK1151

细胞质0.028

排名 4 · TkA01G542790 · TK1151

细胞膜0.010

排名 5 · TkA01G542790 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12854PPR_155-63 aa

PF02269TFIID-18kDa82-131 aa

PF23276TPR_24101-134 aa

PF13812PPR_3103-150 aa

PF00637Clathrin106-161 aa

PF13041PPR_2107-146 aa

PF01535PPR107-134 aa

PF29070MSC6_N109-269 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G542790	`PF12854`	PPR_1	55	63	5.3e-38	129.2
TkA01G542790	`PF02269`	TFIID-18kDa	82	131	0.081	13.7
TkA01G542790	`PF23276`	TPR_24	101	134	1.3e-27	97.1
TkA01G542790	`PF13812`	PPR_3	103	150	2.1e-31	108.5
TkA01G542790	`PF00637`	Clathrin	106	161	0.14	12.6
TkA01G542790	`PF13041`	PPR_2	107	146	3.2e-64	213.6
TkA01G542790	`PF01535`	PPR	107	134	1.7e-50	166.5
TkA01G542790	`PF29070`	MSC6_N	109	269	3.8e-17	63.2
TkA01G542790	`PF18662`	HTH_56	109	137	0.00011	22.9
TkA01G542790	`PF13041`	PPR_2	139	169	3.2e-64	213.6
TkA01G542790	`PF01535`	PPR	140	165	1.7e-50	166.5
TkA01G542790	`PF23276`	TPR_24	150	269	1.3e-27	97.1
TkA01G542790	`PF17177`	PPR_long	150	240	7.4e-23	81.8
TkA01G542790	`PF18662`	HTH_56	155	205	0.00011	22.9
TkA01G542790	`PF13812`	PPR_3	169	218	2.1e-31	108.5
TkA01G542790	`PF13041`	PPR_2	175	220	3.2e-64	213.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WVV0`	拟南芥	sp\|Q0WVV0\|PPR31_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g10910, chloroplastic	69.500%	Swiss-Prot	高置信

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