TkA01G426900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G426900

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 106586466-106589477 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2436 bp · TkA01G426900|TK1151|cDNA

GAAATAACGGTTTTGGGTGAAAAAGTCAAGCATGCAGGGAGGTTTTAAGTAGTTCAAGAAAACTATAAGGGGGCGAATTGAAAAAGTTTAGGATGTTTAAAAAAAAGGAACACTCGTCATGCCACTCATACATAAAGTTGCCCATACATGACACATTCTTCATTTTTGGTTTTGTAAAGCGTTCACTTTTCTCGTAGATCGGAGCTTCTTCCACCATTCTTAAATCGAGCATATAATTCCCTGAGAATTGTCGACTTACT...

CDS

下载 CDS FASTA

1677 bp · TkA01G426900|TK1151|CDS

ATGTCTTCAAGCACTATCAGAAAGGCGATTGGGGTGGTTAAAGACCAAACTAGTATAAGCATCGCCAAAGTTGCAGGCAATGTAGCACCAGGTCTCGAGGTACTCATAGTGAAAGCAACAGGCCATGACATTGAGCCTGCTGAAGAAAGGTACATAAGAGAAATCCTTCACCTCATATCTCAAAATCGAGGATACGTAAGCGCATGCGTCTACAACATCTCAAAACGGTTGAACAAAACAAGCGATTGGGTCGTGGCATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

558 aa · TkA01G426900|TK1151|PROTEIN

MSSSTIRKAIGVVKDQTSISIAKVAGNVAPGLEVLIVKATGHDIEPAEERYIREILHLISQNRGYVSACVYNISKRLNKTSDWVVALKALMLVHRLLVDGSPIFGQEIMFASRKGSRVLNMSDFRVEALSNYWDHAAFVKNYALYLDQKLEFIAFERKLSGFKDKWRCEGRYGGFRDDHSYGISYKSKSYGDLHESTLSKETNVGTSLKEMKDDRVLERLSKLLRVINRGVLCRPAGTAKTNKMILVALYLVLHESFRVY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G426900`
TK1151 ID	TkA01G426900
OH-1004 ID	LXL04_002707
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 31.007 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G426900

位置 Chr01:106586466-106589477 (+)

描述 Similar to TPR4: Topless-related protein 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g32285`	可能的网格蛋白组装蛋白 At4g32285。	暂无已核实直接文献
`At2g25430`	假定的网格蛋白组装蛋白 At2g25430。	暂无已核实直接文献
`At1g03050`	假定网格蛋白装配蛋白 At1g03050。	暂无已核实直接文献
`At4g02650`	假定的网格蛋白组装蛋白 At4g02650。	暂无已核实直接文献
`At1g05020`	适配蛋白是适配复合物的组成部分，将网格蛋白与包被囊泡中的受体连接起来。	Identification and functional characterization of Arabidopsis AP180, a binding partner of plant alphaC-adaptin.2004 · DOI: 10.1242/jcs.01062

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002707 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009791 post-embryonic development 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009938 negative regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010051 xylem and phloem pattern formation 生物过程

GO:0010072 primary shoot apical meristem specification 生物过程

GO:0010229 inflorescence development 生物过程

GO:0010336 gibberellic acid homeostasis 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15750

ath:AT1G80490

ath:AT3G15880

dosa:Os03g0254700

dosa:Os08g0162100

osa:4332285

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.508

排名 1 · TkA01G426900 · TK1151

细胞质0.367

排名 2 · TkA01G426900 · TK1151

细胞核0.209

排名 3 · TkA01G426900 · TK1151

高尔基体0.070

排名 4 · TkA01G426900 · TK1151

内质网0.063

排名 5 · TkA01G426900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF31122FilR1_N2-15 aa

PF07651ANTH32-336 aa

PF00790VHS32-103 aa

PF01417ENTH33-143 aa

PF31122FilR1_N186-232 aa

PF01417ENTH249-301 aa

PF24743DUF7692294-319 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G426900	`PF31122`	FilR1_N	2	15	0.49	11.2
TkA01G426900	`PF07651`	ANTH	32	336	9.1e-64	215.8
TkA01G426900	`PF00790`	VHS	32	103	0.12	12.9
TkA01G426900	`PF01417`	ENTH	33	143	0.00059	20.6
TkA01G426900	`PF31122`	FilR1_N	186	232	0.49	11.2
TkA01G426900	`PF01417`	ENTH	249	301	0.00059	20.6
TkA01G426900	`PF24743`	DUF7692	294	319	0.32	11.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8S9J8`	拟南芥	sp\|Q8S9J8\|CAP1_ARATH Probable clathrin assembly protein At4g32285	45.300%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8LF20`	拟南芥	sp\|Q8LF20\|CAP2_ARATH Putative clathrin assembly protein At2g25430	44.800%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9SA65`	拟南芥	sp\|Q9SA65\|CAP4_ARATH Putative clathrin assembly protein At1g03050	36.200%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GX47`	拟南芥	sp\|Q8GX47\|CAP3_ARATH Putative clathrin assembly protein At4g02650	35.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZVN6`	拟南芥	sp\|Q9ZVN6\|AP180_ARATH Clathrin coat assembly protein AP180	36.800%	Swiss-Prot	中等置信

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