RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G349490
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 86774712-86780450 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2253 bp · TkA01G349490|TK1151|cDNA

ACGGGGCATTATTTTGACTTTTCCAACTCCTTTTGAAAAACTCACGCTTCACAGTCGCTGCTTCTCTTCACTCGAACGCCCTATTTGCCCCCTGAAATCTCCATCTACCTCCATTTTAATCGCCCTCTGAAATCACCATCTGTGAATCGAATCTACCTCCATTAATCGCCCTCTGTGAAATCGATGTCTCCATCTCCATAAATCAATGGCTTCTCCTTCTTTCCCCAACTACCAGCCGACGATCTCCATAAATCAATGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2607 bp · TkA01G349490|TK1151|CDS

ATGCACATGGGTTACTCCGATCACCGCCGTTACCCTGATTTCTCTCTCATTTCACAATCCGGCGACTTCAATGCCGCCGTTTCATGCATCATTATCACTCACTTTCACTTGGATCATATTGGTGCTCTTCCGTACTTCACTGAAGTTTGTGGTTACACCGGTCCGATTTACATGACGTATCCAACCAAAGCCTTGGCTCCACTTATGTTAGAAGATTACCGAAAAGTAATGGTGGGAAGGGGAGAAGAGCAACAGTTCAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

868 aa · TkA01G349490|TK1151|PROTEIN

MHMGYSDHRRYPDFSLISQSGDFNAAVSCIIITHFHLDHIGALPYFTEVCGYTGPIYMTYPTKALAPLMLEDYRKVMVGRGEEQQFTHENILDCMKKVTAVDLKQNVQVDKDLQIRAYYAGHVLGAAMFYACVEGSGIVYTGDYNMTPDRHLGAAQIDRLQLDLLITESTYATTIRDSKYAREREFLKAVHKCVANGGKVLIPTFALGRAQELCILLDDYWERMNLKVPIYFSAGLTIQANLYYKVLINWTSQKVKDTYA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G349490
TK1151 IDTkA01G349490
OH-1004 IDLXL04_003496
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.800
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.235 / OH-1004 67.144
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G349490
位置Chr01:86774712-86780450 (+)
描述Similar to CPSF73-II: Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-II
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g01730 切割和多聚腺苷酸化特异因子（CPSF）复合体的组成部分，在前mRNA 3'端形成中起关键作用，识别AAUAAA信号序列，并与多聚腺苷酸聚合酶及其他因子相互作用，从而实现3'端切割和多聚腺苷酸添加。
Unique features of plant cleavage and polyadenylation specificity factor revealed by proteomic studies.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.142729
At2g01735 可能是胚胎发育所需的 E3 泛素蛋白连接酶。
A RING-H2 zinc-finger protein gene RIE1 is essential for seed development in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1023/b:plan.0000009256.01620.a6
At4g11680 在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。 暂无已核实直接文献
At1g12760 在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。 暂无已核实直接文献
At1g63170 介导 E2 依赖性蛋白质泛素化。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_003496 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0010197 polar nucleus fusion 生物过程
GO:0016180 snRNA processing 生物过程
GO:0034472 snRNA 3'-end processing 生物过程
GO:0160240 RNA polymerase II transcription initiation surveillance 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0032039 integrator complex 细胞组分
GO:0160232 INTAC complex 细胞组分
GO:0004521 RNA endonuclease activity 分子功能
GO:0016787 hydrolase activity 分子功能
GO:0046872 metal ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G01730
ddi:DDB_G0278189
gga:419418
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.339
排名 1 · TkA01G349490 · TK1151
高尔基体0.215
排名 2 · TkA01G349490 · TK1151
细胞质0.177
排名 3 · TkA01G349490 · TK1151
细胞核0.173
排名 4 · TkA01G349490 · TK1151
细胞膜0.169
排名 5 · TkA01G349490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16661Lactamase_B_624-157 aa
PF00753Lactamase_B24-150 aa
PF12706Lactamase_B_225-170 aa
PF23023Anti-Pycsar_Apyc126-150 aa
PF10996Beta-Casp210-328 aa
PF07521RMMBL344-401 aa
PF12706Lactamase_B_2358-380 aa
PF14256YwiC648-732 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G349490PF16661Lactamase_B_6241577.4e-1865.3
TkA01G349490PF00753Lactamase_B241501.8e-0732.0
TkA01G349490PF12706Lactamase_B_2251700.0001322.3
TkA01G349490PF23023Anti-Pycsar_Apyc1261501.6e-0628.8
TkA01G349490PF10996Beta-Casp2103281e-2694.6
TkA01G349490PF07521RMMBL3444012.4e-1660.2
TkA01G349490PF12706Lactamase_B_23583800.0001322.3
TkA01G349490PF14256YwiC6487321.99.5
TkA01G349490PF14256YwiC7728151.99.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8GUU3拟南芥sp|Q8GUU3|CPS3B_ARATH Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3-II64.500%Swiss-Prot高置信
Q8GUU2拟南芥sp|Q8GUU2|RIE1_ARATH E3 ubiquitin protein ligase RIE154.500%Swiss-Prot高置信
Q93Z92拟南芥sp|Q93Z92|RING4_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At4g1168050.400%Swiss-Prot中等置信
Q9LN71拟南芥sp|Q9LN71|RING1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At1g1276050.200%Swiss-Prot中等置信
Q8LDB8拟南芥sp|Q8LDB8|RING2_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase At1g6317049.300%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看