TkA01G488640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G488640

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 122243447-122255038 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4818 bp · TkA01G488640|TK1151|cDNA

GAGGTCACTAAAGATTACTTGTCTGTGTGTGCCAGCGTGAGACATGTGTGTGATGATTGATTGCTACAATTAAATATCTCAACCAAAAATATTTGATTCTTTATAAAGACAACTCCTTTCCTTTCTATCCACAACAACAAAAAGTTATCCATCTGAAACAAGAAAATACACAATGCAGTTTTGAGTTTTCAACAAAACAAGCAAAACCCCAATTTAAATCGTGAAGTTTTTATCACTTAGTGAGTGAAAATGGATGGAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

4281 bp · TkA01G488640|TK1151|CDS

ATGGATGGAAGTGATATATACAAGGCTAGTAGAAGCTTCAAATCTGTAGGTAGTATGAGAGTGAAGAGTTTTAGTAGCCGTACGAGTTCATGGAGGGATGGTGGGTTGGATGTTTTCTCTCAATCAAATCGACATGATGGGGATGATGATGAAGAAGCTCTGAAATGGGCTGTTCTTGAAAAGCTGCCGACTTTTGATAGATTGAAAAAAGGCCTGTTGTATGGATCTAGTGGACCACCTGACGAGATTTTTGTAGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1426 aa · TkA01G488640|TK1151|PROTEIN

MDGSDIYKASRSFKSVGSMRVKSFSSRTSSWRDGGLDVFSQSNRHDGDDDEEALKWAVLEKLPTFDRLKKGLLYGSSGPPDEIFVDNLGVEDRKHLLDRLVKVAEEDNEKFLLKLRDRIDTVGLDLPTIEVRFEHLTVEADAFTGSRSLPSFLNFNIEILEAFLNMFHLLPNRKKHITILEDLSGIIKPSRMTLLLGPPSSGKTTLLLALAGKLSKELTRSGRVSYNGHELHEFVPERTSAYISQNDLHIGEMTVRETLA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G488640`
TK1151 ID	TkA01G488640
OH-1004 ID	LXL04_002036
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G488640

位置 Chr01:122243447-122255038 (+)

描述 Similar to PDR1: Pleiotropic drug resistance protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g15520`	可能参与脱落酸的跨膜输入及相关信号转导。	PDR-type ABC transporter mediates cellular uptake of the phytohormone abscisic acid.2010 · DOI: 10.1073/pnas.0909222107 ABA transport factors found in Arabidopsis ABC transporters.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.9.12566 Arabidopsis Lectin Receptor Kinases LecRK-IX.1 and LecRK-IX.2 Are Functional Analogs in Regulating Phytophthora Resistance and Plant Cell Death.2015 · DOI: 10.1094/mpmi-02-15-0025-r Abscisic acid transporters cooperate to control seed germination.2015 · DOI: 10.1038/ncomms9113

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002036 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002229 defense response to oomycetes 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009914 hormone transport 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15520

nta:107799533

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.604

排名 1 · TkA01G488640 · TK1151

内质网0.163

排名 2 · TkA01G488640 · TK1151

溶酶体／液泡0.137

排名 3 · TkA01G488640 · TK1151

细胞质0.105

排名 4 · TkA01G488640 · TK1151

高尔基体0.079

排名 5 · TkA01G488640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20720nSTAND385-119 aa

PF13207AAA_1787-131 aa

PF14510ABC_trans_N105-155 aa

PF13191AAA_16172-230 aa

PF01637ATPase_2172-217 aa

PF02367TsaE173-215 aa

PF03193RsgA_GTPase178-217 aa

PF00005ABC_tran180-363 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G488640	`PF20720`	nSTAND3	85	119	0.0015	18.9
TkA01G488640	`PF13207`	AAA_17	87	131	0.31	12.1
TkA01G488640	`PF14510`	ABC_trans_N	105	155	2.8e-06	28.3
TkA01G488640	`PF13191`	AAA_16	172	230	5.6e-06	27.7
TkA01G488640	`PF01637`	ATPase_2	172	217	0.3	11.6
TkA01G488640	`PF02367`	TsaE	173	215	0.08	13.6
TkA01G488640	`PF03193`	RsgA_GTPase	178	217	0.003	18.1
TkA01G488640	`PF00005`	ABC_tran	180	363	8.5e-40	137.2
TkA01G488640	`PF13481`	AAA_25	184	216	0.00013	22.3
TkA01G488640	`PF20720`	nSTAND3	186	217	0.0015	18.9
TkA01G488640	`PF13555`	AAA_29	188	210	1.5e-05	25.3
TkA01G488640	`PF03215`	Rad17	188	232	0.018	15.7
TkA01G488640	`PF25199`	nSTAND_NTPase5	188	215	0.11	13.0
TkA01G488640	`PF13604`	AAA_30	189	216	0.0083	16.6
TkA01G488640	`PF13476`	AAA_23	190	235	0.00021	22.7
TkA01G488640	`PF13401`	AAA_22	191	223	0.0029	18.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M9E1`	拟南芥	sp\|Q9M9E1\|AB40G_ARATH ABC transporter G family member 40	70.000%	Swiss-Prot	高置信

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