TkA01G434820 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G434820

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 108604215-108606760 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1868 bp · TkA01G434820|TK1151|cDNA

TTCTTGTATTCGAGAACCTTTATTAGGGTTTCTCAAATAAGTATTTGTGAGCTCAGTAAAAGTTTTCAGATCGTTTTCGTTCACCAAGTATTTGTGAATTTGCGCGCATATGTGGATTGAAGTGTTGGTAGACCCGATGTGGATTTGCCCAAGGACAAGGGAAATAACATGATGTACCAACCTATCCCATGAAACACGGTATTCATTTACTTGTCAAGTCCTCGAAATCAACCCAATCACTCTGCTTCGAGCGGCCCTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1023 bp · TkA01G434820|TK1151|CDS

ATGGCCGTCCCGAAGCAACATTATGCTACAAGCAGTCTTGTGATTGGGTACGCTCTATGTTCAAGCTTGTTAGCTGTGATTAACAAATTTGCAATCACGAAGTTTAATTACCCAGGGCTATTGACTGCTCTGCAGTATTTAACTTCAGCATTAGGAGTTTGGGTTTTGGGAAAATTAGGGTTCTTAAGCCACGATCCGTTCGTGTGGGAAACCGCCAAGAAATTCTTACCGGCTGCCATCGTTTTCTACCTCGCAATCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

340 aa · TkA01G434820|TK1151|PROTEIN

MAVPKQHYATSSLVIGYALCSSLLAVINKFAITKFNYPGLLTALQYLTSALGVWVLGKLGFLSHDPFVWETAKKFLPAAIVFYLAIFTNTNLLRHANVDTFIVFRSLTPLLVALADTTFRKQPVPSKLTFLSLLIILGGAVGYVATDSGFTLTAYSWAFAYLITITTEMVYIKHMVTNLGLNTWGFVYYNNLLSLMMAPFFWIMTGEYSDVFATVGSNHGNVFEIIAFTAVSSSCVFGLLISFFGFACRKAISATAFTVT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G434820`
TK1151 ID	TkA01G434820
OH-1004 ID	LXL04_020989
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	54.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 78.824 / OH-1004 86.971 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G434820

位置 Chr01:108604215-108606760 (+)

描述 Similar to GONST3: GDP-mannose transporter GONST3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19980`	作为将 GDP-岩藻糖输入高尔基体腔的主要核苷酸-糖转运蛋白。	Arabidopsis thaliana expresses multiple Golgi-localised nucleotide-sugar transporters related to GONST1.2004 · DOI: 10.1007/s00438-004-1071-z The Arabidopsis Golgi-localized GDP-L-fucose transporter is required for plant development.2016 · DOI: 10.1038/ncomms12119
`At1g76340`	GDP-甘露糖转运蛋白，可能参与 GDP-甘露糖从细胞质输入高尔基体腔。	Arabidopsis thaliana expresses multiple Golgi-localised nucleotide-sugar transporters related to GONST1.2004 · DOI: 10.1007/s00438-004-1071-z

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_020989 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0015713 phosphoglycerate transmembrane transport 生物过程

GO:0015780 nucleotide-sugar transmembrane transport 生物过程

GO:0015783 GDP-fucose transmembrane transport 生物过程

GO:0015786 UDP-glucose transmembrane transport 生物过程

GO:0035436 triose phosphate transmembrane transport 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0072334 UDP-galactose transmembrane transport 生物过程

GO:0080147 root hair cell development 生物过程

GO:1990570 GDP-mannose transmembrane transport 生物过程

GO:0000138 Golgi trans cisterna 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76340

ath:AT2G13650

ath:AT4G31600

ath:AT5G17630

ath:AT5G19980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.725

排名 1 · TkA01G434820 · TK1151

内质网0.272

排名 2 · TkA01G434820 · TK1151

细胞质0.107

排名 3 · TkA01G434820 · TK1151

细胞膜0.038

排名 4 · TkA01G434820 · TK1151

溶酶体／液泡0.028

排名 5 · TkA01G434820 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03151TPT19-298 aa

PF08728CRT1073-152 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G434820	`PF03151`	TPT	19	298	9.9e-14	52.1
TkA01G434820	`PF08728`	CRT10	73	152	0.25	10.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84L08`	拟南芥	sp\|Q84L08\|GFT1_ARATH GDP-fucose transporter 1	71.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9S845`	拟南芥	sp\|Q9S845\|GONS3_ARATH GDP-mannose transporter GONST3	52.400%	Swiss-Prot	高置信

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