LXL04_002388 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_002388

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 47688138-47689643 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

615 bp · LXL04_002388|LXL04_002388|OH1004|cDNA

ATGAGTTGCTCCTCCGCCATGGCTATCCTTCTTCCTTCAACTTCAGCTCTTCTTCCTCACAAGAAGGTGAGCCGTGTTTGGGTTGCAAATATACCACTAAGGAAAAACAATCACCAAAATGTTCTTCAATACGGTAACATTTACAGACATCGTGTGCTAACAAAAGCTCAAACGTCTCTTGAAGCAGACACACGTGAACAAGATTCAGTTACTCCTGAATCCCTTGATGACGAGAATGATTTTGGAGTCGTAAGTCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

615 bp · LXL04_002388|LXL04_002388|OH1004|CDS

ATGAGTTGCTCCTCCGCCATGGCTATCCTTCTTCCTTCAACTTCAGCTCTTCTTCCTCACAAGAAGGTGAGCCGTGTTTGGGTTGCAAATATACCACTAAGGAAAAACAATCACCAAAATGTTCTTCAATACGGTAACATTTACAGACATCGTGTGCTAACAAAAGCTCAAACGTCTCTTGAAGCAGACACACGTGAACAAGATTCAGTTACTCCTGAATCCCTTGATGACGAGAATGATTTTGGAGTCGTAAGTCTTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

204 aa · LXL04_002388|LXL04_002388|OH1004|PROTEIN

MSCSSAMAILLPSTSALLPHKKVSRVWVANIPLRKNNHQNVLQYGNIYRHRVLTKAQTSLEADTREQDSVTPESLDDENDFGVVSLHHVGILCENLERSLDFYQNILGLKINEARPHDKLPYRGAWLWVGSEMIHLMELPNPDPYTGRPEHGGRDRHTCIAIRDVLKLKAILDKAGIPYTLSRSGRPAIFTRDPDTNALEFTQI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_002388`
TK1151 ID	TkA01G448650
OH-1004 ID	LXL04_002388
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_002388

位置 Chr01:47688138-47689643 (+)

描述 Similar to ywkD: Uncharacterized protein YwkD (Bacillus subtilis (strain 168)

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g15380`	参与甲基乙二醛的解毒和清除，甲基乙二醛是一种细胞毒性醛，是响应生物和非生物胁迫期间观察到的初级代谢变化而产生的。	Genome-wide association study reveals novel players in defense hormone crosstalk in Arabidopsis.2018 · DOI: 10.1111/pce.13357 GLYI4 Plays A Role in Methylglyoxal Detoxification and Jasmonate-Mediated Stress Responses in Arabidopsis thaliana .2019 · DOI: 10.3390/biom9100635

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002388 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0009787 regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010045 response to nickel cation 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0051595 response to methylglyoxal 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15380

bsu:BSU37020

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.985

排名 1 · LXL04_002388 · OH-1004

线粒体0.025

排名 2 · LXL04_002388 · OH-1004

细胞质0.019

排名 3 · LXL04_002388 · OH-1004

细胞核0.016

排名 4 · LXL04_002388 · OH-1004

过氧化物酶体0.014

排名 5 · LXL04_002388 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00903.32Glyoxalase86-201 aa

PF13669.13Glyoxalase_487-181 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_002388	`PF00903.32`	Glyoxalase	86	201	2.9e-13	51.0
LXL04_002388	`PF13669.13`	Glyoxalase_4	87	181	3.2e-06	28.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9XI31`	拟南芥	Glyoxylase I 4	29.545%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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