RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_001361
当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 24898972-24901892 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2004 bp · LXL04_001361|LXL04_001361|OH1004|cDNA

ATGGAGATTTTCCCTGTTCTTGCTCACAAGGTTCAACCAATTTTCCTTACATCATCGCCACCTCCACCTCCCTTTTCAACCAGACAAATCAAGAATTCTCAGTCTCCGTCTGCAACTTCTGTTTCTACTGCCAAAAACAACAGTACGCCACTTCGAAGTCAATCTCCCAATGTTTCGTCATTCAATTCTTCCACGAAACCTAAAACCTACATCTCAATCTCCCACCAAGATAGACAGTCCGCTATTATTGATATTCAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2004 bp · LXL04_001361|LXL04_001361|OH1004|CDS

ATGGAGATTTTCCCTGTTCTTGCTCACAAGGTTCAACCAATTTTCCTTACATCATCGCCACCTCCACCTCCCTTTTCAACCAGACAAATCAAGAATTCTCAGTCTCCGTCTGCAACTTCTGTTTCTACTGCCAAAAACAACAGTACGCCACTTCGAAGTCAATCTCCCAATGTTTCGTCATTCAATTCTTCCACGAAACCTAAAACCTACATCTCAATCTCCCACCAAGATAGACAGTCCGCTATTATTGATATTCAACA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

667 aa · LXL04_001361|LXL04_001361|OH1004|PROTEIN

MEIFPVLAHKVQPIFLTSSPPPPPFSTRQIKNSQSPSATSVSTAKNNSTPLRSQSPNVSSFNSSTKPKTYISISHQDRQSAIIDIQQSPNLHLALSRSANALKVQDFNFVMRHFGKQNRLKDLSQLFEWMQQNGKLNFASYSSYIKLMGKSLNPNKALEIYKGIEDNSTRVNPSVCNSVLGCLTKSNKLENSLELFRQMKQDGLVPDVITYSTLLAGCAKVQDGYKKAIDLVQELKYKGLKMDSVIYGTIISVCASCNKC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_001361
TK1151 IDTkA01G542790
OH-1004 IDLXL04_001361
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_001361
位置Chr01:24898972-24901892 (-)
描述Similar to At1g10910: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g10910, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g10910 含五重复序列蛋白 At1g10910，叶绿体。 暂无已核实直接文献
At1g74850 参与质体基因表达。
pTAC2, -6, and -12 are components of the transcriptionally active plastid chromosome that are required for plastid gene expression.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.036392
At2g31400 通过逆行的质体到细胞核信号参与核基因表达。
Signals from chloroplasts converge to regulate nuclear gene expression.2007 · PMID: 17395793
Plastid signals that affect photomorphogenesis in Arabidopsis thaliana are dependent on GENOMES UNCOUPLED 1 and cryptochrome 1.2009 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2008.02729.x
The Arabidopsis plastid-signalling mutant gun1 (genomes uncoupled1) shows altered sensitivity to sucrose and abscisic acid and alterations in early seedling development.2010 · DOI: 10.1093/jxb/erq186
Timing the switch to phototrophic growth: a possible role of GUN1.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.4.14900
At5g02860 含五肽重复的蛋白 At5g02860。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001361 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009658 chloroplast organization 生物过程
GO:0042793 plastid transcription 生物过程
GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G10910
ath:AT1G74850
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.620
排名 1 · LXL04_001361 · OH-1004
质体0.271
排名 2 · LXL04_001361 · OH-1004
细胞核0.055
排名 3 · LXL04_001361 · OH-1004
细胞质0.028
排名 4 · LXL04_001361 · OH-1004
细胞膜0.010
排名 5 · LXL04_001361 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N109-269 aa
PF23276.3TPR_24150-269 aa
PF17177.11PPR_long150-240 aa
PF13812.13PPR_3169-218 aa
PF13041.13PPR_2175-220 aa
PF01535.27PPR175-204 aa
PF17177.11PPR_long184-340 aa
PF13812.13PPR_3231-289 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_001361PF29070.1MSC6_N1092693.8e-1763.2
LXL04_001361PF23276.3TPR_241502691.3e-2797.1
LXL04_001361PF17177.11PPR_long1502407.4e-2381.8
LXL04_001361PF13812.13PPR_31692182.1e-31108.5
LXL04_001361PF13041.13PPR_21752203.2e-64213.6
LXL04_001361PF01535.27PPR1752041.7e-50166.5
LXL04_001361PF17177.11PPR_long1843407.4e-2381.8
LXL04_001361PF13812.13PPR_32312892.1e-31108.5
LXL04_001361PF13041.13PPR_22432893.2e-64213.6
LXL04_001361PF01535.27PPR2452741.7e-50166.5
LXL04_001361PF12854.14PPR_12743065.3e-38129.2
LXL04_001361PF13041.13PPR_22773253.2e-64213.6
LXL04_001361PF13812.13PPR_32773252.1e-31108.5
LXL04_001361PF01535.27PPR2813101.7e-50166.5
LXL04_001361PF29070.1MSC6_N2834053.8e-1763.2
LXL04_001361PF23276.3TPR_243204441.3e-2797.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q0WVV0拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g10910, chloroplastic57.209%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9S7Q2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74850, chloroplastic24.115%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9SIC9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein GUN1, chloroplastic22.287%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LYZ9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g0286022.951%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看