TkA01G104470 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA01G104470

当前版本: TK1151 染色体: Chr01 坐标: 26512338-26517771 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2237 bp · TkA01G104470|TK1151|cDNA

GAGAGACATTGTTCAATATTCAAAGTAAAAGAAACGCGCAAAGCATGCTTACTAACCTGCCGGTTCCATTTAACTGTTGGACTGAGTTTGTTCTCACGTTGCTACAAATCGACGCAATCTTCCTTTGCACAAATCGATCACAGCTGTGTTCTTCGGTTCTTCCTCCATCATCAGCGCCGAGAGACCTCCCACGACCTTCACAGCTTCAGGGATTTCACGGCGACCTCCCACGACCTTCACAGCTTCAGGGATTTCACGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1110 bp · TkA01G104470|TK1151|CDS

ATGTTCATTGCAAACGATGCAACAGTCAAAGGAGGCACATACTACCCCATTACTGTCAAAAAACATCTCAGAGCTCAAGAAATCGCATCTAAATGCAGACTACCATGCATATACCTTGTCGACAGTGGTGGTGCTTTCCTCCCAAAACAGGCAGAAGTTTTCCCTGACAAAGAAAATTTCGGTAGAGTATTTTACAACCAAGCAATCATGTCTTCAGAAGGTATTCCCCAAATTGCCCTCGTATTAGGCTCTTGCACAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

369 aa · TkA01G104470|TK1151|PROTEIN

MFIANDATVKGGTYYPITVKKHLRAQEIASKCRLPCIYLVDSGGAFLPKQAEVFPDKENFGRVFYNQAIMSSEGIPQIALVLGSCTAGGAYIPAMADESVMVKGNGTIFLAGPPLVKAAIGEEVSSEDLGGADVHCKVSGVSDYFAQDEIHALSIGRNIVKNLHMAGNEGHFSNLQGMVSDYKEPLYDVKELQSIAPTDLKQSFDIRSLISRVVDGSEFDEFKQLYGTGIGRILGQPVGIIGNNGVLFHESALKGAHFVE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA01G104470`
TK1151 ID	TkA01G104470
OH-1004 ID	LXL04_038401
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	85.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.206 / OH-1004 69.007 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA01G104470

位置 Chr01:26512338-26517771 (+)

描述 Similar to MCCB: Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g34030`	3-甲基丁烯酰辅酶A羧化酶的羧基转移酶亚基，一种催化3-甲基丁烯酰辅酶A转化为3-甲基戊烯酰辅酶A的酶，这是亮氨酸和异戊酸分解代谢的关键步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_038401 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006552 L-leucine catabolic process 生物过程

GO:0007563 regulation of eclosion 生物过程

GO:0015936 coenzyme A metabolic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:1905202 methylcrotonoyl-CoA carboxylase complex 细胞组分

GO:0004485 methylcrotonoyl-CoA carboxylase activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0050897 cobalt ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G34030

cel:CELE_F02A9.10

dme:Dmel_CG3267

mmu:78038

rno:361884

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.550

排名 1 · TkA01G104470 · TK1151

细胞核0.163

排名 2 · TkA01G104470 · TK1151

线粒体0.147

排名 3 · TkA01G104470 · TK1151

过氧化物酶体0.135

排名 4 · TkA01G104470 · TK1151

内质网0.079

排名 5 · TkA01G104470 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01039Carboxyl_trans2-305 aa

PF03255ACCA12-103 aa

PF11519DUF3222115-149 aa

PF03255ACCA228-243 aa

PF03255ACCA286-305 aa

PF01039Carboxyl_trans305-354 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA01G104470	`PF01039`	Carboxyl_trans	2	305	1e-98	331.9
TkA01G104470	`PF03255`	ACCA	12	103	1.9e-07	31.3
TkA01G104470	`PF11519`	DUF3222	115	149	0.14	12.9
TkA01G104470	`PF03255`	ACCA	228	243	1.9e-07	31.3
TkA01G104470	`PF03255`	ACCA	286	305	1.9e-07	31.3
TkA01G104470	`PF01039`	Carboxyl_trans	305	354	1e-98	331.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LDD8`	拟南芥	sp\|Q9LDD8\|MCCB_ARATH Methylcrotonoyl-CoA carboxylase beta chain, mitochondrial	68.000%	Swiss-Prot	高置信

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