TkA01G541420 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G541420

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 135805964-135808994 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1679 bp · TkA01G541420|TK1151|cDNA

CAATGGTGGTCGGCGCTCATGACTAGACATGCTGCCCTGACCTGACCTGGAAAACCAGAAACTCTATCATGGTCGGTCCGTTAACAACAAAATCGGCAAAAAGAAAGTGCCAATAACCGTTTCCAACATTGCACATTGTTTCAAAATTCAAAGTATTCTGCGTTCTGTGCGAAAACCTCGTCAGATTCCTTCATATTTAACTTCAGGTTATAAAATATGGCCGATACCGAGGAAATTCAACCCCTCGTTTGCGACAATGG...

CDS

下载 CDS FASTA

747 bp · TkA01G541420|TK1151|CDS

ATGGCCGATACCGAGGAAATTCAACCCCTCGTTTGCGACAATGGAACCGGAATGGTCAAGGCTGGATTTGCGGGAGACGATGCACCAAGAGCCGTGTTCCCGAGCATAGTCGGACGTCCACGTCACACAGGCGTAATGGTCGGAATGGGTCAAAAAGACGCTTACGTTGGTGACGAAGCACAATCAAAACGAGGCATCCTCACATTAAAATACCCAATCGAACACGGAATAGTCAGCAATTGGGATGACATGGAAAAAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

248 aa · TkA01G541420|TK1151|PROTEIN

MADTEEIQPLVCDNGTGMVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHTGVMVGMGQKDAYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIVSNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDSLMKILTERGTRLRRPRNGKLCVILRRNWRMLRLIMIRNWKPRRVVLRLRKAMSCQMDR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G541420`
TK1151 ID	TkA01G541420
OH-1004 ID	LXL04_001386
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 80.242 / OH-1004 52.785 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G541420

位置 Chr01:135805964-135808994 (+)

描述 Similar to Actin

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g09810`	肌动蛋白是高度保守的蛋白质，参与各种类型的细胞运动，并在所有真核细胞中普遍表达。	One plant actin isovariant, ACT7, is induced by auxin and required for normal callus formation.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010026 A Framework for Lateral Membrane Trafficking and Polar Tethering of the PEN3 ATP-Binding Cassette Transporter.2016 · DOI: 10.1104/pp.16.01252

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XLF2`	肌动蛋白是高度保守的蛋白，参与各种类型的细胞运动，并在所有真核细胞中普遍表达。	暂无已核实直接文献
`Os03g0718100`	肌动蛋白是高度保守的蛋白，参与各种类型的细胞运动，并在所有真核细胞中普遍表达。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001386 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程

GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010053 root epidermal cell differentiation 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G09810

dosa:Os03g0718100

ghi:107932458

ghi:107953109

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.528

排名 1 · TkA01G541420 · TK1151

细胞核0.370

排名 2 · TkA01G541420 · TK1151

线粒体0.170

排名 3 · TkA01G541420 · TK1151

细胞膜0.097

排名 4 · TkA01G541420 · TK1151

内质网0.071

排名 5 · TkA01G541420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00022Actin5-200 aa

PF17898GerD113-143 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G541420	`PF00022`	Actin	5	200	6.2e-76	256.3
TkA01G541420	`PF17898`	GerD	113	143	0.24	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P53492`	拟南芥	sp\|P53492\|ACT7_ARATH Actin-7	98.500%	Swiss-Prot	高置信
`A2XLF2`	水稻	sp\|A2XLF2\|ACT1_ORYSI Actin-1	98.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q10DV7`	水稻	sp\|Q10DV7\|ACT1_ORYSJ Actin-1	98.000%	Swiss-Prot	高置信

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