TkA01G382990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G382990

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 95621907-95626222 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2482 bp · TkA01G382990|TK1151|cDNA

TCCAGGTTCGAACCTGACCAATGTATTTTTTTTTCGAAGAATCAGACTGCTTCTACGAGTTTTCAAGTTAAACTTCTAACATTAAACTCCTCGGTTCCACATACAAGGGTTTTTCTCCCTCACCGGCACCGCCACACTCCACTTCGTAAGTCAAAGATCAAATTAATTGTTGTATTGCTGATCAATCATGGGTCAAGAAGATGGTCATATACTGCATATCACAGAATACATGGTGGCGGGAGAAGAAATTATAGACAACA...

CDS

下载 CDS FASTA

2295 bp · TkA01G382990|TK1151|CDS

ATGGGTCAAGAAGATGGTCATATACTGCATATCACAGAATACATGGTGGCGGGAGAAGAAATTATAGACAACAAACTCCCACAATACAAAAGAAACAATTTATCGGCATGCCTGAACATTCCTAGCCGTAAGAGAGGCATGGGATATGAAGAACTGGTGAAATTCATTCTAGGACACCCTCTGTCTACTGCGTTCACTGAAGGTACATATGTCATCCCTCAAGTTCTGTTAGAATTTTGGTACACCTGTAGAGTAGAGGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

765 aa · TkA01G382990|TK1151|PROTEIN

MGQEDGHILHITEYMVAGEEIIDNKLPQYKRNNLSACLNIPSRKRGMGYEELVKFILGHPLSTAFTEGTYVIPQVLLEFWYTCRVEGSAGDIFIRTVNDGENTVRITLENLRKILRLPILPKYDLEVSKSQARSVLLEIGFPTAVGVIEKSQFTTKWGFLVSTIVRSQGTKIGSLGSVNEVEMQLLYALVKGRNLDFAQVFFNELKNHVCKKPRDPAAPYSRFVSMCIQDSIGDLYHSLAEMFQTVDTPKLDYKMFNGNI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G382990`
TK1151 ID	TkA01G382990
OH-1004 ID	LXL04_003241
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	75.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 93.596 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G382990

位置 Chr01:95621907-95626222 (+)

描述 Similar to JMJ25: Lysine-specific demethylase JMJ25

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g11950`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献
`At1g62310`	可能作为组蛋白H3赖氨酸去甲基化酶，参与基因表达调控。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003241 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0031507 heterochromatin formation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G09060

ath:AT1G11950

ath:AT1G62310

ath:AT3G07610

ath:AT4G00990

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.877

排名 1 · TkA01G382990 · TK1151

细胞质0.196

排名 2 · TkA01G382990 · TK1151

细胞膜0.031

排名 3 · TkA01G382990 · TK1151

线粒体0.025

排名 4 · TkA01G382990 · TK1151

内质网0.017

排名 5 · TkA01G382990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11123DNA_Packaging_2385-435 aa

PF19761DUF6248498-545 aa

PF19761DUF6248635-684 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G382990	`PF11123`	DNA_Packaging_2	385	435	0.22	12.4
TkA01G382990	`PF19761`	DUF6248	498	545	0.26	11.8
TkA01G382990	`PF19761`	DUF6248	635	684	0.26	11.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`C0SUU8`	拟南芥	sp\|C0SUU8\|JMJ26_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ26	33.700%	Swiss-Prot	低置信
`C0SV12`	拟南芥	sp\|C0SV12\|JMJ29_ARATH Lysine-specific demethylase JMJ29	32.300%	Swiss-Prot	低置信

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