TkA01G448650 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G448650

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 112346106-112348045 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1072 bp · TkA01G448650|TK1151|cDNA

AATCAACCGAGCTGAATAGAACAATCACAAACTTCACAAATGAGTTGCTCCTCCGCCATGGCTATCCTTATTCCTTCAACTCCGGCTCTTCTTCCTCACAAGAAGGTGAGCTATGTTTTGGTTGCAAGTATACCACTAAGGAAAATCAATCACTCAAATGTCCTTCAATATGGTAACATTTGCAGACATCGTGTGCTAACAAAAGCTCAAACGTCTCTTGAAGCAGACACCAGTGAAAAAGATTCAGTTACTTCTGAATC...

CDS

下载 CDS FASTA

615 bp · TkA01G448650|TK1151|CDS

ATGAGTTGCTCCTCCGCCATGGCTATCCTTATTCCTTCAACTCCGGCTCTTCTTCCTCACAAGAAGGTGAGCTATGTTTTGGTTGCAAGTATACCACTAAGGAAAATCAATCACTCAAATGTCCTTCAATATGGTAACATTTGCAGACATCGTGTGCTAACAAAAGCTCAAACGTCTCTTGAAGCAGACACCAGTGAAAAAGATTCAGTTACTTCTGAATCCGTTGATGACGAGAATGATTTTGGAGTTGTAAGTGTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

204 aa · TkA01G448650|TK1151|PROTEIN

MSCSSAMAILIPSTPALLPHKKVSYVLVASIPLRKINHSNVLQYGNICRHRVLTKAQTSLEADTSEKDSVTSESVDDENDFGVVSVHHVGILCENLERSLDFYQNILGLKINEARPHDKLPYRGAWLWVGSEMIHLMELPNPDPYTGRPEHGGRDRHTCIAIRDVLKLKAILDKAGIPYTLSRSGRPAIFTRDPDTNALEFTQI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G448650`
TK1151 ID	TkA01G448650
OH-1004 ID	LXL04_002388
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G448650`
位置	Chr01:112346106-112348045 (-)
描述	Similar to ywkD: Uncharacterized protein YwkD (Bacillus subtilis (strain 168)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_002388` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006952 defense response 生物过程 GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程 GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程 GO:0009408 response to heat 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009414 response to water deprivation 生物过程 GO:0009611 response to wounding 生物过程 GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程 GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程 GO:0010045 response to nickel cation 生物过程 GO:0010224 response to UV-B 生物过程 GO:0051595 response to methylglyoxal 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT1G15380 bsu:BSU37020 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.986

排名 1 · TkA01G448650 · TK1151

线粒体0.023

排名 2 · TkA01G448650 · TK1151

细胞质0.019

排名 3 · TkA01G448650 · TK1151

细胞核0.016

排名 4 · TkA01G448650 · TK1151

过氧化物酶体0.014

排名 5 · TkA01G448650 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02208Sorb31-36 aa

PF02208Sorb80-104 aa

PF00903Glyoxalase86-201 aa

PF13669Glyoxalase_487-181 aa

PF13468Glyoxalase_387-183 aa

PF22677Ble-like_N88-113 aa

PF12681Glyoxalase_291-113 aa

PF13986DUF4224169-189 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G448650	`PF02208`	Sorb	31	36	0.28	11.5
TkA01G448650	`PF02208`	Sorb	80	104	0.28	11.5
TkA01G448650	`PF00903`	Glyoxalase	86	201	4.6e-13	50.3
TkA01G448650	`PF13669`	Glyoxalase_4	87	181	3.3e-06	28.1
TkA01G448650	`PF13468`	Glyoxalase_3	87	183	0.28	11.9
TkA01G448650	`PF22677`	Ble-like_N	88	113	0.00082	19.8
TkA01G448650	`PF12681`	Glyoxalase_2	91	113	0.25	12.0
TkA01G448650	`PF13986`	DUF4224	169	189	0.02	15.6
TkA01G448650	`PF02208`	Sorb	172	181	0.28	11.5
TkA01G448650	`PF12681`	Glyoxalase_2	190	201	0.25	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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