TkA01G349810 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G349810

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 86858981-86859985 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1005 bp · TkA01G349810|TK1151|cDNA

ATGGCGCTTCACTACCACCAAAGATACAATCAGATGATACACGAATCACAAGCAAAATCTCTCTCACCTCATTCATCGCAAGGCAGTTTCCCAATTATAGCAGTTGCCATTATCGGAATCTTCGCCACCATCTTTCTCTTAGTCTTTTACTACATCTTCGTCATTAAATGCTGCCTCAACTGGCACAGAATCGATATCCTCCGCCGCTTCTCTCTTTCCCGTAATAGAAACCACCACCAACCCCTCGTACACCACCACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1005 bp · TkA01G349810|TK1151|CDS

ATGGCGCTTCACTACCACCAAAGATACAATCAGATGATACACGAATCACAAGCAAAATCTCTCTCACCTCATTCATCGCAAGGCAGTTTCCCAATTATAGCAGTTGCCATTATCGGAATCTTCGCCACCATCTTTCTCTTAGTCTTTTACTACATCTTCGTCATTAAATGCTGCCTCAACTGGCACAGAATCGATATCCTCCGCCGCTTCTCTCTTTCCCGTAATAGAAACCACCACCAACCCCTCGTACACCACCACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

334 aa · TkA01G349810|TK1151|PROTEIN

MALHYHQRYNQMIHESQAKSLSPHSSQGSFPIIAVAIIGIFATIFLLVFYYIFVIKCCLNWHRIDILRRFSLSRNRNHHQPLVHHHLPSPEPKGLHESVIRAIPIFQFQKQKDSDIGIGECAVCLAEFQHDEKLRMIPNCAHVFHIDCIDVWLQNNPNCPLCRNSISISIPPHFPIPDHQQLIPPQVLKEEDYVVIELCGNGGGGGTSQTNGGEGDGSNSGEPTGVTSTPRNKLGRKLRKKYGLISSMGDECIDVSCRRK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G349810`
TK1151 ID	TkA01G349810
OH-1004 ID	LXL04_003491
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	97.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G349810

位置 Chr01:86858981-86859985 (-)

描述 Similar to ATL16: RING-H2 finger protein ATL16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g43420`	RING-H2 指蛋白 ATL16。	暂无已核实直接文献
`At1g04360`	RING-H2 指蛋白 ATL1。	暂无已核实直接文献
`At1g23980`	RING-H2指蛋白ATL47。	暂无已核实直接文献
`At2g34990`	RING-H2 指蛋白 ATL38。	暂无已核实直接文献
`At4g09100`	RING-H2 指蛋白 ATL39。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003491 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04360

ath:AT4G17905

ath:AT5G17600

ath:AT5G43420

dosa:Os04g0590900

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.479

排名 1 · TkA01G349810 · TK1151

细胞核0.293

排名 2 · TkA01G349810 · TK1151

细胞质0.248

排名 3 · TkA01G349810 · TK1151

内质网0.101

排名 4 · TkA01G349810 · TK1151

溶酶体／液泡0.063

排名 5 · TkA01G349810 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12725DUF381042-82 aa

PF28413At5g65660_helical45-69 aa

PF12861zf-ANAPC1152-62 aa

PF13639zf-RING_2120-163 aa

PF17123zf-RING_11120-149 aa

PF13923zf-C3HC4_2120-162 aa

PF14634zf-RING_5120-163 aa

PF17120zf-RING_16120-160 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G349810	`PF12725`	DUF3810	42	82	0.11	12.6
TkA01G349810	`PF28413`	At5g65660_helical	45	69	1.5	9.2
TkA01G349810	`PF12861`	zf-ANAPC11	52	62	0.00013	22.7
TkA01G349810	`PF13639`	zf-RING_2	120	163	4.8e-13	49.9
TkA01G349810	`PF17123`	zf-RING_11	120	149	8e-09	35.8
TkA01G349810	`PF13923`	zf-C3HC4_2	120	162	9e-08	32.5
TkA01G349810	`PF14634`	zf-RING_5	120	163	8.7e-05	23.1
TkA01G349810	`PF17120`	zf-RING_16	120	160	0.0013	19.0
TkA01G349810	`PF13920`	zf-C3HC4_3	120	167	0.0055	17.2
TkA01G349810	`PF21202`	SLX1_C	120	162	0.2	12.7
TkA01G349810	`PF10367`	zf-Vps39_C	120	150	2.5	8.5
TkA01G349810	`PF11793`	FANCL_C	120	158	2.9	9.0
TkA01G349810	`PF14446`	Prok-RING_1	120	149	3.5	8.6
TkA01G349810	`PF00097`	zf-C3HC4	121	162	2.8e-06	27.8
TkA01G349810	`PF13445`	zf-RING_UBOX	121	160	0.00011	22.8
TkA01G349810	`PF14447`	Prok-RING_4	121	170	0.073	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSW9`	拟南芥	sp\|Q9LSW9\|ATL16_ARATH RING-H2 finger protein ATL16	51.200%	Swiss-Prot	高置信
`P93823`	拟南芥	sp\|P93823\|ATL1_ARATH RING-H2 finger protein ATL1	46.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q8GW38`	拟南芥	sp\|Q8GW38\|ATL47_ARATH RING-H2 finger protein ATL47	48.200%	Swiss-Prot	低置信
`O64762`	拟南芥	sp\|O64762\|ATL38_ARATH RING-H2 finger protein ATL38	50.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q9M0R7`	拟南芥	sp\|Q9M0R7\|ATL39_ARATH RING-H2 finger protein ATL39	44.400%	Swiss-Prot	低置信

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