TkA01G498660 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G498660

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 124955499-124957928 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1578 bp · TkA01G498660|TK1151|cDNA

ACACCCTACAACTCTCATTTCTTTTCTCAAATTGTTTTACCATTCTTCGCCCCTTTTCCCTCTCATCATCCTCTTTCGTCACGCCCCCAACCCCCTGCCCCTCGACCGATGTCGTTACGAAGATCATTTCTATCCCGGCGAATCAGCAGCCGATCTAAATCTTCGAAAGATTACACGGCGTTAGATAATGTACAATTCAAATCGCAAGAAGTTTCCGGTGGTGTTGTTTATGGAACCGAAGCCGTCTCCGTTGAACCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1044 bp · TkA01G498660|TK1151|CDS

ACACCCTACAACTCTCATTTCTTTTCTCAAATTGTTTTACCATTCTTCGCCCCTTTTCCCTCTCATCATCCTCTTTCGTCACGCCCCCAACCCCCTGCCCCTCGACCGATGTCGTTACGAAGATCATTTCTATCCCGGCGAATCAGCAGCCGATCTAAATCTTCGAAAGATTACACGGCGTTAGATAATGTACAATTCAAATCGCAAGAAGTTTCCGGTGGTGTTGTTTATGGAACCGAAGCCGTCTCCGTTGAACCCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

347 aa · TkA01G498660|TK1151|PROTEIN

TPYNSHFFSQIVLPFFAPFPSHHPLSSRPQPPAPRPMSLRRSFLSRRISSRSKSSKDYTALDNVQFKSQEVSGGVVYGTEAVSVEPNNNENGEGSWSNMLPELIGEVIKRVEASEDRWPFRQSVVACGCVCKKWREIVKEMVKPPVHGGNITFPSCLKQPGPRDNQLQCLIKRDKKNSMFYLYLAASASFTEKGKFLLAARRYRHGAHTEYIISLDPQDLSQGSNAYVGKLSSDFLGTKFTLYDSQPPHNRAKQSNNKSA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G498660`
TK1151 ID	TkA01G498660
OH-1004 ID	LXL04_039759
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	69.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.369 / OH-1004 64.141 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G498660

位置 Chr01:124955499-124957928 (-)

描述 Similar to TULP7: Tubby-like F-box protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g53320`	类Tubby F-box蛋白7。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0514300`	Tubby样F-box蛋白9。	暂无已核实直接文献
`Os01g0674500`	类Tubby F-box蛋白1。	暂无已核实直接文献
`Os05g0560400`	Tubby样F-box蛋白10。	暂无已核实直接文献
`Os01g0759100`	类Tubby F-box蛋白2。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_039759 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G53320

dosa:Os01g0759100

dosa:Os05g0514300

dosa:Os05g0560400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.441

排名 1 · TkA01G498660 · TK1151

细胞质0.424

排名 2 · TkA01G498660 · TK1151

细胞膜0.261

排名 3 · TkA01G498660 · TK1151

内质网0.079

排名 4 · TkA01G498660 · TK1151

质体0.050

排名 5 · TkA01G498660 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00646F-box42-56 aa

PF00646F-box96-140 aa

PF12937F-box-like122-139 aa

PF01167Tub157-345 aa

PF12937F-box-like214-221 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G498660	`PF00646`	F-box	42	56	0.00099	19.7
TkA01G498660	`PF00646`	F-box	96	140	0.00099	19.7
TkA01G498660	`PF12937`	F-box-like	122	139	0.011	16.3
TkA01G498660	`PF01167`	Tub	157	345	1.5e-54	186.1
TkA01G498660	`PF12937`	F-box-like	214	221	0.011	16.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93VI8`	拟南芥	sp\|Q93VI8\|TLP7_ARATH Tubby-like F-box protein 7	65.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q68Y48`	水稻	sp\|Q68Y48\|TLP9_ORYSJ Tubby-like F-box protein 9	58.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q5QM27`	水稻	sp\|Q5QM27\|TLP1_ORYSJ Tubby-like F-box protein 1	58.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q688Y7`	水稻	sp\|Q688Y7\|TLP10_ORYSJ Tubby-like F-box protein 10	58.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q94DT9`	水稻	sp\|Q94DT9\|TLP2_ORYSJ Tubby-like F-box protein 2	49.000%	Swiss-Prot	中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情