TkA01G202180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G202180

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 51500621-51504509 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1693 bp · TkA01G202180|TK1151|cDNA

GATAAATGTTTTATCGTGGTGAAAGAGTTAAAGAATCTAGTAGCAGAAGGGAGAAACGACAATATGTGGGCATGAGCAAGACACCACACAGACTAATCCAATCTTTTCATCTCCCGACGTTATCCATGGAGGACGAGCCATAATCTATTTGGTGCCCTTCTCCTCAGCCACCCTCTCCATATCCTAAAATTTTGCTCTCTTCCCCACCGGAAAATGCAATTTTCTGCAGCTGCAACAGCAAATGGTTCGCCGTATTCCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1182 bp · TkA01G202180|TK1151|CDS

ATGCAATTTTCTGCAGCTGCAACAGCAAATGGTTCGCCGTATTCCTCCATCTCTCGCATAGCTTTTCTCTCTAACCTACTCACCACCGATGTTTCCGCATTAAAAACACCACAGCTAAATTGGAACTCAGCAACTAATTTCTGTATTTGTCGAAGCTCTTTAACCCCCAAAAAACCCTCACCGGCGTTTTCCACCCCTAAGGTCTCCACCTCCGACGACAGCTCCAAAACGCAACTCCTTAATCTGATTGACGAAGACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

393 aa · TkA01G202180|TK1151|PROTEIN

MQFSAAATANGSPYSSISRIAFLSNLLTTDVSALKTPQLNWNSATNFCICRSSLTPKKPSPAFSTPKVSTSDDSSKTQLLNLIDEDEDVVRQARRSADWKAARAHYENGIEYQGRVEGSNGGGLLIRFYSLVGFLPYPQLSPSHSCKEPDKSIQEIAKALTGTLISVKVIHAEEEKRKLIFSEKEATWSKYSNSVKVGNIYEARVGSVEDYGAFAHLRFPDGSYHITGLVHVSEVSWDLVQDVRDILNEGDEVKVKVIGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G202180`
TK1151 ID	TkA01G202180
OH-1004 ID	LXL04_004105
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA01G202180`
位置	Chr01:51500621-51504509 (-)
描述	Similar to RPS1: 30S ribosomal protein S1, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_004105` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006412 translation 生物过程 GO:0005840 ribosome 细胞组分 GO:0009507 chloroplast 细胞组分 GO:0009536 plastid 细胞组分 GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分 GO:0009579 thylakoid 细胞组分 GO:0022627 cytosolic small ribosomal subunit 细胞组分 GO:1990904 ribonucleoprotein complex 细胞组分 GO:0003729 mRNA binding 分子功能 GO:0003735 structural constituent of ribosome 分子功能
KEGG 基因交叉引用	ath:AT5G30510 bsu:BSU22880 syn:slr1356 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.972

排名 1 · TkA01G202180 · TK1151

线粒体0.033

排名 2 · TkA01G202180 · TK1151

细胞核0.032

排名 3 · TkA01G202180 · TK1151

细胞质0.024

排名 4 · TkA01G202180 · TK1151

过氧化物酶体0.013

排名 5 · TkA01G202180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23459S1_RRP5107-145 aa

PF00575S1108-182 aa

PF18942DUF5689152-240 aa

PF29086OB_PDCD11157-177 aa

PF29086OB_PDCD11190-274 aa

PF24685OB_RRP5_4th193-262 aa

PF00575S1195-272 aa

PF23459S1_RRP5198-270 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G202180	`PF23459`	S1_RRP5	107	145	0.00063	21.0
TkA01G202180	`PF00575`	S1	108	182	2.5e-21	76.5
TkA01G202180	`PF18942`	DUF5689	152	240	0.0015	19.2
TkA01G202180	`PF29086`	OB_PDCD11	157	177	1.5e-05	25.5
TkA01G202180	`PF29086`	OB_PDCD11	190	274	1.5e-05	25.5
TkA01G202180	`PF24685`	OB_RRP5_4th	193	262	0.00023	21.8
TkA01G202180	`PF00575`	S1	195	272	2.5e-21	76.5
TkA01G202180	`PF23459`	S1_RRP5	198	270	0.00063	21.0
TkA01G202180	`PF18942`	DUF5689	247	274	0.0015	19.2
TkA01G202180	`PF09876`	DUF2103	344	379	0.2	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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