TkA01G109180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G109180

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 27701886-27703573 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1077 bp · TkA01G109180|TK1151|cDNA

CATACTAACCCACGAAGCTATCCCCCCACAAAACCCCTATCTTCATTTATCCCTTCACTTATCAGTCATCACATCTACACCTTAAAATCATACTCCAACAATCCACACACAAGGTCACCAAACGCAACAATGGCTTCCTCATCTGCTTCGGCAGCTCTTCTTTCTTCTCCAAATCCTAGATTATCCACCTCCATTTCTCCCAAATCCAAGCTCTCTCAAACCCTAGCATTCTCCAGCTCCCCATCTGTCAGTTTCCAGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

921 bp · TkA01G109180|TK1151|CDS

CATACTAACCCACGAAGCTATCCCCCCACAAAACCCCTATCTTCATTTATCCCTTCACTTATCAGTCATCACATCTACACCTTAAAATCATACTCCAACAATCCACACACAAGGTCACCAAACGCAACAATGGCTTCCTCATCTGCTTCGGCAGCTCTTCTTTCTTCTCCAAATCCTAGATTATCCACCTCCATTTCTCCCAAATCCAAGCTCTCTCAAACCCTAGCATTCTCCAGCTCCCCATCTGTCAGTTTCCAGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

306 aa · TkA01G109180|TK1151|PROTEIN

HTNPRSYPPTKPLSSFIPSLISHHIYTLKSYSNNPHTRSPNATMASSSASAALLSSPNPRLSTSISPKSKLSQTLAFSSSPSVSFQSKSLRSSLSLRPSTSRRNGFVVRAGLPLVGNVAPDFEAEAVFDQEFINVKLSDYIGKKYVILFFYPLDFTFVCPTEITAFSDRHAEFEKINTEILGVSVDSVFSHLAWVQTDRKSGGLGDLNYPLVSDVTKSISKAFNVLIEDQGIALRGLFIIDKEGVIQHSTINNLAIGRSV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G109180`
TK1151 ID	TkA01G109180
OH-1004 ID	LXL04_004813
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 85.948 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G109180

位置 Chr01:27701886-27703573 (-)

描述 Similar to At5g06290: 2-Cys peroxiredoxin BAS1-like, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g11630`	硫醇特异性过氧化物酶，分别催化过氧化氢和有机氢过氧化物还原为水和醇。	暂无已核实直接文献
`At5g06290`	硫醇特异性过氧化物酶，分别催化过氧化氢和有机氢过氧化物还原为水和醇。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0537700`	硫醇特异性过氧化物酶，分别催化过氧化氢和有机氢过氧化物还原为水和醇。	Rice NTRC is a high-efficiency redox system for chloroplast protection against oxidative damage.2006 · DOI: 10.1105/tpc.106.041541

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_004813 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0033554 cellular response to stress 生物过程

GO:0042744 hydrogen peroxide catabolic process 生物过程

GO:0045454 cell redox homeostasis 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0010319 stromule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G11630

ath:AT5G06290

dosa:Os02g0537700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.984

排名 1 · TkA01G109180 · TK1151

线粒体0.032

排名 2 · TkA01G109180 · TK1151

细胞质0.022

排名 3 · TkA01G109180 · TK1151

细胞核0.016

排名 4 · TkA01G109180 · TK1151

过氧化物酶体0.013

排名 5 · TkA01G109180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00578AhpC-TSA115-248 aa

PF08534Redoxin115-251 aa

PF104171-cysPrx_C269-303 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G109180	`PF00578`	AhpC-TSA	115	248	1.6e-40	138.6
TkA01G109180	`PF08534`	Redoxin	115	251	5.5e-13	49.7
TkA01G109180	`PF10417`	1-cysPrx_C	269	303	2.1e-11	44.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q96291`	拟南芥	sp\|Q96291\|BAS1A_ARATH 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic	76.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9C5R8`	拟南芥	sp\|Q9C5R8\|BAS1B_ARATH 2-Cys peroxiredoxin BAS1-like, chloroplastic	83.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q6ER94`	水稻	sp\|Q6ER94\|BAS1_ORYSJ 2-Cys peroxiredoxin BAS1, chloroplastic	86.700%	Swiss-Prot	中等置信

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