TkA01G363210 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G363210

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 90389696-90391295 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

849 bp · TkA01G363210|TK1151|cDNA

CGAACAATCGAGACGGGTCTTCATACCCTCGGCAAAAACCCTTGATCAGACCATTCGTCACTTGTTTCGTCCCACTCTCCGCCGGCGAAGGTGATCGTCCGTTCCGGTAGCAACGCGTTCACTGCAAGCCAGAAACTGAAACTTTTTCTTCCATCTCGTCAATCATGCAACAGTCTGGCAGTGGCTCTGAAACCGAAGTGACATGGGAGGATCAGCAAAACATCAACAAATTTGGGAGATTGAACAATCGGTACCATGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

384 bp · TkA01G363210|TK1151|CDS

ATGCAACAGTCTGGCAGTGGCTCTGAAACCGAAGTGACATGGGAGGATCAGCAAAACATCAACAAATTTGGGAGATTGAACAATCGGTACCATGAACTTGATGATGAAATAAGGATTGCCATGGAAGCAAATGAGAATTTTGAGGATGCAAGCAATGAATTGATATTAACAGATGAGGAGGTGGTGCGTTTCCAAATCGGTGAAATATTTGCTCATGTGCCAAAAGATGAAGTTGAAGCAAGAATTGAAAAAATGACGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

127 aa · TkA01G363210|TK1151|PROTEIN

MQQSGSGSETEVTWEDQQNINKFGRLNNRYHELDDEIRIAMEANENFEDASNELILTDEEVVRFQIGEIFAHVPKDEVEARIEKMTETTTQHLGKLKEEKESVVAQMAELKKVLYGKFKESINLEED

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G363210`
TK1151 ID	TkA01G363210
OH-1004 ID	LXL04_003414
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.638 / OH-1004 80.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G363210

位置 Chr01:90389696-90391295 (-)

描述 Similar to AIP3: Probable prefoldin subunit 4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08780`	与胞质伴侣蛋白特异性结合并将靶蛋白转移至其中。	Prefoldins contribute to maintaining the levels of the spliceosome LSM2-8 complex through Hsp90 in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1093/nar/gkaa354

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003414 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0043622 cortical microtubule organization 生物过程

GO:0071370 cellular response to gibberellin stimulus 生物过程

GO:1905907 negative regulation of amyloid fibril formation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08780

bta:514621

ddi:DDB_G0281873

hsa:5203

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.720

排名 1 · TkA01G363210 · TK1151

细胞核0.564

排名 2 · TkA01G363210 · TK1151

线粒体0.068

排名 3 · TkA01G363210 · TK1151

细胞膜0.035

排名 4 · TkA01G363210 · TK1151

过氧化物酶体0.032

排名 5 · TkA01G363210 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23770Beta-prop_RIG_1st6-110 aa

PF24459DUF75746-63 aa

PF09177STX6_10_61_N7-53 aa

PF29075NOCA1_mid12-126 aa

PF01920Prefoldin_217-120 aa

PF04325DUF46523-45 aa

PF07259ProSAAS42-83 aa

PF09177STX6_10_61_N75-113 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G363210	`PF23770`	Beta-prop_RIG_1st	6	110	0.0069	15.7
TkA01G363210	`PF24459`	DUF7574	6	63	0.2	12.5
TkA01G363210	`PF09177`	STX6_10_61_N	7	53	0.067	14.4
TkA01G363210	`PF29075`	NOCA1_mid	12	126	0.095	13.3
TkA01G363210	`PF01920`	Prefoldin_2	17	120	2e-19	70.2
TkA01G363210	`PF04325`	DUF465	23	45	0.034	14.8
TkA01G363210	`PF07259`	ProSAAS	42	83	0.28	11.9
TkA01G363210	`PF09177`	STX6_10_61_N	75	113	0.067	14.4
TkA01G363210	`PF04325`	DUF465	80	100	0.034	14.8
TkA01G363210	`PF24459`	DUF7574	87	107	0.2	12.5
TkA01G363210	`PF04325`	DUF465	106	112	0.034	14.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M4B5`	拟南芥	sp\|Q9M4B5\|PFD4_ARATH Prefoldin subunit 4	71.300%	Swiss-Prot	高置信

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