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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G183060
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 46988015-46989127 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1032 bp · TkA01G183060|TK1151|cDNA

ATGTACGCGTCTCATGGGTACGTTTCTGATGCAAGGAAGGTGTTCGACGAAATGCCCCTTAGAGACCTGGCGGCTTGGAATGCAATGATCTCTGCGTATTGTAAAGTTAACGAGGTTGACAAAGCTTCTGCCTTATTCGAGATTATGCCTAAGAATGCAAAAAGATGGTGTCCACCTGATGAAATCACAATGCTGGTCACACTCTCAGCTTGTGCCCAATTAGGTGCATTAAACCTCGGTGAATGGATCCATCACTACAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1032 bp · TkA01G183060|TK1151|CDS

ATGTACGCGTCTCATGGGTACGTTTCTGATGCAAGGAAGGTGTTCGACGAAATGCCCCTTAGAGACCTGGCGGCTTGGAATGCAATGATCTCTGCGTATTGTAAAGTTAACGAGGTTGACAAAGCTTCTGCCTTATTCGAGATTATGCCTAAGAATGCAAAAAGATGGTGTCCACCTGATGAAATCACAATGCTGGTCACACTCTCAGCTTGTGCCCAATTAGGTGCATTAAACCTCGGTGAATGGATCCATCACTACAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

343 aa · TkA01G183060|TK1151|PROTEIN

MYASHGYVSDARKVFDEMPLRDLAAWNAMISAYCKVNEVDKASALFEIMPKNAKRWCPPDEITMLVTLSACAQLGALNLGEWIHHYINKHNLQKTTSLNNALIDMYAKSGNINKAMEVFKNMKHKCVITWTTAISGLASHGLGSEALDMFSQMEKSHVTPNDVTLIAVLSACTHKGSVKLGRWYFNNLVPRYGIKPRIEHYGCMIDLLGRAGCLWEAQEVLKSMPFEPNEAIWGSLLAASRVYGNVEVGERALKCLMKLE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G183060
TK1151 IDTkA01G183060
OH-1004 IDLXL04_004215
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)82.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 68.831
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G183060
位置Chr01:46988015-46989127 (+)
描述Similar to PCMP-E13: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g56310
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g56310 含五肽重复蛋白 At5g56310。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At2g22410 含五肽重复序列蛋白At2g22410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At3g47530 含五肽重复序列的蛋白质 At3g47530。 暂无已核实直接文献
At5g40405 推测含五重复肽的蛋白 At5g40405。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004215 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G20540
ath:AT5G40405
ath:AT5G56310
ath:AT5G59200
ath:AT5G66520
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.575
排名 1 · TkA01G183060 · TK1151
质体0.249
排名 2 · TkA01G183060 · TK1151
细胞核0.062
排名 3 · TkA01G183060 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA01G183060 · TK1151
过氧化物酶体0.006
排名 5 · TkA01G183060 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR2-20 aa
PF13041PPR_22-21 aa
PF13428TPR_142-17 aa
PF12854PPR_14-18 aa
PF22330Rib_mS39_PPR10-35 aa
PF14559TPR_1915-53 aa
PF13041PPR_222-72 aa
PF13812PPR_322-52 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G183060PF01535PPR2201.5e-34116.6
TkA01G183060PF13041PPR_22217.6e-34116.3
TkA01G183060PF13428TPR_142170.01516.7
TkA01G183060PF12854PPR_14182.6e-2795.0
TkA01G183060PF22330Rib_mS39_PPR10350.1912.2
TkA01G183060PF14559TPR_1915530.1313.4
TkA01G183060PF13041PPR_222727.6e-34116.3
TkA01G183060PF13812PPR_322522.5e-1144.2
TkA01G183060PF12854PPR_124492.6e-2795.0
TkA01G183060PF13428TPR_1424470.01516.7
TkA01G183060PF01535PPR25511.5e-34116.6
TkA01G183060PF17177PPR_long25759.1e-0729.2
TkA01G183060PF10602RPN725490.01615.6
TkA01G183060PF24760TPR_IF140_C25490.2812.3
TkA01G183060PF23276TPR_2426514.8e-1040.2
TkA01G183060PF29070MSC6_N271210.000122.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FMA1拟南芥sp|Q9FMA1|PP433_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5631051.800%Swiss-Prot高置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic40.900%Swiss-Prot中等置信
Q9SJZ3拟南芥sp|Q9SJZ3|PP169_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial39.500%Swiss-Prot中等置信
Q9SN85拟南芥sp|Q9SN85|PP267_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4753039.100%Swiss-Prot中等置信
Q9FND7拟南芥sp|Q9FND7|PP410_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g4040537.300%Swiss-Prot中等置信

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