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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G440580
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 110091348-110095538 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

4191 bp · TkA01G440580|TK1151|cDNA

ATGGGGAAACAAGAAGAAGAGGAGGAGGAGGTGGACGACGAGGAGGAAGACGATGACGATGATGATGAAGATGATGACGAAGAAGACGATGACAAAACAATCAAAATCAGAAAATCAAAAGAACTGGGAATTTCCTGTATGTTGAATACAGAGGTCGGAGCGGTTCTGGCAGTTATCCGCCGCAGATCCGACCCAACCTCATATATTTACCAAGATGACGCCTTGGATTCCAATATACTAAGTTCGCTAAAATCACTAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

4191 bp · TkA01G440580|TK1151|CDS

ATGGGGAAACAAGAAGAAGAGGAGGAGGAGGTGGACGACGAGGAGGAAGACGATGACGATGATGATGAAGATGATGACGAAGAAGACGATGACAAAACAATCAAAATCAGAAAATCAAAAGAACTGGGAATTTCCTGTATGTTGAATACAGAGGTCGGAGCGGTTCTGGCAGTTATCCGCCGCAGATCCGACCCAACCTCATATATTTACCAAGATGACGCCTTGGATTCCAATATACTAAGTTCGCTAAAATCACTAAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1396 aa · TkA01G440580|TK1151|PROTEIN

MGKQEEEEEEVDDEEEDDDDDDEDDDEEDDDKTIKIRKSKELGISCMLNTEVGAVLAVIRRRSDPTSYIYQDDALDSNILSSLKSLRSLIFNPRQSWRAIDPSIYLSPFLDVISSEDVPAAATTVALSSILKMLKLDIFDKKTPGAREAVSNVVMAVTGCRLEKTHPVTEAAVMMRILQVLAAVMRHPASVLLNDHAVCTIVNTCFQVVQQSASQGDILQRTARHTMHDLIQIIYSRLLEIEVGDWENSESDTEDATDET...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G440580
TK1151 IDTkA01G440580
OH-1004 IDLXL04_002565
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.779 / OH-1004 97.779
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G440580
位置Chr01:110091348-110095538 (-)
描述Similar to GNL2: ARF guanine-nucleotide exchange factor GNL2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g19610 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。
GNOM-LIKE 2, encoding an adenosine diphosphate-ribosylation factor-guanine nucleotide exchange factor protein homologous to GNOM and GNL1, is essential for pollen germination in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2009.00858.x
At1g13980 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。
Cell wall alterations in the arabidopsis emb30 mutant.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.11.2047
EMB30 is essential for normal cell division, cell expansion, and cell adhesion in Arabidopsis and encodes a protein that has similarity to Sec7.1994 · DOI: 10.1016/0092-8674(94)90444-8
At5g39500 通过将结合的 GDP 交换为游离的 GTP 来激活 ARF 蛋白。
Functional diversification of closely related ARF-GEFs in protein secretion and recycling.2007 · DOI: 10.1038/nature05967
An ARF-GEF acting at the Golgi and in selective endocytosis in polarized plant cells.2007 · DOI: 10.1038/nature06023
GNOM-LIKE1/ERMO1 and SEC24a/ERMO2 are required for maintenance of endoplasmic reticulum morphology in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.068270

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002565 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程
GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程
GO:0006897 endocytosis 生物过程
GO:0007005 mitochondrion organization 生物过程
GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程
GO:0007030 Golgi organization 生物过程
GO:0007155 cell adhesion 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程
GO:0009846 pollen germination 生物过程
GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程
GO:0009942 longitudinal axis specification 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G13980
ath:AT5G19610
ath:AT5G39500
cel:CELE_C24H11.7
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.523
排名 1 · TkA01G440580 · TK1151
高尔基体0.283
排名 2 · TkA01G440580 · TK1151
细胞膜0.191
排名 3 · TkA01G440580 · TK1151
细胞核0.149
排名 4 · TkA01G440580 · TK1151
溶酶体／液泡0.145
排名 5 · TkA01G440580 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05470eIF-3c_N4-259 aa
PF04931DNA_pol_phi5-32 aa
PF04546Sigma70_ner6-32 aa
PF02724CDC456-32 aa
PF09324Sec7-like_HDS106-135 aa
PF23325TPR_28118-192 aa
PF12783Sec7-like_HUS264-423 aa
PF01369Sec7513-698 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G440580PF05470eIF-3c_N42590.03313.3
TkA01G440580PF04931DNA_pol_phi5323.36.4
TkA01G440580PF04546Sigma70_ner6323.38.3
TkA01G440580PF02724CDC456329.15.1
TkA01G440580PF09324Sec7-like_HDS1061350.001519.0
TkA01G440580PF23325TPR_281181922.6e-40138.8
TkA01G440580PF12783Sec7-like_HUS2644237.8e-35120.8
TkA01G440580PF01369Sec75136983.8e-68229.4
TkA01G440580PF09324Sec7-like_HDS8308510.001519.0
TkA01G440580PF12783Sec7-like_HUS8959317.8e-35120.8
TkA01G440580PF29904THR_N96610610.0214.6
TkA01G440580PF04931DNA_pol_phi105511683.36.4
TkA01G440580PF09324Sec7-like_HDS106711050.001519.0
TkA01G440580PF05470eIF-3c_N117912200.03313.3
TkA01G440580PF23325TPR_28120713832.6e-40138.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4K2K3拟南芥sp|F4K2K3|GNL2_ARATH ARF guanine-nucleotide exchange factor GNL262.100%Swiss-Prot高置信
Q42510拟南芥sp|Q42510|GNOM_ARATH ARF guanine-nucleotide exchange factor GNOM40.200%Swiss-Prot中等置信
Q9FLY5拟南芥sp|Q9FLY5|GNL1_ARATH ARF guanine-nucleotide exchange factor GNL137.100%Swiss-Prot中等置信

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