TkA01G419910 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G419910

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 104856065-104857336 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1230 bp · TkA01G419910|TK1151|cDNA

ATGGGGGCAGACGGGAACAACGGGGCGTTGCACGGGAAGTACGAACTAGGACGTCAATTGGGGCACGGAACATTTGCGAATGTGTACCACGCGAGGAACCTGCAGACCGGCAGGAGCGTGGCGATGAAAGTTGTTGGGAAGGAGAAGGTGATAAAGGCCGGCATGATGGATCAAATTAAGCGAGAGATTTCGGTGATGAAGATGGTACGCCACCCAAACATCGTCGAGCTTCACGAAGTCATGGCCAGTAAATCTAAGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1230 bp · TkA01G419910|TK1151|CDS

ATGGGGGCAGACGGGAACAACGGGGCGTTGCACGGGAAGTACGAACTAGGACGTCAATTGGGGCACGGAACATTTGCGAATGTGTACCACGCGAGGAACCTGCAGACCGGCAGGAGCGTGGCGATGAAAGTTGTTGGGAAGGAGAAGGTGATAAAGGCCGGCATGATGGATCAAATTAAGCGAGAGATTTCGGTGATGAAGATGGTACGCCACCCAAACATCGTCGAGCTTCACGAAGTCATGGCCAGTAAATCTAAGAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

409 aa · TkA01G419910|TK1151|PROTEIN

MGADGNNGALHGKYELGRQLGHGTFANVYHARNLQTGRSVAMKVVGKEKVIKAGMMDQIKREISVMKMVRHPNIVELHEVMASKSKIYFAMELVRGGELFSKIEKGRLKEDVARGYFQQLISAVDFCHSRDEEGNLKVTDFGLSAFSDHLHQDGLLHTTCGTPAYVAPEVIGKKGYDGAKADIWSCGVILYVLLAGFLPFQDENVVAMYRKIYRGDFRCPPWFSSDARRLITKLLDPNPDCRCTISKIMDSPWFKKAAPK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G419910`
TK1151 ID	TkA01G419910
OH-1004 ID	LXL04_002804
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	96.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 82.456 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G419910

位置 Chr01:104856065-104857336 (+)

描述 Similar to CIPK6: CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g30960`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	Calcium-dependent modulation and plasma membrane targeting of the AKT2 potassium channel by the CBL4/CIPK6 calcium sensor/protein kinase complex.2011 · DOI: 10.1038/cr.2011.50
`At5g45820`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	Constitutive activation and transgenic evaluation of the function of an arabidopsis PKS protein kinase.2002 · DOI: 10.1074/jbc.m205504200

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0206700`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os08g0441100`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os07g0678600`	CIPK 丝氨酸-苏氨酸蛋白激酶与 CBL 蛋白相互作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_002804 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010540 basipetal auxin transport 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0051592 response to calcium ion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0106310 protein serine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G30960

ath:AT5G45820

dosa:Os01g0206700

dosa:Os07g0678600

dosa:Os08g0441100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.512

排名 1 · TkA01G419910 · TK1151

细胞核0.387

排名 2 · TkA01G419910 · TK1151

细胞膜0.259

排名 3 · TkA01G419910 · TK1151

内质网0.055

排名 4 · TkA01G419910 · TK1151

高尔基体0.046

排名 5 · TkA01G419910 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase14-254 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr15-249 aa

PF03109ABC123-69 aa

PF04970LRAT37-62 aa

PF03109ABC156-148 aa

PF03822NAF280-338 aa

PF04970LRAT301-355 aa

PF07714PK_Tyr_Ser-Thr336-366 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G419910	`PF00069`	Pkinase	14	254	2.5e-59	201.6
TkA01G419910	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	15	249	4.4e-25	89.2
TkA01G419910	`PF03109`	ABC1	23	69	0.14	12.0
TkA01G419910	`PF04970`	LRAT	37	62	0.23	12.5
TkA01G419910	`PF03109`	ABC1	56	148	0.14	12.0
TkA01G419910	`PF03822`	NAF	280	338	8.5e-23	81.0
TkA01G419910	`PF04970`	LRAT	301	355	0.23	12.5
TkA01G419910	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	336	366	4.4e-25	89.2
TkA01G419910	`PF00069`	Pkinase	353	372	2.5e-59	201.6
TkA01G419910	`PF02149`	KA1	370	392	0.2	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O65554`	拟南芥	sp\|O65554\|CIPK6_ARATH CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 6	71.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FJ54`	拟南芥	sp\|Q9FJ54\|CIPKK_ARATH CBL-interacting serine/threonine-protein kinase 20	57.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LWM4`	水稻	sp\|Q9LWM4\|CIPK5_ORYSJ CBL-interacting protein kinase 5	59.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q6Z9F4`	水稻	sp\|Q6Z9F4\|CIPK6_ORYSJ CBL-interacting protein kinase 6	59.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q7X996`	水稻	sp\|Q7X996\|CIPK2_ORYSJ CBL-interacting protein kinase 2	55.500%	Swiss-Prot	高置信

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