TkA01G373590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G373590

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 93212415-93215236 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1028 bp · TkA01G373590|TK1151|cDNA

GGCTACTCGTTTTCAAAATGAAAATCCAAAGAAACAAACAACCCTTTGTATAGGAGATAACTTGGGATAAAAGAAATAATTTTTCTTCTCGGATATAAAAGGAAAATTATAAATGGCAGACAGCGGCAAGAGAAGGCGAAGACCCTCAAGTATTAACCCATAAGATTGATCTCTCCACGACTTGTATTGTAGAGCAGCTAGTTTGAGGTTTTCTTCTAGGATCATCACGTTATACACTCATACTTGCAAACAAATCCATG...

CDS

下载 CDS FASTA

504 bp · TkA01G373590|TK1151|CDS

ATGGATGCGAAGATCGGGAAATTCTTCGAGTCGGTGGGCACCTTCTTCACCGGCGGTGATTCTATTCCCTGGTGCGACTCCGACATTGTTGTTGGTTGTGAGCGTGAGGTTGCTGAATCTGAGAAAGGCTCTTCTGATGAACTAAAAAGCGAGTGCCTTTTGCGCCTTTCATGGGCTCTTGTTCACTCAAAACGACCCGAAGATGTACAACGTGGGATCGCTATGCTTGAAGGTTTATTGCCTGGCACTACTAACCCCCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

167 aa · TkA01G373590|TK1151|PROTEIN

MDAKIGKFFESVGTFFTGGDSIPWCDSDIVVGCEREVAESEKGSSDELKSECLLRLSWALVHSKRPEDVQRGIAMLEGLLPGTTNPLQMREKMYLLAVGYYRSGDYPRSRHLVDRCLEIAPDWRQAISLKKAIEDRITKDGVIGIGIAATAVGLVAGGIAAALSRKK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G373590`
TK1151 ID	TkA01G373590
OH-1004 ID	LXL04_021074
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	77.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.407 / OH-1004 24.431 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G373590

位置 Chr01:93212415-93215236 (+)

描述 Similar to PCMP-H28: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21065

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g57090`	过氧化物酶体和线粒体分裂机器的组成部分。	BIGYIN, an orthologue of human and yeast FIS1 genes functions in the control of mitochondrial size and number in Arabidopsis thaliana.2006 · DOI: 10.1093/jxb/erj096 Two small protein families, DYNAMIN-RELATED PROTEIN3 and FISSION1, are required for peroxisome fission in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03677.x FISSION1A and FISSION1B proteins mediate the fission of peroxisomes and mitochondria in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssn056
`At5g12390`	过氧化物酶体和线粒体分裂机器的组成部分。	Arabidopsis PEROXIN11c-e, FISSION1b, and DYNAMIN-RELATED PROTEIN3A cooperate in cell cycle-associated replication of peroxisomes.2008 · DOI: 10.1105/tpc.107.057679 Two small protein families, DYNAMIN-RELATED PROTEIN3 and FISSION1, are required for peroxisome fission in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03677.x FISSION1A and FISSION1B proteins mediate the fission of peroxisomes and mitochondria in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssn056

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_021074 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程

GO:0016556 mRNA modification 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G59720

ath:AT2G02980

ath:AT4G21065

ath:AT5G48910

ath:AT5G66520

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.614

排名 1 · TkA01G373590 · TK1151

过氧化物酶体0.265

排名 2 · TkA01G373590 · TK1151

细胞质0.180

排名 3 · TkA01G373590 · TK1151

细胞核0.078

排名 4 · TkA01G373590 · TK1151

细胞膜0.055

排名 5 · TkA01G373590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13424TPR_1236-68 aa

PF23914TPR_CcmH_CycH50-112 aa

PF07719TPR_251-67 aa

PF14559TPR_1951-71 aa

PF13428TPR_1452-70 aa

PF13374TPR_1052-67 aa

PF14852Fis1_TPR_N55-80 aa

PF14853Fis1_TPR_C90-142 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G373590	`PF13424`	TPR_12	36	68	0.0029	18.5
TkA01G373590	`PF23914`	TPR_CcmH_CycH	50	112	0.22	12.1
TkA01G373590	`PF07719`	TPR_2	51	67	9.7e-05	22.9
TkA01G373590	`PF14559`	TPR_19	51	71	0.18	12.9
TkA01G373590	`PF13428`	TPR_14	52	70	0.085	14.3
TkA01G373590	`PF13374`	TPR_10	52	67	0.27	12.0
TkA01G373590	`PF14852`	Fis1_TPR_N	55	80	4.7e-10	39.7
TkA01G373590	`PF14853`	Fis1_TPR_C	90	142	5e-22	78.5
TkA01G373590	`PF07719`	TPR_2	93	122	9.7e-05	22.9
TkA01G373590	`PF13424`	TPR_12	93	123	0.0029	18.5
TkA01G373590	`PF13428`	TPR_14	94	127	0.085	14.3
TkA01G373590	`PF14559`	TPR_19	94	132	0.18	12.9
TkA01G373590	`PF13374`	TPR_10	96	119	0.27	12.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M1J1`	拟南芥	sp\|Q9M1J1\|FIS1A_ARATH Mitochondrial fission 1 protein A	70.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q94CK3`	拟南芥	sp\|Q94CK3\|FIS1B_ARATH Mitochondrial fission 1 protein B	61.200%	Swiss-Prot	高置信

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