RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G515420
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 129155222-129157466 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2103 bp · TkA01G515420|TK1151|cDNA

GGAATAATCGATAGAAGTATCGAATCCATAATTGAATTCCAACGTCCCAAGACCTCAAAGAGTACAAGAACTTATTACTACGAAGGCCCAACAGATAAAACCGATCGTGCCGTTCCAGCTCTTAACGGCGTTAAGTTACCCGCAAATGATTTCTCTGTGTGTGAAGTAACAGCTCACCCTCGCCACAGAAAGCAAATGAAACCCCATCAAATCGACGGTTTCAATTTCCTTTTAAGCAATTTGGTGTGCGACAACCCAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1824 bp · TkA01G515420|TK1151|CDS

GGAATAATCGATAGAAGTATCGAATCCATAATTGAATTCCAACGTCCCAAGACCTCAAAGAGTACAAGAACTTATTACTACGAAGGCCCAACAGATAAAACCGATCGTGCCGTTCCAGCTCTTAACGGCGTTAAGTTACCCGCAAATGATTTCTCTGTGTGTGAAGTAACAGCTCACCCTCGCCACAGAAAGCAAATGAAACCCCATCAAATCGACGGTTTCAATTTCCTTTTAAGCAATTTGGTGTGCGACAACCCAGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

607 aa · TkA01G515420|TK1151|PROTEIN

GIIDRSIESIIEFQRPKTSKSTRTYYYEGPTDKTDRAVPALNGVKLPANDFSVCEVTAHPRHRKQMKPHQIDGFNFLLSNLVCDNPGGCILAHAPGSGKTFMLISFIQSFMAKYPDARPLVILPRGILGTWKKEFIRWQVEDLPLLDLYSVKAEGRVQQFQVLKQWANKRSILFLGYQQFSSIVCDDDTSTIPVSCQDILLNYPSLVILDEGHTPRNQDTNILTSLEKIQTPRKVVLSGTLYQNHVREVFNILNLVRPKF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G515420
TK1151 IDTkA01G515420
OH-1004 IDLXL04_017516
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)79.700
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 33.959
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G515420
位置Chr01:129155222-129157466 (-)
描述Similar to At4g39110: Probable receptor-like protein kinase At4g39110
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g16390 染色质重塑复合物的亚基，介导 RNA 聚合酶 IV 和 V招募至染色质。
Atypical RNA polymerase subunits required for RNA-directed DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/ng1580
A SNF2-like protein facilitates dynamic control of DNA methylation.2005 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400446
Endogenous targets of RNA-directed DNA methylation and Pol IV in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7601150
RNAi, DRD1, and histone methylation actively target developmentally important non-CG DNA methylation in arabidopsis.2006 · DOI: 10.1371/journal.pgen.0020083
A structural-maintenance-of-chromosomes hinge domain-containing protein is required for RNA-directed DNA methylation.2008 · DOI: 10.1038/ng.119
Noncoding transcription by RNA polymerase Pol IVb/Pol V mediates transcriptional silencing of overlapping and adjacent genes.2008 · DOI: 10.1016/j.cell.2008.09.035
NRPD4, a protein related to the RPB4 subunit of RNA polymerase II, is a component of RNA polymerases IV and V and is required for RNA-directed DNA methylation.2009 · DOI: 10.1101/gad.1765209
Defining the functional network of epigenetic regulators in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp017
RNA polymerase V functions in Arabidopsis interphase heterochromatin organization independently of the 24-nt siRNA-directed DNA methylation pathway.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp006
The RNA silencing enzyme RNA polymerase v is required for plant immunity.2011 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002434
RNA polymerase V-dependent small RNAs in Arabidopsis originate from small, intergenic loci including most SINE repeats.2012 · DOI: 10.4161/epi.20290
The Arabidopsis nucleosome remodeler DDM1 allows DNA methyltransferases to access H1-containing heterochromatin.2013 · DOI: 10.1016/j.cell.2013.02.033
At1g05490 可能的染色质重塑因子。 暂无已核实直接文献
At3g24340 可能的染色质重塑因子。 暂无已核实直接文献
At3g42670 可能的染色质重塑因子。
Identification of genes required for de novo DNA methylation in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.4161/epi.6.3.14242
At5g20420 可能的染色质重塑因子。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017516 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006346 DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation 生物过程
GO:0009555 pollen development 生物过程
GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0035563 positive regulation of chromatin binding 生物过程
GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程
GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0051924 regulation of calcium ion transport 生物过程
GO:0070828 heterochromatin organization 生物过程
GO:0071360 cellular response to exogenous dsRNA 生物过程
GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G16390
ath:AT2G21480
ath:AT4G39110
ath:AT5G54380
ath:AT5G61350
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.808
排名 1 · TkA01G515420 · TK1151
细胞质0.211
排名 2 · TkA01G515420 · TK1151
线粒体0.041
排名 3 · TkA01G515420 · TK1151
细胞膜0.033
排名 4 · TkA01G515420 · TK1151
内质网0.022
排名 5 · TkA01G515420 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04851ResIII65-241 aa
PF00176SNF2-rel_dom69-369 aa
PF08282Hydrolase_3234-372 aa
PF04851ResIII350-353 aa
PF08282Hydrolase_3389-409 aa
PF00271Helicase_C426-531 aa
PF08282Hydrolase_3453-471 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G515420PF04851ResIII652419e-1039.4
TkA01G515420PF00176SNF2-rel_dom693691.4e-2693.9
TkA01G515420PF08282Hydrolase_32343723.68.0
TkA01G515420PF04851ResIII3503539e-1039.4
TkA01G515420PF08282Hydrolase_33894093.68.0
TkA01G515420PF00271Helicase_C4265312.8e-1247.6
TkA01G515420PF08282Hydrolase_34534713.68.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SIW2拟南芥sp|Q9SIW2|CHR35_ARATH Protein CHROMATIN REMODELING 3562.600%Swiss-Prot高置信
F4I8S3拟南芥sp|F4I8S3|CLSY3_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 332.900%Swiss-Prot中等置信
Q9LK10拟南芥sp|Q9LK10|CLSY4_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 432.600%Swiss-Prot中等置信
Q9M297拟南芥sp|Q9M297|CLSY1_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 131.500%Swiss-Prot中等置信
F4K493拟南芥sp|F4K493|CLSY2_ARATH SNF2 domain-containing protein CLASSY 231.200%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看