TkA01G437440 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G437440

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 109278290-109280104 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

525 bp · TkA01G437440|TK1151|cDNA

ATGATTTTAATTTTAGCTAATTCTAATAGAATTTTTTGCGGGAAGCAGCCGAAGGAATTAGAGTATGATGTAGAAAGAAAGCCAGAGGCACCAAAGGATTATATTCATGTGAGAGCAAGAAGAGGGCAAACTACTGATAGCCATAGGTTAGCAGAGAGAGTTAGAAGGGAGAAAATCGGTGAAAGAATGAATCTTCTTCAAAATCTTGTACCAAATTGTGACAAGGTGAGGATGAAAGATGTCAATTTGATTTTTATGGG...

CDS

下载 CDS FASTA

525 bp · TkA01G437440|TK1151|CDS

ATGATTTTAATTTTAGCTAATTCTAATAGAATTTTTTGCGGGAAGCAGCCGAAGGAATTAGAGTATGATGTAGAAAGAAAGCCAGAGGCACCAAAGGATTATATTCATGTGAGAGCAAGAAGAGGGCAAACTACTGATAGCCATAGGTTAGCAGAGAGAGTTAGAAGGGAGAAAATCGGTGAAAGAATGAATCTTCTTCAAAATCTTGTACCAAATTGTGACAAGGTGAGGATGAAAGATGTCAATTTGATTTTTATGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

174 aa · TkA01G437440|TK1151|PROTEIN

MILILANSNRIFCGKQPKELEYDVERKPEAPKDYIHVRARRGQTTDSHRLAERVRREKIGERMNLLQNLVPNCDKVRMKDVNLIFMGKVNPTQCEAITMVCAQAIGNHVTLTLGGSNGHSELNVFKPIISIRLLADASASFEKNCVRGIQANRDRISKLLHEVIIIINKTYNYY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G437440`
TK1151 ID	TkA01G437440
OH-1004 ID	LXL04_030627
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	87.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.402 / OH-1004 75.109 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G437440

位置 Chr01:109278290-109280104 (+)

描述 Similar to FUM2: Fumarate hydratase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g50950`	细胞质富马酸水合酶，催化富马酸与L-苹果酸的可逆、立体专一性互变反应。	Arabidopsis has a cytosolic fumarase required for the massive allocation of photosynthate into fumaric acid and for rapid plant growth on high nitrogen.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04189.x FUM2, a Cytosolic Fumarase, Is Essential for Acclimation to Low Temperature in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1104/pp.16.00852 The complex allosteric and redox regulation of the fumarate hydratase and malate dehydratase reactions of Arabidopsis thaliana Fumarase 1 and 2 gives clues for understanding the massive accumulation of fumarate.2018 · DOI: 10.1111/febs.14483
`At2g47510`	催化富马酸与L-苹果酸之间的可逆立体特异性互变反应。	The complex allosteric and redox regulation of the fumarate hydratase and malate dehydratase reactions of Arabidopsis thaliana Fumarase 1 and 2 gives clues for understanding the massive accumulation of fumarate.2018 · DOI: 10.1111/febs.14483

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030627 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000050 urea cycle 生物过程

GO:0006099 tricarboxylic acid cycle 生物过程

GO:0006106 fumarate metabolic process 生物过程

GO:0006108 malate metabolic process 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006525 arginine metabolic process 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0010109 regulation of photosynthesis 生物过程

GO:0042128 nitrate assimilation 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0051262 protein tetramerization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G47510

ath:AT5G50950

hsa:2271

rno:24368

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.564

排名 1 · TkA01G437440 · TK1151

细胞质0.390

排名 2 · TkA01G437440 · TK1151

线粒体0.082

排名 3 · TkA01G437440 · TK1151

细胞膜0.055

排名 4 · TkA01G437440 · TK1151

内质网0.035

排名 5 · TkA01G437440 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00206Lyase_144-64 aa

PF00010HLH47-72 aa

PF00206Lyase_187-106 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G437440	`PF00206`	Lyase_1	44	64	0.0021	18.2
TkA01G437440	`PF00010`	HLH	47	72	0.0082	16.7
TkA01G437440	`PF00206`	Lyase_1	87	106	0.0021	18.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FI53`	拟南芥	sp\|Q9FI53\|FUM2_ARATH Fumarate hydratase 2	73.300%	Swiss-Prot	低置信
`P93033`	拟南芥	sp\|P93033\|FUM1_ARATH Fumarate hydratase 1, mitochondrial	72.200%	Swiss-Prot	低置信

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