TkA01G518320 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G518320

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 129912101-129918481 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3168 bp · TkA01G518320|TK1151|cDNA

AAAAACCTCATTTTTGTCCCTTTTAGTATTGCAACCCTCCAACATAAAAGTTCTCTTGTAAGGATAGAAAGAGAGAGACGAGAGGAGATCTGCTCGTAAACTTCCAGTTGGGCTCACAATCCCGCTCATACCGACACAGAAGACAAAGATCTGATTCATCGTTGCAATCGATTGGACGTTTAGGCTTACAATTCTCATTCGTTTTCTCTAATGGCGCAGTACGTGAAGAAAGACGATGATCGCGATGAGGAAGAATACTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2652 bp · TkA01G518320|TK1151|CDS

ATGGCGCAGTACGTGAAGAAAGACGATGATCGCGATGAGGAAGAATACTCCCCCTTTTCTGGAATTGAGAAAGGAGCAGTTCTTCAGGAAGCTAGGGTCTTCAATGATCCTCAGTTAGATTCAAGGAGGTGCTCTCAGGTTATTACAAAGCTGCTTTATCTTCTGAATCAAGGTGATAGCTTCACAAAGGTTGAAGCCACAGAGGTTTTCTTTTCAGTGACAAAACTTTTCCAGTCTAAAGACATTGGATTAAGAAGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

883 aa · TkA01G518320|TK1151|PROTEIN

MAQYVKKDDDRDEEEYSPFSGIEKGAVLQEARVFNDPQLDSRRCSQVITKLLYLLNQGDSFTKVEATEVFFSVTKLFQSKDIGLRRMVYLIIKELSPCADEVIIVTSSLMKDMNSKTDVYRANAIRVLCRITDGTLLTQIERYLKQAIVDKNPVVASAALVSGIHLLQTNPEIVKRWSNEVQEAVQSRAALVQFHALGLLHQIRQNDRLAVSKLVTSLTKGTVRSPLAQCLLIRYTSQVIREASMNNQTGDRPFYDYLES...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G518320`
TK1151 ID	TkA01G518320
OH-1004 ID	LXL04_001698
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.094 / OH-1004 94.308 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G518320

位置 Chr01:129912101-129918481 (-)

描述 Similar to At4g34450: Coatomer subunit gamma

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34450`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0201100`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献
`Os03g0227000`	包裹体是一个胞质蛋白复合物，可以结合二赖氨酸基序并可逆地与高尔基非网格蛋白囊泡结合，进一步介导从 ER 经高尔基体到反式高尔基体网络的生物合成蛋白运输。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_001698 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0006891 intra-Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0009306 protein secretion 生物过程

GO:0072384 organelle transport along microtubule 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005793 endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G34450

bta:536616

dosa:Os03g0227000

dosa:Os07g0201100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.534

排名 1 · TkA01G518320 · TK1151

高尔基体0.384

排名 2 · TkA01G518320 · TK1151

细胞核0.181

排名 3 · TkA01G518320 · TK1151

内质网0.120

排名 4 · TkA01G518320 · TK1151

溶酶体／液泡0.115

排名 5 · TkA01G518320 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01602Adaptin_N25-538 aa

PF27213VspR_N49-94 aa

PF24714TOR1L1_N90-95 aa

PF02985HEAT109-132 aa

PF13646HEAT_2114-160 aa

PF00514Arm119-130 aa

PF20168PDS5120-171 aa

PF12717Cnd1121-217 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G518320	`PF01602`	Adaptin_N	25	538	2.6e-141	472.5
TkA01G518320	`PF27213`	VspR_N	49	94	0.069	13.9
TkA01G518320	`PF24714`	TOR1L1_N	90	95	0.021	14.9
TkA01G518320	`PF02985`	HEAT	109	132	1.8e-07	31.5
TkA01G518320	`PF13646`	HEAT_2	114	160	9.3e-11	42.6
TkA01G518320	`PF00514`	Arm	119	130	0.0046	17.7
TkA01G518320	`PF20168`	PDS5	120	171	0.03	12.9
TkA01G518320	`PF12717`	Cnd1	121	217	2.3e-13	51.2
TkA01G518320	`PF22928`	INTS1_R4	136	200	0.42	11.3
TkA01G518320	`PF02985`	HEAT	144	160	1.8e-07	31.5
TkA01G518320	`PF16381`	Coatomer_g_Cpla	180	216	9.1e-38	129.6
TkA01G518320	`PF13646`	HEAT_2	180	224	9.3e-11	42.6
TkA01G518320	`PF12717`	Cnd1	250	285	2.3e-13	51.2
TkA01G518320	`PF02985`	HEAT	256	282	1.8e-07	31.5
TkA01G518320	`PF13646`	HEAT_2	258	317	9.3e-11	42.6
TkA01G518320	`PF22928`	INTS1_R4	259	280	0.42	11.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WW26`	拟南芥	sp\|Q0WW26\|COPG_ARATH Coatomer subunit gamma	83.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q6Z382`	水稻	sp\|Q6Z382\|COPG2_ORYSJ Coatomer subunit gamma-2	83.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q8H852`	水稻	sp\|Q8H852\|COPG1_ORYSJ Coatomer subunit gamma-1	80.500%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情