TkA01G415460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G415460

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 103679493-103681488 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1367 bp · TkA01G415460|TK1151|cDNA

TGGGGCTGAAAGGAAATTTAAAGAGGTCGTGGAAAACGTAAAACCCAATTTGTTTCTAGAATCGTCGAGTTCTGCAACGAAAAGACACCTCTTGCCGACGATTGCGATTTTGAGATTTCCTCTGTTTGTTTCTGTGGGAGAAGTTGAAAATGGTGGTGCTTGAACCGATGCCTTCGACTGATGACGAACCAAAAAGGTCAAAATCAACGGCCGTTTCCTCAGGGAGCGTAGATTCAAGTAGTGGCGATCAAGCAAACGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

876 bp · TkA01G415460|TK1151|CDS

ATGGTGGTGCTTGAACCGATGCCTTCGACTGATGACGAACCAAAAAGGTCAAAATCAACGGCCGTTTCCTCAGGGAGCGTAGATTCAAGTAGTGGCGATCAAGCAAACGCTGCCGGGGTAGATAGGAAAAGTGAGGATAGAGTAACCGGCGACGGATACGCATCCGACGGTTTCGAAACCGCAAGCGAAACCGAAGTTGCCGATGATGATACCGTATCTGATGACAATAACAATTCAAAGGACGTCATTGAACATCAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

291 aa · TkA01G415460|TK1151|PROTEIN

MVVLEPMPSTDDEPKRSKSTAVSSGSVDSSSGDQANAAGVDRKSEDRVTGDGYASDGFETASETEVADDDTVSDDNNNSKDVIEHQQDLTEEVSVASKDQSYEDTLDEDELKQKLLAEMNEAKVEGNKLFGDGLYEEALLKYDYAIQLAPEMPSLAEIRSICHNNRATCFFKLEKYEESIQECTKALELNPNYMKALLRKAEAHEKLENYEDAIAALKKVLELDPSNKQAKRTIIRLEPLAIEKREKMKEEMLGKLKDMG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G415460`
TK1151 ID	TkA01G415460
OH-1004 ID	LXL04_028267
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	70.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 94.915 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G415460`
位置	Chr01:103679493-103681488 (+)
描述	Similar to TTC1: Tetratricopeptide repeat protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_028267` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006457 protein folding 生物过程 GO:0070098 chemokine-mediated signaling pathway 生物过程 GO:0070286 axonemal dynein complex assembly 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005778 peroxisomal membrane 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0120293 dynein axonemal particle 细胞组分 GO:0030674 protein-macromolecule adaptor activity 分子功能 GO:0051082 unfolded protein binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:504602 hsa:7265 mmu:66827 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.663

排名 1 · TkA01G415460 · TK1151

细胞核0.243

排名 2 · TkA01G415460 · TK1151

过氧化物酶体0.124

排名 3 · TkA01G415460 · TK1151

高尔基体0.120

排名 4 · TkA01G415460 · TK1151

内质网0.093

排名 5 · TkA01G415460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15015NYD-SP12_N77-110 aa

PF19556PRTRC_E84-148 aa

PF29407CFAP70_TPR_C122-229 aa

PF12968DUF3856125-223 aa

PF00515TPR_1126-151 aa

PF07719TPR_2126-151 aa

PF13414TPR_11126-153 aa

PF14559TPR_19129-153 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G415460	`PF15015`	NYD-SP12_N	77	110	0.019	14.1
TkA01G415460	`PF19556`	PRTRC_E	84	148	1.2	9.6
TkA01G415460	`PF29407`	CFAP70_TPR_C	122	229	0.082	13.1
TkA01G415460	`PF12968`	DUF3856	125	223	0.00045	20.9
TkA01G415460	`PF00515`	TPR_1	126	151	3.4e-20	71.7
TkA01G415460	`PF07719`	TPR_2	126	151	2.5e-18	65.3
TkA01G415460	`PF13414`	TPR_11	126	153	2.8e-12	46.8
TkA01G415460	`PF14559`	TPR_19	129	153	1.1e-09	39.2
TkA01G415460	`PF13432`	TPR_16	131	153	1.9e-09	38.5
TkA01G415460	`PF13176`	TPR_7	133	151	0.00068	20.3
TkA01G415460	`PF04212`	MIT	133	148	1.2	10.0
TkA01G415460	`PF13371`	TPR_9	135	192	0.00012	22.8
TkA01G415460	`PF03704`	BTAD	148	227	0.0056	17.8
TkA01G415460	`PF15015`	NYD-SP12_N	155	214	0.019	14.1
TkA01G415460	`PF00515`	TPR_1	162	193	3.4e-20	71.7
TkA01G415460	`PF07719`	TPR_2	162	193	2.5e-18	65.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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