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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G435990
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 108924730-108926572 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

723 bp · TkA01G435990|TK1151|cDNA

ATGTATGGCAAAAATGGGGCTCTCGAAGATGCACGAAAGGTATTCGACAATATGCCTGAAAGAAACGTAGTCACCTGGAACGCAATGATGGTAACCTATGCTCAAAACGGTATGCATGAAGAAGCAATCCGTCTCTTTCATGACATGAGAACACAAGGGATTCAACCCACTGTGATAACATTCACGAGTGTGTTATCAGTATGTCGACACTGTGGGCTTGCAAATGAAGGTTTGGGGGTTTTCGTTGATATGATTAGAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

723 bp · TkA01G435990|TK1151|CDS

ATGTATGGCAAAAATGGGGCTCTCGAAGATGCACGAAAGGTATTCGACAATATGCCTGAAAGAAACGTAGTCACCTGGAACGCAATGATGGTAACCTATGCTCAAAACGGTATGCATGAAGAAGCAATCCGTCTCTTTCATGACATGAGAACACAAGGGATTCAACCCACTGTGATAACATTCACGAGTGTGTTATCAGTATGTCGACACTGTGGGCTTGCAAATGAAGGTTTGGGGGTTTTCGTTGATATGATTAGAAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

240 aa · TkA01G435990|TK1151|PROTEIN

MYGKNGALEDARKVFDNMPERNVVTWNAMMVTYAQNGMHEEAIRLFHDMRTQGIQPTVITFTSVLSVCRHCGLANEGLGVFVDMIRKYGVKPSMEHFGCVAGLLSKCGNNEAFRFVESMQFEPDSHILGCLLDSCRENSGSETDVVKYLMEKLMKIEPMNSGNYVAVSNAYAGKGMWNEVSELRSLMRENGIKKSPGCSWLQIGKEVHVFVANDRSQSRTDEIYSTLALLRKEMQANTNL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G435990
TK1151 IDTkA01G435990
OH-1004 IDLXL04_002611
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)84.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 26.519
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G435990
位置Chr01:108924730-108926572 (+)
描述Similar to CRR21: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g55740, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g55740 在叶绿体 RNA 编辑中发挥重要作用。
Conserved domain structure of pentatricopeptide repeat proteins involved in chloroplast RNA editing.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0700865104
At1g20230 含五重复肽的蛋白质 At1g20230。 暂无已核实直接文献
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献
At3g13770 假定含有五肽重复蛋白的蛋白 At3g13770，存在于线粒体中。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002611 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G18485
ath:AT1G19720
ath:AT4G21300
ath:AT5G55740
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.594
排名 1 · TkA01G435990 · TK1151
质体0.188
排名 2 · TkA01G435990 · TK1151
细胞核0.092
排名 3 · TkA01G435990 · TK1151
细胞质0.036
排名 4 · TkA01G435990 · TK1151
过氧化物酶体0.007
排名 5 · TkA01G435990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR2-23 aa
PF13041PPR_22-23 aa
PF12854PPR_12-18 aa
PF13812PPR_34-20 aa
PF13428TPR_144-17 aa
PF13041PPR_221-68 aa
PF13812PPR_321-68 aa
PF12854PPR_121-50 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G435990PF01535PPR2236.2e-2380.1
TkA01G435990PF13041PPR_22238.2e-2381.0
TkA01G435990PF12854PPR_12183e-1143.6
TkA01G435990PF13812PPR_34202.6e-1144.1
TkA01G435990PF13428TPR_144170.2912.7
TkA01G435990PF13041PPR_221688.2e-2381.0
TkA01G435990PF13812PPR_321682.6e-1144.1
TkA01G435990PF12854PPR_121503e-1143.6
TkA01G435990PF01535PPR24546.2e-2380.1
TkA01G435990PF29070MSC6_N251114.5e-0523.5
TkA01G435990PF13428TPR_1425510.2912.7
TkA01G435990PF23276TPR_2426672.9e-0627.9
TkA01G435990PF20431E_motif32551.6e-2073.8
TkA01G435990PF17177PPR_long391130.002118.2
TkA01G435990PF12854PPR_153683e-1143.6
TkA01G435990PF28035Cys_rich_PSPA7_267653720.4411.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FM64拟南芥sp|Q9FM64|PP431_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g55740, chloroplastic44.700%Swiss-Prot中等置信
Q9LNU6拟南芥sp|Q9LNU6|PPR53_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g2023040.000%Swiss-Prot中等置信
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914240.400%Swiss-Prot中等置信
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360043.000%Swiss-Prot中等置信
Q9LIC3拟南芥sp|Q9LIC3|PP227_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g13770, mitochondrial40.000%Swiss-Prot中等置信

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