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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA01G174100
当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 44557592-44562625 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3054 bp · TkA01G174100|TK1151|cDNA

GTTTTAGTAAATTTTATTGATAATCAATGGATGCTTACAGCAGATTCCCTGCTATTAGTGATAATCCCTTCAACTTTTGGGGCCAACCCACGTTAGCACACTAGAGCAGTAGAGCAATTCTGCTCGGCCTCTCGGTCCCCCAAACGCATTTCACGCCCCCCTTCGCTGATAACAAGCAACGACGTCGATCATACGGTGCATTAGCAGGTGATGGTGGCGGACGGTTGTTTACAAGCGGTGTAACATGGAAACTTCTGATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2646 bp · TkA01G174100|TK1151|CDS

ATGGAAACTTCTGATTCAGATGAGCCTGAGAAAAAGCGGCCTCATCTGAACAATTCCGACATGGCACGTCACCCTAACCCTTCTCCGGAAAATGGCACCGTTGATGCAACAGTGCTGCAGTATCAAAATCAGAAACTTGTCCAGCAGTTAGATGTCCAGAAACAGGAGTTACATGATCTTGAAGATAAAATTAAAGAATTAAGACAGGAGCAAACTTCTTACGATGACTTTTTGATCAAAATTAACCAACTATGGAGTCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

881 aa · TkA01G174100|TK1151|PROTEIN

METSDSDEPEKKRPHLNNSDMARHPNPSPENGTVDATVLQYQNQKLVQQLDVQKQELHDLEDKIKELRQEQTSYDDFLIKINQLWSQLDDDLILLGSRAGTGQSALEALQHADSSRGSIPSCPAEDIFICRLLQSDSIGKNGSEEERIIYIKEALALRHSSTSQLMKLIEDTIQVLMVKIETIDQSFHEKDKSSEEDAIIQLNKIDELMKEEVKHLQIVIEALHVKHKEYADMIQSYSLSHSTDQSEIKRVAGDLEDSMA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA01G174100
TK1151 IDTkA01G174100
OH-1004 IDLXL04_004310
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)99.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA01G174100
位置Chr01:44557592-44562625 (+)
描述Similar to HUB2: E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: Q9C895 E3 泛素蛋白连接酶，将 H2B 单泛素化形成 H2BK143ub1。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: A2ZAC2 E3 泛素蛋白连接酶，将 H2B 单泛素化形成 H2BK143ub1。 暂无已核实直接文献
Os10g0565600 E3 泛素蛋白连接酶，可单泛素化 H2B 形成 H2BK143ub1。
Histone H2B Monoubiquitination Mediated by HISTONE MONOUBIQUITINATION1 and HISTONE MONOUBIQUITINATION2 Is Involved in Anther Development by Regulating Tapetum Degradation-Related Genes in Rice.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.256578
Flowering-Related RING Protein 1 (FRRP1) Regulates Flowering Time and Yield Potential by Affecting Histone H2B Monoubiquitination in Rice (Oryza Sativa).2016 · DOI: 10.1371/journal.pone.0150458
Os04g0550400 E3 泛素蛋白连接酶，可单泛素化 H2B 形成 H2BK143ub1。
Histone H2B Monoubiquitination Mediated by HISTONE MONOUBIQUITINATION1 and HISTONE MONOUBIQUITINATION2 Is Involved in Anther Development by Regulating Tapetum Degradation-Related Genes in Rice.2015 · DOI: 10.1104/pp.114.256578
UniProt: A2XW69 E3 泛素蛋白连接酶，将 H2B 单泛素化形成 H2BK143ub1。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004310 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006325 chromatin organization 生物过程
GO:0006513 protein monoubiquitination 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程
GO:0010162 seed dormancy process 生物过程
GO:0010228 vegetative to reproductive phase transition of meristem 生物过程
GO:0010389 regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0045087 innate immune response 生物过程
GO:0050832 defense response to fungus 生物过程
GO:0051301 cell division 生物过程
GO:0051781 positive regulation of cell division 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G55250
ath:AT2G44950
dosa:Os04g0550400
dosa:Os10g0565600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.812
排名 1 · TkA01G174100 · TK1151
细胞质0.223
排名 2 · TkA01G174100 · TK1151
高尔基体0.023
排名 3 · TkA01G174100 · TK1151
线粒体0.022
排名 4 · TkA01G174100 · TK1151
细胞膜0.021
排名 5 · TkA01G174100 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29075NOCA1_mid36-74 aa
PF24161CCDC3939-90 aa
PF07558Shugoshin_N42-72 aa
PF07888CALCOCO144-71 aa
PF27578ODF2_N48-71 aa
PF26187Ig_NPHP4_4th158-209 aa
PF29075NOCA1_mid172-276 aa
PF27578ODF2_N250-349 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA01G174100PF29075NOCA1_mid36740.03814.6
TkA01G174100PF24161CCDC3939905.7e-0521.9
TkA01G174100PF07558Shugoshin_N42722.48.7
TkA01G174100PF07888CALCOCO144711.98.0
TkA01G174100PF27578ODF2_N48710.003718.2
TkA01G174100PF26187Ig_NPHP4_4th1582090.1113.4
TkA01G174100PF29075NOCA1_mid1722760.03814.6
TkA01G174100PF27578ODF2_N2503490.003718.2
TkA01G174100PF07888CALCOCO13264101.98.0
TkA01G174100PF29075NOCA1_mid3274270.03814.6
TkA01G174100PF27578ODF2_N3894530.003718.2
TkA01G174100PF29075NOCA1_mid4165510.03814.6
TkA01G174100PF07558Shugoshin_N4224352.48.7
TkA01G174100PF07888CALCOCO14237181.98.0
TkA01G174100PF27578ODF2_N4665370.003718.2
TkA01G174100PF07558Shugoshin_N5075352.48.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C895拟南芥sp|Q9C895|BRE1B_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 252.900%Swiss-Prot高置信
A2ZAC2水稻sp|A2ZAC2|BRE1B_ORYSI E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 250.800%Swiss-Prot高置信
Q336R3水稻sp|Q336R3|BRE1B_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 250.800%Swiss-Prot高置信
Q7XU27水稻sp|Q7XU27|BRE1A_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 130.100%Swiss-Prot中等置信
A2XW69水稻sp|A2XW69|BRE1A_ORYSI E3 ubiquitin-protein ligase BRE1-like 130.000%Swiss-Prot中等置信

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